PDB-4ex4: The Structure of GlcB from Mycobacterium leprae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ex4

タイトル

The Structure of GlcB from Mycobacterium leprae

要素

Malate synthase G

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Malate synthase / Mycobacterium leprae / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

malate synthase / malate synthase activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium leprae (らい菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Structure of GlcB from Mycobacterium leprae
著者: Clifton, M.C. / Fox III, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2012年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ex4.cif.gz	542.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ex4.ent.gz	443.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ex4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ex4_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ex4_full_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示
XML形式データ	4ex4_validation.xml.gz	55.9 KB	表示
CIF形式データ	4ex4_validation.cif.gz	83.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4ex4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4ex4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n8iS 4exq S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6q4v-d 3py8-d 5z3n-d 4dlg-d 6q4u-d 4elu-d 3m8s-d 6fbg-d 5o7t-d 4dle-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MyleA.18344.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Malate synthase G

B: Malate synthase G

ヘテロ分子

161 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Malate synthase G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Malate synthase G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.610, 59.740, 118.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Malate synthase G 分子量: 80526.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium leprae (らい菌) / 株: Br4923 / 遺伝子: glcB, ML2069, MLBr02069, MLCB1788.27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8ZSN3, malate synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE RESIDUE AT POSITION 595 IS CONFIRMED TO BE LYS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MyleA18344aA1 PW34800 19.28mg/ml, 100mM HEPES pH7.5, 20%w/v PEG4000, 10% Isopropanol. Cryoprotection 20% ethylene glycol. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 85731 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.24

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.15		0.43	3.17	1	99.1
2.15-2.21		0.384	3.83	1	99.7
2.21-2.28		0.349	4.21	1	99.7
2.28-2.35		0.305	4.73	1	99.6
2.35-2.42		0.269	5.38	1	99.7
2.42-2.51		0.235	6.06	1	99.8
2.51-2.6		0.202	6.76	1	99.7
2.6-2.71		0.177	7.52	1	99.9
2.71-2.83		0.156	8.36	1	99.9
2.83-2.97		0.124	10.01	1	99.9
2.97-3.13		0.105	11.53	1	100
3.13-3.32		0.079	15.16	1	99.9
3.32-3.55		0.061	19.67	1	99.9
3.55-3.83		0.049	25.18	1	99.8
3.83-4.2		0.044	27.78	1	99.9
4.2-4.7		0.037	32.36	1	99.6
4.7-5.42		0.038	29.79	1	99.7
5.42-6.64		0.05	23.65	1	99.9
6.64-9.39		0.033	34.01	1	99.3
	9.39	0.022	51.58	1	95.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N8I

1n8i

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.877 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.2205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23423	4292	5 %	RANDOM
R_work	0.18078	-	-	-
obs	0.18341	81426	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.128 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.13 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10599	0	10	866	11475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	10842
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7053
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.953	14773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.955	3	17228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.326	5	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.231	24.525	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.535	15	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.913	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	12319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	302	-
R_work	0.214	5731	-
obs	-	-	98.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.361	0.2621	0.1145	0.4753	-0.0022	0.4746	0.0531	-0.1352	-0.1462	0.0469	-0.0146	-0.0651	0.0373	0.0083	-0.0384	0.0407	0.0092	-0.0192	0.0191	0.0113	0.0657	47.4632	12.5261	43.6458
2	1.4015	-0.412	-0.0279	0.4638	0.2566	0.2269	0.1099	0.5836	-0.1098	-0.077	-0.1711	0.0728	-0.0396	0.027	0.0612	0.0702	0.0541	-0.0254	0.2973	-0.041	0.0485	41.6908	16.4715	9.122
3	1.1618	0.1454	0.2246	0.1334	-0.0077	0.1947	0.0454	0.0527	-0.1693	0.0111	-0.0073	-0.0104	-0.0019	0.0266	-0.0381	0.0609	0.0142	-0.0051	0.0218	-0.0119	0.1041	42.2091	10.9113	35.646
4	1.0978	-0.0841	0.3599	0.0446	0.0596	1.0728	-0.0141	0.2896	-0.0012	-0.0292	0.0068	-0.0449	-0.1213	0.1133	0.0073	0.0572	-0.0038	0.0337	0.1273	-0.0144	0.0859	58.0916	19.4517	23.9491
5	0.8873	0.2321	-0.0414	1.5266	-0.1035	0.1659	-0.0489	0.0012	0.1358	-0.0958	0.0479	-0.0127	-0.0509	-0.0013	0.001	0.1054	0.0063	-0.0071	0.0029	-0.0041	0.0883	44.5164	38.2681	39.1275
6	1.5046	-0.3541	0.0167	0.6432	-0.0636	0.5235	0.0724	0.2749	-0.1522	-0.1312	-0.0177	-0.0743	0.0307	-0.0335	-0.0547	0.0844	0.0197	0.0061	0.0903	-0.0302	0.0468	2.8903	4.1552	13.3184
7	0.4526	-0.0257	0.0187	0.2543	0.1727	0.8692	0.0605	-0.0978	0.1151	0.0478	-0.0048	0.0136	-0.108	-0.0459	-0.0557	0.0788	0.0125	0.0321	0.0452	-0.0162	0.063	-4.1642	20.759	48.3527
8	0.736	-0.1049	-0.0987	0.229	-0.0324	0.2781	0.0393	0.0342	-0.0032	-0.0045	-0.0063	-0.0134	-0.0144	-0.0554	-0.0329	0.0677	0.0223	0.0073	0.048	0.0095	0.0645	-2.1651	11.5513	28.7707
9	1.0446	0.1934	0.3329	0.4086	0.1862	0.7979	0.0759	-0.045	0.1261	0.0757	-0.0156	0.0624	-0.1032	-0.0915	-0.0603	0.0742	0.0495	0.0448	0.0659	0.0154	0.0862	-15.405	22.3513	38.2442
10	1.0169	-0.2681	0.4696	1.12	-0.1521	0.4811	0.049	0.0997	0.1549	-0.0008	0.01	-0.0545	-0.1713	-0.0673	-0.059	0.1614	0.082	0.0882	0.0609	0.0759	0.1031	-2.201	34.1475	15.5218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	133 - 285
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	286 - 484
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	485 - 592
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	593 - 729
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	69 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	265 - 524
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	525 - 593
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	594 - 729

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)