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- PDB-4evu: Crystal structure of C-terminal domain of putative periplasmic pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4evu
タイトルCrystal structure of C-terminal domain of putative periplasmic protein ydgH from S. enterica
要素Putative periplasmic protein ydgH
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins / PCSEP / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / secreted effector
機能・相同性
機能・相同性情報


YdgH protein / YdgH/BhsA/McbA-like domain / YdgH-like superfamily / YdgH/BhsA/McbA-like domain / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Michalska, K. / Cui, H. / Xu, X. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Savchenko, A. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A. ...Michalska, K. / Cui, H. / Xu, X. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Savchenko, A. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A. / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP) / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Characterization of DUF1471 Domains of Salmonella Proteins SrfN, YdgH/SssB, and YahO.
著者: Eletsky, A. / Michalska, K. / Houliston, S. / Zhang, Q. / Daily, M.D. / Xu, X. / Cui, H. / Yee, A. / Lemak, A. / Wu, B. / Garcia, M. / Burnet, M.C. / Meyer, K.M. / Aryal, U.K. / Sanchez, O. / ...著者: Eletsky, A. / Michalska, K. / Houliston, S. / Zhang, Q. / Daily, M.D. / Xu, X. / Cui, H. / Yee, A. / Lemak, A. / Wu, B. / Garcia, M. / Burnet, M.C. / Meyer, K.M. / Aryal, U.K. / Sanchez, O. / Ansong, C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Adkins, J.N. / Montelione, G.T. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C.H. / Savchenko, A. / Szyperski, T. / Cort, J.R.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative periplasmic protein ydgH
B: Putative periplasmic protein ydgH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7475
ポリマ－16,5202
非ポリマー2283
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
2
B: Putative periplasmic protein ydgH
ヘテロ分子

A: Putative periplasmic protein ydgH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7475
ポリマ－16,5202
非ポリマー2283
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y+1/2,-z+21
Buried area1460 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area8220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.079, 52.521, 39.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative periplasmic protein ydgH


分子量: 8259.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: STM1478, ydgH / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8ZPL1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Na Citrate , 0.2 M K/Na tartrate, 1.9 M (NH4)2SO4, 5% Glycerol, 1/210 trypsin, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
111.000H, 1.000K, L10.797
111.000L, -1.000K, 1.000H20.203
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 26432 / Num. obs: 26374 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1279 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→36.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.021 / SU ML: 0.033 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.013 / ESU R Free: 0.012 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED AT THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17157 1271 4.8 %RANDOM
Rwork0.13257 ---
all0.13437 26330 --
obs0.13437 26330 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.404 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å2-2.93 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→36.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1071 0 11 142 1224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221149
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.451.9451551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88631913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.255142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65624.5151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93615217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.726155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9791.5695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5491.5281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.25921120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1853454
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2574.5431
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.62231931
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.514 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 130 -
Rwork0.165 2954 -
obs-3084 95.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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