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- PDB-4erc: Structure of VHZ bound to metavanadate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4erc
タイトルStructure of VHZ bound to metavanadate
要素Dual specificity protein phosphatase 23
キーワードHYDROLASE / Alpha Beta / Phosphatase(hydrolase)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / dephosphorylation / phosphatase activity / cilium assembly / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...: / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
oxido(dioxo)vanadium / Dual specificity protein phosphatase 23
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Vyacheslav, K. / Alvan, C.H. / Sean, J.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: New Aspects of the Phosphatase VHZ Revealed by a High-Resolution Structure with Vanadate and Substrate Screening.
著者: Kuznetsov, V.I. / Hengge, A.C. / Johnson, S.J.
履歴
登録2012年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein phosphatase 23
B: Dual specificity protein phosphatase 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4184
ポリマ－33,2202
非ポリマー1982
水7,909439
1
A: Dual specificity protein phosphatase 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7092
ポリマ－16,6101
非ポリマー991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dual specificity protein phosphatase 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7092
ポリマ－16,6101
非ポリマー991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.992, 79.970, 99.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity protein phosphatase 23 / Low molecular mass dual specificity phosphatase 3 / LDP-3 / VH1-like phosphatase Z


分子量: 16610.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP23, LDP3, VHZ / プラスミド: pET45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+ (DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9BVJ7, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-VN4 / oxido(dioxo)vanadium


分子量: 98.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.88 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: VHZ 20 mg/mL in the crystallization buffer was mixed with 50 mM solution of sodium vanadate (final vanadate concentration 10mM One uL of protein-vanadate complex was mixed with an equal ...詳細: VHZ 20 mg/mL in the crystallization buffer was mixed with 50 mM solution of sodium vanadate (final vanadate concentration 10mM One uL of protein-vanadate complex was mixed with an equal volume of well solution containing 150 mM L-Malate, pH 7.0 and PEG3350 (15-20 % v/w), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 94449 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
X-PLORモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→31.32 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 0 / 位相誤差: 12.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.145 1941 2.13 %
Rwork0.128 --
obs0.129 91098 95.9 %
all-94449 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.89 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1209 Å2-0 Å20 Å2
2---1.3788 Å20 Å2
3---0.2579 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→31.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2338 0 8 439 2785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2453377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.691948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1488-1.17750.21331220.1655761X-RAY DIFFRACTION87
1.1775-1.20940.15991310.13595976X-RAY DIFFRACTION92
1.2094-1.2450.16341310.12086057X-RAY DIFFRACTION93
1.245-1.28510.15811350.11246180X-RAY DIFFRACTION94
1.2851-1.33110.131370.10676291X-RAY DIFFRACTION95
1.3311-1.38440.14411380.10366304X-RAY DIFFRACTION96
1.3844-1.44740.13961410.10346369X-RAY DIFFRACTION97
1.4474-1.52370.14451380.10336435X-RAY DIFFRACTION98
1.5237-1.61910.12741410.09956483X-RAY DIFFRACTION98
1.6191-1.74410.15021440.10436545X-RAY DIFFRACTION99
1.7441-1.91960.12561450.11656543X-RAY DIFFRACTION98
1.9196-2.19740.13141450.11386691X-RAY DIFFRACTION100
2.1974-2.76820.14411460.12816722X-RAY DIFFRACTION100
2.7682-31.33380.1511470.16096800X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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