+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4es8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the adhesin domain of Epf from Streptococcus pyogenes in P212121 | ||||||
![]() | Epf | ||||||
![]() | CELL ADHESION / carbohydrate-binding module / fibronectin-like domain / adhesin / extracellular | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Linke, C. / Siemens, N. / Kreikemeyer, B. / Baker, E.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Extracellular Protein Factor Epf from Streptococcus pyogenes Is a Cell Surface Adhesin That Binds to Cells through an N-terminal Domain Containing a Carbohydrate-binding Module. 著者: Linke, C. / Siemens, N. / Oehmcke, S. / Radjainia, M. / Law, R.H. / Whisstock, J.C. / Baker, E.N. / Kreikemeyer, B. #1: ![]() タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of the adhesion domain of Epf from Streptococcus pyogenes 著者: Linke, C. / Siemens, N. / Middleditch, M. / Kreikenmeyer, B. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 123.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 449.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35799.207 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: M49 591 / 遺伝子: SpyoM01000212 / プラスミド: pASK_IBA2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 983分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-K / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 25 % (w/v) PEG3350, 400 mM K Acetate, pH 7.4, 0.02 MG/ML CHYMOTRYPSIN (Type VII, TLCK-treated, Sigma-Aldrich), temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.579→19.803 Å / Num. all: 83319 / Num. obs: 83319 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 20.4 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 35.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.55 Å2 / Biso mean: 17.1438 Å2 / Biso min: 3.44 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.139 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→19.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.58→1.62 Å / Total num. of bins used: 20
|