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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eug | ||||||
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タイトル | Crystallographic and Enzymatic Studies of an Active Site Variant H187Q of Escherichia Coli Uracil DNA Glycosylase: Crystal Structures of Mutant H187Q and its Uracil Complex | ||||||
要素 | PROTEIN (GLYCOSYLASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSYLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Xiao, G. / Tordova, M. / Drohat, A.C. / Jagadeesh, J. / Stivers, J.T. / Gilliland, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Heteronuclear NMR and crystallographic studies of wild-type and H187Q Escherichia coli uracil DNA glycosylase: electrophilic catalysis of uracil expulsion by a neutral histidine 187. 著者: Drohat, A.C. / Xiao, G. / Tordova, M. / Jagadeesh, J. / Pankiewicz, K.W. / Watanabe, K.A. / Gilliland, G.L. / Stivers, J.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4eug.cif.gz | 63.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4eug.ent.gz | 45.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4eug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4eug_validation.pdf.gz | 415.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4eug_full_validation.pdf.gz | 418.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4eug_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4eug_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eug | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3eugS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25696.117 Da / 分子数: 1 / 変異: H187Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / 解説: SIGMA CHEMICAL / 遺伝子: UNG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12295, uridine nucleosidase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: PROTEIN CONCENTRATION 14.9 MG/ML, 0.2 M SODIUM ACETATE, 30% PEG4000, 0.1 M TRIS BUFFER, PH 8.5 USING HANGING DROP AT 293K. | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Xiao, G., (1999) Proteins Struct.Funct.Genet., 35, 13. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.95 |
検出器 | タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→99 Å / Num. obs: 77493 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3EUG 解像度: 1.4→99 Å / Num. parameters: 8359 / Num. restraintsaints: 7437 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2087 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→99 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 99 Å / σ(F): 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.028 |