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- PDB-4evq: Crystal structure of ABC transporter from R. palustris - solute b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4evq
タイトルCrystal structure of ABC transporter from R. palustris - solute binding protein (RPA0668) in complex with 4-hydroxybenzoate
要素Putative ABC transporter subunit, substrate-binding component
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ABC transporter / solute binding protein / benzoate-derivatives binding
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / P-HYDROXYBENZOIC ACID / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Michalska, K. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Characterization of transport proteins for aromatic compounds derived from lignin: benzoate derivative binding proteins.
著者: Michalska, K. / Chang, C. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC transporter subunit, substrate-binding component
B: Putative ABC transporter subunit, substrate-binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,66715
ポリマ－78,4842
非ポリマー1,18313
水11,548641
1
A: Putative ABC transporter subunit, substrate-binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9779
ポリマ－39,2421
非ポリマー7368
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative ABC transporter subunit, substrate-binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6896
ポリマ－39,2421
非ポリマー4475
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.428, 183.940, 76.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-838-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative ABC transporter subunit, substrate-binding component


分子量: 39241.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: hbaE, RPA0668 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: G3XCQ4

-
非ポリマー , 6種, 654分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M sodium acetate/acetic acid, 30% PEG8K, 5mM sodium 4-hydroxybenzoate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 145161 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 7121 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_742)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→35.15 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.97 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: hydrogen atoms have been added at the riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1748 1460 1.01 %thin resolution shells
Rwork0.1392 ---
all0.1395 145034 --
obs0.1395 145034 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.518 Å2 / ksol: 0.447 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6662 Å20 Å20 Å2
2--2.6017 Å2-0 Å2
3---0.0645 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5351 0 73 641 6065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6157797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0332072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111027
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4006-1.45060.24871460.195514125X-RAY DIFFRACTION99
1.4506-1.50870.20481460.147214207X-RAY DIFFRACTION100
1.5087-1.57740.13791460.118514241X-RAY DIFFRACTION100
1.5774-1.66060.15131460.101214265X-RAY DIFFRACTION100
1.6606-1.76460.13691460.099614268X-RAY DIFFRACTION100
1.7646-1.90080.16031460.104114311X-RAY DIFFRACTION100
1.9008-2.09210.12391460.113314382X-RAY DIFFRACTION100
2.0921-2.39480.15071460.117914417X-RAY DIFFRACTION100
2.3948-3.01690.17041460.148214487X-RAY DIFFRACTION100
3.0169-35.16450.22011460.174814871X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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