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- PDB-4evw: Crystal Structure of the nucleoside-diphosphate-sugar pyrophospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4evw
タイトルCrystal Structure of the nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase from Vibrio cholerae RC9. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target VcR193.
要素Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase involved in lipopolysaccharide biosynthesis/translation initiation factor 2B gamma/epsilon subunits (EIF-2Bgamma/eIF-2Bepsilon)
機能・相同性Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Neely, H. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Neely, H. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase from Vibrio cholerae RC9.
著者: Vorobiev, S. / Neely, H. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase
B: Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2084
ポリマ－59,1592
非ポリマー492
水6,954386
1
A: Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6042
ポリマ－29,5801
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6042
ポリマ－29,5801
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.303, 117.003, 128.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase


分子量: 29579.525 Da / 分子数: 2 / 変異: L211E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: RC9 / 遺伝子: VCC_000301 / プラスミド: pET21_NESG, VcR193-L211E-21.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: C2IC25
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 20% PEG 8000, 0.1M magnesium nitrate, 0.1M HEPES, pH 7.5, Microbatch crystallization under oil , temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 111486 / Num. obs: 111375 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 26.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 25.44
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Num. unique all: 11100 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→37.247 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 23.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 5653 5.09 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.185 111069 99.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.669 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 110.54 Å2 / Biso mean: 32.746 Å2 / Biso min: 13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.598 Å20 Å20 Å2
2--3.088 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3960 0 2 386 4348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3345581
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1371489
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.894-1.9160.2611600.243038319885
1.916-1.9380.2441830.21935553738100
1.938-1.9620.2231530.22335213674100
1.962-1.9870.2171820.20135673749100
1.987-2.0130.2151660.19136133779100
2.013-2.040.2051980.19634853683100
2.04-2.0690.2221990.18835153714100
2.069-2.10.2171980.18935803778100
2.1-2.1330.1852020.18534673669100
2.133-2.1680.2081950.17635923787100
2.168-2.2060.2061960.18335463742100
2.206-2.2460.2521820.18234723654100
2.246-2.2890.232050.18435743779100
2.289-2.3360.1941690.17835383707100
2.336-2.3860.2072180.18235223740100
2.386-2.4420.1981740.1935433717100
2.442-2.5030.2022220.19834673689100
2.503-2.5710.2292040.2013511371599
2.571-2.6460.2012130.19535163729100
2.646-2.7320.2311900.1935543744100
2.732-2.8290.2552190.1973484370399
2.829-2.9420.2311800.20335263706100
2.942-3.0760.2021810.1993519370099
3.076-3.2380.1931760.1835763752100
3.238-3.4410.2131910.17535543745100
3.441-3.7070.1621900.16535403730100
3.707-4.0790.1711920.15635173709100
4.079-4.6680.1791600.1533528368899
4.668-5.8780.1911740.1835483722100
5.878-37.2550.2091810.2143448362997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39690.2026-0.06691.420.24561.23340.02590.1129-0.044-0.1837-0.0123-0.0527-0.06220.0264-0.0120.1490.00350.00210.1325-0.010.129217.879870.243546.3823
21.44430.1409-0.06651.4461-0.40921.2950.03440.11010.0494-0.1754-0.019-0.00430.0440.0133-0.01640.15560.00440.00660.13210.0160.12286.2529108.423646.5529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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