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- PDB-4ewc: Crystal Structure of the Infectious Salmon Anemia Virus Nucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ewc
タイトルCrystal Structure of the Infectious Salmon Anemia Virus Nucleoprotein
要素Putative nucleoprotein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Alpha-helical / RNA encapsidation / isavirus / orthomyoxovirus / nucleoprotein / NP / RNA binding / replication / transcription / viral RNA packaging
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / membrane
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1660 / N-terminal domain of TfIIb - #560 / : / : / : / Orthomyxovirus nucleoprotein, C-terminal / Salmon anemia virus nucleoprotein N-terminal domain / Infectious salmon anemia virus nucleoprotein, helical bundle / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1660 / N-terminal domain of TfIIb - #560 / : / : / : / Orthomyxovirus nucleoprotein, C-terminal / Salmon anemia virus nucleoprotein N-terminal domain / Infectious salmon anemia virus nucleoprotein, helical bundle / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Putative nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Infectious salmon anemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zheng, W. / Tao, Y.J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: The crystal structure and RNA-binding of an orthomyxovirus nucleoprotein.
著者: Zheng, W. / Olson, J. / Vakharia, V. / Tao, Y.J.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3141
ポリマ－68,3141
非ポリマー00
水77543
1
A: Putative nucleoprotein

A: Putative nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,6272
ポリマ－136,6272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area7020 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area40530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.983, 112.983, 103.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Putative nucleoprotein


分子量: 68313.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Infectious salmon anemia virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91BR3, UniProt: Q8V3T7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE CORRESPONDS TO THE GENEBANK ENTRY JX070881

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: 20% PEG6000, 0.8M Lithium Chloride, 0.1M Sodium Citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月1日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 18991 / Num. obs: 18972 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 53.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 924 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→46.978 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.58 / FOM work R set: 0.7644 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2706 968 5.16 %Random
Rwork0.2678 ---
all0.2679 18929 --
obs0.2679 18757 99.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.259 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 115.36 Å2 / Biso mean: 59.1249 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.6119 Å2-0 Å20 Å2
2---12.6119 Å20 Å2
3---30.7127 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3574 0 0 43 3617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1334871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6121270
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.84250.33491310.372125092640100
2.8425-3.02050.35941350.34922491262699
3.0205-3.25370.28751340.324925152649100
3.2537-3.5810.33181500.28272501265199
3.581-4.09890.21491490.24382490263998
4.0989-5.16320.25761310.21682571270298
5.1632-46.98510.24961380.25972712285099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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