ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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PHENIX | 1.7.3_928精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→46.978 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.58 / FOM work R set: 0.7644 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2706 | 968 | 5.16 % | Random |
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Rwork | 0.2678 | - | - | - |
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all | 0.2679 | 18929 | - | - |
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obs | 0.2679 | 18757 | 99.09 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.259 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 115.36 Å2 / Biso mean: 59.1249 Å2 / Biso min: 20 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -12.6119 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -12.6119 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 30.7127 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.978 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3574 | 0 | 0 | 43 | 3617 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.009 | 3612 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.133 | 4871 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.075 | 586 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 620 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.612 | 1270 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.7-2.8425 | 0.3349 | 131 | 0.3721 | 2509 | 2640 | 100 | 2.8425-3.0205 | 0.3594 | 135 | 0.3492 | 2491 | 2626 | 99 | 3.0205-3.2537 | 0.2875 | 134 | 0.3249 | 2515 | 2649 | 100 | 3.2537-3.581 | 0.3318 | 150 | 0.2827 | 2501 | 2651 | 99 | 3.581-4.0989 | 0.2149 | 149 | 0.2438 | 2490 | 2639 | 98 | 4.0989-5.1632 | 0.2576 | 131 | 0.2168 | 2571 | 2702 | 98 | 5.1632-46.9851 | 0.2496 | 138 | 0.2597 | 2712 | 2850 | 99 |
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