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- PDB-4ewl: Crystal Structure of MshB with glycerol and Acetate bound in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ewl
タイトルCrystal Structure of MshB with glycerol and Acetate bound in the active site
要素1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase
キーワードHYDROLASE / active site / glycerol / acetate / tyrosine 142 / histidine 144 / MshB
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyl-1-D-myo-inositol-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase / N-acetylglucosaminylinositol deacetylase activity / mycothiol biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mycothiol biosynthesis protein, MshB / LmbE-like / N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase-related / Putative deacetylase LmbE-like domain superfamily / GlcNAc-PI de-N-acetylase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase / 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Broadley, S.G. / Sewell, B.T. / Weber, B.W. / Marakalala, M.J. / Steenkamp, D.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: A new crystal form of MshB from Mycobacterium tuberculosis with glycerol and acetate in the active site suggests the catalytic mechanism.
著者: Broadley, S.G. / Gumbart, J.C. / Weber, B.W. / Marakalala, M.J. / Steenkamp, D.J. / Sewell, B.T.
履歴
登録2012年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase
B: 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,70817
ポリマ－62,9222
非ポリマー1,78715
水10,016556
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.379, 71.903, 97.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 1D-myo-inositol 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase / GlcNAc-Ins deacetylase / N-acetyl-1-D-myo-inositol 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase


分子量: 31460.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: mshB, MT1207, Rv1170 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLysS
参照: UniProt: O50426, UniProt: P9WJN3*PLUS, N-acetyl-1-D-myo-inositol-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside deacetylase

-
非ポリマー , 5種, 571分子

#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.02 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium sulphate, 25 % PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8856
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→76.67 Å / Num. obs: 68135 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.57
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q7T

1q7t


解像度: 1.85→76.67 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 3407 5 %
Rwork0.189 --
obs0.191 68122 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.16 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.6192 Å20 Å27.9205 Å2
2---6.9937 Å2-0 Å2
3----2.6255 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→76.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4382 0 112 556 5050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9126262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1531617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004820
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8511-1.87760.30251330.28392526X-RAY DIFFRACTION95
1.8776-1.90560.33511430.2762719X-RAY DIFFRACTION100
1.9056-1.93540.30371400.24892653X-RAY DIFFRACTION100
1.9354-1.96710.30231410.23512682X-RAY DIFFRACTION100
1.9671-2.0010.28081440.23652739X-RAY DIFFRACTION100
2.001-2.03740.27161410.22362688X-RAY DIFFRACTION100
2.0374-2.07660.22971410.20742674X-RAY DIFFRACTION100
2.0766-2.1190.22591420.19662688X-RAY DIFFRACTION100
2.119-2.16510.25941420.18932707X-RAY DIFFRACTION100
2.1651-2.21550.20241420.19482690X-RAY DIFFRACTION100
2.2155-2.27090.231410.18912688X-RAY DIFFRACTION100
2.2709-2.33230.23851430.19192707X-RAY DIFFRACTION100
2.3323-2.40090.21741400.18772671X-RAY DIFFRACTION100
2.4009-2.47840.23911430.19192716X-RAY DIFFRACTION100
2.4784-2.5670.21991420.19622694X-RAY DIFFRACTION100
2.567-2.66980.20591420.19072690X-RAY DIFFRACTION100
2.6698-2.79130.23421420.1752705X-RAY DIFFRACTION100
2.7913-2.93850.24461430.17822713X-RAY DIFFRACTION100
2.9385-3.12260.23941420.18172699X-RAY DIFFRACTION100
3.1226-3.36370.21331420.17752707X-RAY DIFFRACTION100
3.3637-3.70220.19511440.172736X-RAY DIFFRACTION100
3.7022-4.23780.18961430.16692710X-RAY DIFFRACTION100
4.2378-5.3390.20741440.16162732X-RAY DIFFRACTION100
5.339-76.73410.18511470.19582781X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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