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Yorodumi- PDB-4evw: Crystal Structure of the nucleoside-diphosphate-sugar pyrophospho... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4evw | ||||||
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Title | Crystal Structure of the nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase from Vibrio cholerae RC9. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target VcR193. | ||||||
Components | Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase involved in lipopolysaccharide biosynthesis/translation initiation factor 2B gamma/epsilon subunits (EIF-2Bgamma/eIF-2Bepsilon) | ||||||
Function / homology | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Vorobiev, S. / Neely, H. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Neely, H. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of the nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase from Vibrio cholerae RC9. Authors: Vorobiev, S. / Neely, H. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4evw.cif.gz | 214.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4evw.ent.gz | 180.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4evw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4evw_validation.pdf.gz | 430.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4evw_full_validation.pdf.gz | 432.7 KB | Display | |
Data in XML | 4evw_validation.xml.gz | 23.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4evw_validation.cif.gz | 33.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/4evw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/4evw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29579.525 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L211E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae (bacteria) / Strain: RC9 / Gene: VCC_000301 / Plasmid: pET21_NESG, VcR193-L211E-21.6 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)+ Magic / References: UniProt: C2IC25 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: microbatch crystallization under oil / pH: 7.5 Details: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 20% PEG 8000, 0.1M magnesium nitrate, 0.1M HEPES, pH 7.5, Microbatch crystallization under oil , temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4C / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 111486 / Num. obs: 111375 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 26.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 25.44 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Num. unique all: 11100 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.9→37.247 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.24 / Phase error: 23.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.669 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.54 Å2 / Biso mean: 32.746 Å2 / Biso min: 13 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→37.247 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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