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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4esp | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Peanut Allergen Ara h 5 | ||||||
![]() | Profilin | ||||||
![]() | ALLERGEN / peanut allergen / allergy / ara h 5 / profilin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Y. / Zhang, Y.Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Peanut ( Arachis hypogaea ) Allergen Ara h 5. 著者: Wang, Y. / Fu, T.J. / Howard, A. / Kothary, M.H. / McHugh, T.H. / Zhang, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13983.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: profilin / プラスミド: pRSFduet-1 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.57 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate, 15% v/v 2-Propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月3日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 26.4 % / Av σ(I) over netI: 14.39 / 数: 1896249 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Χ2: 1 / D res high: 1.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 71959 / % possible obs: 99.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.1→50.76 Å / Num. obs: 71959 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 26.4 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 13.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 33.64 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 45.74 Å2 / Biso mean: 14.2579 Å2 / Biso min: 5.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→50.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.101→1.13 Å / Total num. of bins used: 20
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