+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4evq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of ABC transporter from R. palustris - solute binding protein (RPA0668) in complex with 4-hydroxybenzoate | ||||||
![]() | Putative ABC transporter subunit, substrate-binding component | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ABC transporter / solute binding protein / benzoate-derivatives binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Michalska, K. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of transport proteins for aromatic compounds derived from lignin: benzoate derivative binding proteins. 著者: Michalska, K. / Chang, C. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 308.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 259.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 493.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 499.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39241.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: CGA009 / 遺伝子: hbaE, RPA0668 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 654分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PHB.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PHB.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M sodium acetate/acetic acid, 30% PEG8K, 5mM sodium 4-hydroxybenzoate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97932 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 145161 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 7121 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: hydrogen atoms have been added at the riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.518 Å2 / ksol: 0.447 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.15 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|