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- PDB-4evz: Structure of HisF-LUCA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4evz
タイトルStructure of HisF-LUCA
要素HisF-LUCA
キーワードLYASE / Imidazole glycerol phosphate synthase-LUCA
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / HYDROGENPHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.462 Å
データ登録者Reisinger, B. / Sperl, J. / Rajendran, C. / Merkl, R. / Sterner, R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Evidence for the existence of elaborate enzyme complexes in the Paleoarchean era.
著者: Reisinger, B. / Sperl, J. / Holinski, A. / Schmid, V. / Rajendran, C. / Carstensen, L. / Schlee, S. / Blanquart, S. / Merkl, R. / Sterner, R.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HisF-LUCA
B: HisF-LUCA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2236
ポリマ－55,8392
非ポリマー3844
水12,016667
1
A: HisF-LUCA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1113
ポリマ－27,9191
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HisF-LUCA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1113
ポリマ－27,9191
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.074, 90.736, 57.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HisF-LUCA / Imidazole glycerol phosphate synthase / resurrected


分子量: 27919.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) artificial gene (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-PI / HYDROGENPHOSPHATE ION / 水素ホスファ-ト


分子量: 95.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO4P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月27日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→56.454 Å / Num. all: 74891 / Num. obs: 69542 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CCP4suite位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1THF

1thf


解像度: 1.462→47.934 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 2.07 / 位相誤差: 16.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1761 3476 5 %RANDOM
Rwork0.1514 ---
obs0.1526 69536 92.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.091 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0261 Å2-0 Å20.0285 Å2
2---0.0145 Å20 Å2
3----0.0116 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.462→47.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3854 0 20 667 4541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2945312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9421419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006697
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.462-1.48180.3208390.2716738X-RAY DIFFRACTION26
1.4818-1.5030.2726960.22691819X-RAY DIFFRACTION64
1.503-1.52540.19891120.17142137X-RAY DIFFRACTION75
1.5254-1.54920.21761260.16762382X-RAY DIFFRACTION84
1.5492-1.57460.23151310.15412501X-RAY DIFFRACTION90
1.5746-1.60180.18571430.15382716X-RAY DIFFRACTION94
1.6018-1.63090.18551460.14772761X-RAY DIFFRACTION99
1.6309-1.66230.19681510.14772868X-RAY DIFFRACTION100
1.6623-1.69620.17471470.14612796X-RAY DIFFRACTION100
1.6962-1.73310.18521510.152867X-RAY DIFFRACTION100
1.7331-1.77340.17051480.14072815X-RAY DIFFRACTION100
1.7734-1.81780.17651490.13952836X-RAY DIFFRACTION100
1.8178-1.86690.17111500.14372845X-RAY DIFFRACTION100
1.8669-1.92190.15991480.13552813X-RAY DIFFRACTION100
1.9219-1.98390.17451490.13872824X-RAY DIFFRACTION99
1.9839-2.05480.15491500.13872859X-RAY DIFFRACTION100
2.0548-2.13710.18351470.13982794X-RAY DIFFRACTION99
2.1371-2.23430.14921490.13472824X-RAY DIFFRACTION99
2.2343-2.35210.16011490.1332826X-RAY DIFFRACTION99
2.3521-2.49950.16991500.14022847X-RAY DIFFRACTION99
2.4995-2.69250.17491480.1512810X-RAY DIFFRACTION99
2.6925-2.96340.16631470.14572818X-RAY DIFFRACTION99
2.9634-3.39210.15291490.1542842X-RAY DIFFRACTION99
3.3921-4.27330.1611490.14842836X-RAY DIFFRACTION99
4.2733-47.95930.20981520.19592886X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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