PDB-4esp: Crystal Structure of Peanut Allergen Ara h 5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4esp

タイトル

Crystal Structure of Peanut Allergen Ara h 5

要素

Profilin

キーワード

ALLERGEN / peanut allergen / allergy / ara h 5 / profilin

機能・相同性

機能・相同性情報

actin binding / cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Wang, Y. / Zhang, Y.Z.

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Peanut ( Arachis hypogaea ) Allergen Ara h 5.
著者: Wang, Y. / Fu, T.J. / Howard, A. / Kothary, M.H. / McHugh, T.H. / Zhang, Y.

履歴

登録	2012年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4esp.cif.gz	77.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4esp.ent.gz	57.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4esp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qhf-d 3rvl-2 4dx9-3 6swf-1 1dk7-1 4jp1-d 6dxt-1 3f43-d 2l9w-d 1hcd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (6) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Profilin

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.574, 58.574, 101.717
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Profilin 分子量: 13983.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) 遺伝子: profilin / プラスミド: pRSFduet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D3K177
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.57 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate, 15% v/v 2-Propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月3日

放射

モノクロメーター: ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 26.4 % / Av σ(I) over netI: 14.39 / 数: 1896249 / R_merge(I) obs: 0.172 / Χ²: 1 / D res high: 1.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 71959 / % possible obs: 99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
2.99	50	93.8	1	0.161	0.984	18.2
2.37	2.99	99.9	1	0.159	0.975	28.2
2.07	2.37	99.9	1	0.163	1.017	25
1.88	2.07	99.5	1	0.168	0.972	24.2
1.75	1.88	100	1	0.174	0.984	28.7
1.64	1.75	100	1	0.178	1.004	28.8
1.56	1.64	100	1	0.179	1.027	28.7
1.49	1.56	100	1	0.184	1.025	28.7
1.44	1.49	100	1	0.199	1.009	28.6
1.39	1.44	100	1	0.213	1.02	28.4
1.34	1.39	100	1	0.224	1.015	28.3
1.3	1.34	100	1	0.232	0.989	28.3
1.27	1.3	100	1	0.278	0.991	28.1
1.24	1.27	100	1	0.269	1.011	28
1.21	1.24	100	1	0.318	1.108	27.9
1.18	1.21	100	1	0.308	0.98	27.8
1.16	1.18	100	1	0.325	0.997	27.7
1.14	1.16	99.9	1	0.362	0.983	26.8
1.12	1.14	99.8	1	0.396	0.98	20.6
1.1	1.12	98.8	1	0.471	0.99	15.8

反射

解像度: 1.1→50.76 Å / Num. obs: 71959 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 26.4 % / R_merge(I) obs: 0.172 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 13.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.1-1.12	15.8	0.471	3510	0.99	1	98.8
1.12-1.14	20.6	0.396	3538	0.98	1	99.8
1.14-1.16	26.8	0.362	3539	0.983	1	99.9
1.16-1.18	27.7	0.325	3572	0.997	1	100
1.18-1.21	27.8	0.308	3555	0.98	1	100
1.21-1.24	27.9	0.318	3562	1.108	1	100
1.24-1.27	28	0.269	3575	1.011	1	100
1.27-1.3	28.1	0.278	3569	0.991	1	100
1.3-1.34	28.3	0.232	3561	0.989	1	100
1.34-1.39	28.3	0.224	3569	1.015	1	100
1.39-1.44	28.4	0.213	3606	1.02	1	100
1.44-1.49	28.6	0.199	3596	1.009	1	100
1.49-1.56	28.7	0.184	3605	1.025	1	100
1.56-1.64	28.7	0.179	3581	1.027	1	100
1.64-1.75	28.8	0.178	3641	1.004	1	100
1.75-1.88	28.7	0.174	3627	0.984	1	100
1.88-2.07	24.2	0.168	3642	0.972	1	99.5
2.07-2.37	25	0.163	3674	1.017	1	99.9
2.37-2.99	28.2	0.159	3728	0.975	1	99.9
2.99-38.36	18.2	0.161	3709	0.984	1	93.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 33.64 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	38.36 Å
Translation	2.5 Å	38.36 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.1→50.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.1972 / WR_factor R_work: 0.1783 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9005 / SU B: 0.657 / SU ML: 0.015 / SU R Cruickshank DPI: 0.0286 / SU R_free: 0.0283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1827	3629	5.1 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.1687	71849	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 45.74 Å² / B_iso mean: 14.2579 Å² / B_iso min: 5.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→50.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	981	0	40	174	1195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.036	0.022	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.954	2.004	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.095	5	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.004	26.809	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.915	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.162	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.168	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.564	1.5	695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.688	2	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.516	3	458
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.207	4.5	411
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.448	3	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	18.224	3	174
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.143	3	1124

LS精密化シェル

解像度: 1.101→1.13 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	267	-
R_work	0.354	4945	-
all	-	5212	-
obs	-	-	98.99 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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