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- PDB-4epu: Ang1 fibrinogen-related domain (FReD) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4epu
タイトルAng1 fibrinogen-related domain (FReD)
要素Angiopoietin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / fibrinogen / signaling / Tie2/TEK / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / positive regulation of blood-brain barrier permeability / heparin proteoglycan biosynthetic process / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of coagulation / negative regulation of cytokine production involved in immune response ...regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / positive regulation of blood-brain barrier permeability / heparin proteoglycan biosynthetic process / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of coagulation / negative regulation of cytokine production involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cell adhesion / negative regulation of vascular permeability / sprouting angiogenesis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein localization to cell surface / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of protein import into nucleus / positive chemotaxis / cell-substrate adhesion / microvillus / hemopoiesis / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Tie2 Signaling / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of cell adhesion / receptor tyrosine kinase binding / blood coagulation / : / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / angiogenesis / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / membrane raft / receptor ligand activity / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ANG-1-like domain / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain ...ANG-1-like domain / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.098 Å
データ登録者Yeykal, C.C. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Biochemical and structural characterization of the Ang1 fibrinogen-related domain
著者: Yeykal, C.C. / Sundaresan, L. / Mrksich, M. / Adams, E.J.
履歴
登録2012年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiopoietin-1
B: Angiopoietin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6474
ポリマ－50,5672
非ポリマー802
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.903, 80.903, 186.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-805-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resseq 1:215 )A1 - 215
211chain B and (resseq 1:215 )B1 - 215

-
要素

#1: タンパク質 Angiopoietin-1 / ANG-1


分子量: 25283.457 Da / 分子数: 2 / 断片: Fibrinogen C-terminal domain, UNP residues 282-497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANGPT1, KIAA0003 / 発現宿主: Trichopulsia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15389
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M PIPES pH 6.5, 0.2M NaCl, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.098→50 Å / Num. obs: 39116 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z3S

1z3s


解像度: 2.098→46.443 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8492 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 1873 5.03 %
Rwork0.1826 --
obs0.1835 37253 92.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.916 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.92 Å2 / Biso mean: 37.4776 Å2 / Biso min: 14.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.899 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.899 Å20 Å2
3----1.7979 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.098→46.443 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3472 0 2 232 3706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0754821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3181269
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1725X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
12B1725X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.098-2.15480.3465950.29311804189962
2.1548-2.21820.24641280.24512383251181
2.2182-2.28980.24981250.22682627275289
2.2898-2.37170.21341420.21952686282891
2.3717-2.46660.23961500.2042764291494
2.4666-2.57890.22641580.20792777293595
2.5789-2.71480.24441450.20222849299497
2.7148-2.88490.23471440.21872905304998
2.8849-3.10760.22881620.19742886304898
3.1076-3.42020.19811510.17962899305099
3.4202-3.91490.17251560.152926308299
3.9149-4.93150.14721850.129729093094100
4.9315-46.45470.19521320.18852965309799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0030.00120.00310.0029-0.00070.0016-0.0034-0.01410.0249-0.0051-0.012-0.0218-0.01780.0144-0.01610.4432-0.31940.10680.2741-0.13710.414415.758131.2887-9.3111
20.00710.0042-0.00910.0004-0.00150.0007-0.00780.00550.0514-0.02550.00210.0021-0.05110.0358-0.04690.3668-0.46630.14110.07430.05670.117611.520621.9331-20.4854
30.01760.00010.00580.00420.00860.01970.0159-0.0520.02170.0062-0.0011-0.0131-0.05110.0756-0.0040.3341-0.30820.02670.2666-0.11250.212611.02419.3008-9.6761
40.0050.0056-0.00570.02480.01790.03090.0065-0.00010.0325-0.0040.01280.004-0.07840.1226-0.00520.2455-0.13140.01840.2158-0.03780.0674.610212.754-11.3919
50.01910.012-00.00780.00470.00130.02310.0266-0.0339-0.05130.0404-0.0221-0.04560.03090.06680.2538-0.2899-0.04030.1801-0.06550.07419.21115.1559-20.991
60.00910.0031-0.03980.001-0.01020.21720.0141-0.0189-0.00450.0199-0.01130.00950.0022-0.0014-0.00290.3246-0.17940.00760.29230.00210.172-2.30238.8284-32.459
70.01720.0048-0.01870.0103-0.00280.03030.0159-0.02740.01990.0217-0.00210.0227-0.03350.02430.00370.3802-0.16420.02380.1636-0.01480.18210.135615.4077-17.9921
80.108-0.07430.02550.0515-0.01810.0075-0.0186-0.0359-0.0255-0.00550.0067-0.0801-0.00120.0614-0.00460.1131-0.04520.05850.6003-0.13410.448934.9281-2.26121.7418
90.0095-0.0167-0.00880.03510.02550.0202-0.0197-0.0055-0.0179-0.00170.0144-0.05830.0020.0097-0.01450.09420.0466-0.00360.4846-0.05050.259726.6352-7.08377.2138
100.07830.0110.04240.0076-0.00440.03410.02160.014-0.03760.01090.0215-0.03430.00010.064-0.00530.0478-0.0867-0.07190.5793-0.0630.163323.44493.482817.0971
110.0383-0.009-0.02240.01850.00290.0076-0.00250.0028-0.0006-0.03010.0443-0.025-0.04760.0980.00960.0811-0.08920.07170.5076-0.0530.226422.2246-0.10732.2576
120.0756-0.0062-0.01690.00220.00530.0091-0.0199-0.0308-0.01380.03450.0339-0.0485-0.07550.1564-0.00640.2155-0.04790.03530.414-0.02990.215515.4249-3.6135.7849
130.00790.00740.01970.02780.04870.0991-0.01530.03220.0007-0.0344-0.01690.0044-0.07470.07280.00370.1468-0.0512-0.01150.333-0.04510.066510.565-0.75111.5467
140.04420.0188-0.01560.0169-0.00260.03220.024-0.05550.0430.01930.04020.0252-0.01720.04540.06110.0626-0.0750.04930.42050.01760.08749.06415.396613.5681
150.15390.05450.08680.04540.07890.1443-0.00730.0577-0.0027-0.01130.0056-0.0022-0.00390.01550.00550.1765-0.07220.00390.41920.01040.18556.4896-6.405625.0394
160.0737-0.00230.01390.02740.01390.0127-0.00550.0312-0.0812-0.02150.0102-0.0002-0.00090.0460.01170.10180.00860.0040.448-0.02310.19813.4091-7.587510.5754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 283:311)A283 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 312:358)A312 - 358
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 359:378)A359 - 378
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 379:415)A379 - 415
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 416:463)A416 - 463
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 464:473)A464 - 473
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 474:497)A474 - 497
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 283:311)B283 - 311
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 312:330)B312 - 330
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 331:358)B331 - 358
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 359:378)B359 - 378
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 379:399)B379 - 399
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 400:415)B400 - 415
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 416:463)B416 - 463
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 464:473)B464 - 473
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 474:497)B474 - 497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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