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- PDB-4ew9: The liganded structure of C. bescii family 3 pectate lyase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ew9
タイトルThe liganded structure of C. bescii family 3 pectate lyase
要素Pectate lyase
キーワードLYASE / PL3 / PARALLEL BETA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


pectate lyase / pectate lyase activity / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase PlyH/PlyE-like / Pectate lyase / 3-keto-disaccharide hydrolase / 3-keto-disaccharide hydrolase / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / alpha-D-galactopyranuronic acid / D-galacturonic acid / pectate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: The structure and mode of action of Caldicellulosiruptor bescii family 3 pectate lyase in biomass deconstruction.
著者: Alahuhta, M. / Brunecky, R. / Chandrayan, P. / Kataeva, I. / Adams, M.W. / Himmel, M.E. / Lunin, V.V.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pectate lyase
B: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,30622
ポリマ－42,0672
非ポリマー2,23820
水6,738374
1
A: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,38813
ポリマ－21,0341
非ポリマー1,35412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9189
ポリマ－21,0341
非ポリマー8848
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Pectate lyase
ヘテロ分子

B: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,30622
ポリマ－42,0672
非ポリマー2,23820
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454x-1/2,y+1/2,z-11
Buried area4130 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.946, 35.898, 98.687
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pectate lyase


分子量: 21033.727 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 268-460 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)
株: DSM 6725 / Z-1320 / 遺伝子: Athe_1854 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9MKT4, pectate lyase

-
糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖 4-deoxy-beta-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 352.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112A-1a_1-5][a21eEA-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-4-deoxy-GlcpA]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-DGU / D-galacturonic acid / D-Galacturonate / D-ガラクツロン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O7
#6: 糖 ChemComp-ADA / alpha-D-galactopyranuronic acid / alpha-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / ALPHA D-GALACTURONIC ACID / α-D-ガラクトピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGalpAaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 389分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 70% v/v (+/-)-2-Methyl 2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月11日 / 詳細: HELIOS MIRRORS
放射モノクロメーター: HELIOS MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 47595 / Num. obs: 47595 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.83 % / Rsym value: 0.0584 / Net I/σ(I): 13.62
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.01 % / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique all: 7847 / Rsym value: 0.3498 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3T9G

3t9g


解像度: 1.6→33.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.858 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20374 2368 5.1 %RANDOM
Rwork0.16378 ---
obs0.16584 44501 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å2-1.51 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 0 136 374 3464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0193329
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1751.9634564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10435280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9555442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37527.286140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5215561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.323152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02582
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 167 -
Rwork0.257 3026 -
obs--94.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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