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- PDB-4esb: Crystal structure of PadR-like transcriptional regulator (BC4206)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4esb
タイトルCrystal structure of PadR-like transcriptional regulator (BC4206) from Bacillus cereus strain ATCC 14579
要素Transcriptional regulator, PadR family
キーワードTRANSCRIPTION / PadR family / transcriptional regulator / DNA binding protein / winged-HTH fold
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, PadR family
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fibriansah, G. / Kovacs, A.T. / Kuipers, O.P. / Thunnissen, A.M.W.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Two Transcriptional Regulators from Bacillus cereus Define the Conserved Structural Features of a PadR Subfamily.
著者: Fibriansah, G. / Kovacs, A.T. / Pool, T.J. / Boonstra, M. / Kuipers, O.P. / Thunnissen, A.M.
履歴
登録2012年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Derived calculations
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7696
ポリマ－13,3041
非ポリマー4645
水30617
1
A: Transcriptional regulator, PadR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, PadR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,53712
ポリマ－26,6092
非ポリマー92910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.536, 73.536, 84.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR family


分子量: 13304.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: BC_4206 / プラスミド: pNSC8048 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): subsp. cremoris NZ9000 / 参照: UniProt: Q818P3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Diamond (111)and Ge (220) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.22 Å / Num. obs: 8474 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.5-2.6480.6112.912031100
2.64-2.880.4054.511381100
2.8-2.997.90.2317.610691100
2.99-3.237.90.16310.710031100
3.23-3.547.80.09618.29301100
3.54-3.957.80.05829.28441100
3.95-4.567.60.03544.37651100
4.56-5.597.50.03445.46591100
5.59-7.917.10.03640.75211100
7.91-44.226.20.02362324199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3hhh

3hhh


解像度: 2.5→36.498 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 392 4.66 %
Rwork0.2011 --
obs0.2023 8418 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.126 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.3755 Å20 Å2-0 Å2
2--11.3755 Å20 Å2
3----22.751 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.498 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数824 0 29 17 870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7021152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.622328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.86190.27271440.25252585X-RAY DIFFRACTION100
2.8619-3.60520.24711210.19712649X-RAY DIFFRACTION100
3.6052-36.50160.20361270.19142792X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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