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万見
- PDB-4ev5: Crystal structure of copper amine oxidase-1 from Hansenula polymo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ev5
タイトルCrystal structure of copper amine oxidase-1 from Hansenula polymorpha in complex with benzylamine
要素Peroxisomal primary amine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / peroxisome / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 ...Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZYLAMINE / COPPER (II) ION / HYDROGEN PEROXIDE / Peroxisomal primary amine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Ogataea angusta (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Klema, V.J. / Solheid, C.J. / Wilmot, C.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of copper amine oxidase-1 from Hansenula polymorpha in complex with benzylamine
著者: Klema, V.J. / Solheid, C.J. / Klinman, J.P. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal primary amine oxidase
B: Peroxisomal primary amine oxidase
C: Peroxisomal primary amine oxidase
D: Peroxisomal primary amine oxidase
E: Peroxisomal primary amine oxidase
F: Peroxisomal primary amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)469,90552
ポリマ－465,9826
非ポリマー3,92346
水54,5133026
1
A: Peroxisomal primary amine oxidase
B: Peroxisomal primary amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,75019
ポリマ－155,3272
非ポリマー1,42217
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17980 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area43740 Å2
手法PISA
2
C: Peroxisomal primary amine oxidase
D: Peroxisomal primary amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,59016
ポリマ－155,3272
非ポリマー1,26214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17880 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area43850 Å2
手法PISA
3
E: Peroxisomal primary amine oxidase
F: Peroxisomal primary amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,56617
ポリマ－155,3272
非ポリマー1,23815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18010 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area43730 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area59900 Å2
ΔGint-290 kcal/mol
Surface area125290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.239, 233.706, 105.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Peroxisomal primary amine oxidase / Copper amine oxidase / Methylamine oxidase


分子量: 77663.633 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ogataea angusta (菌類) / 遺伝子: AMO / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P12807, primary-amine oxidase

-
非ポリマー , 5種, 3072分子

#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物
ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#5: 化合物
ChemComp-ABN / BENZYLAMINE / ベンジルアミン


分子量: 107.153 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3026 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
由来についての詳細HANSENULA POLYMORPHA AND OGATAEA ANGUSTA ARE THE SAME ORGANISM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8% PEG8000, 0.22 M potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 235420 / Num. obs: 232595 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OOV

2oov


解像度: 2.25→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 12.791 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22989 11654 5 %RANDOM
Rwork0.16906 ---
obs0.17212 220912 98.8 %-
all-223595 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31122 0 242 3026 34390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02232547
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9511.9644331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.87254039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63123.7671508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.432155185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.28515200
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.24701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02125310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0111.519863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.745232331
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.072312684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5094.511941
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 793 -
Rwork0.258 16116 -
obs--97.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17280.0727-0.02010.3065-0.06970.02210.0536-0.01140.04920.1113-0.02520.1064-0.00880.031-0.02840.17280.00760.03010.1395-0.01780.067648.7405-1.20999.3398
20.17920.0067-0.00430.2105-0.02080.00250.00170.0012-0.04230.02920.0020.052-0.0098-0.0004-0.00370.1316-0.0032-0.01070.16060.01830.079747.3661-34.0779-2.6966
30.1151-0.0952-0.03060.14490.070.06690.02630.02960.0976-0.0207-0.0337-0.0350.013-0.03190.00750.14890.0292-0.00020.1030.0380.129471.532334.1203-24.0141
40.1267-0.1611-0.05180.27140.08690.07040.06290.03640.1488-0.0409-0.0016-0.170.0277-0.0548-0.06130.11530.00780.06430.11590.06210.184101.880323.8314-37.4786
50.25170.0764-0.09980.2871-0.04810.0418-0.00430.093-0.0212-0.0654-0.0069-0.05380.0013-0.04740.01120.1481-0.00420.00040.23-0.02490.0143103.6833-27.9652-51.4389
60.37420.0972-0.17160.0829-0.04110.0904-0.05970.0238-0.1589-0.017-0.0156-0.0496-0.0082-0.0050.07530.1189-0.0051-0.00550.1431-0.03040.126391.5052-50.0703-27.6182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 671
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 671
3X-RAY DIFFRACTION3C18 - 672
4X-RAY DIFFRACTION4D18 - 672
5X-RAY DIFFRACTION5E19 - 672
6X-RAY DIFFRACTION6F18 - 672

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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