PDB-4epq: canonical poly(ADP-ribose) glycohydrolase RBPI inhibitor complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4epq

タイトル

canonical poly(ADP-ribose) glycohydrolase RBPI inhibitor complex from Tetrahymena thermophila

要素

Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Macro domain / PAR / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / regulation of DNA repair / carbohydrate metabolic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Tetrahymena thermophila (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.399 Å

データ登録者

Dunstan, M.S. / Leys, D.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Structure and mechanism of a canonical poly(ADP-ribose) glycohydrolase.
著者: Dunstan, M.S. / Barkauskaite, E. / Lafite, P. / Knezevic, C.E. / Brassington, A. / Ahel, M. / Hergenrother, P.J. / Leys, D. / Ahel, I.

履歴

登録	2012年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月29日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4epq.cif.gz	197.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4epq.ent.gz	157 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4epq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4epq_validation.pdf.gz	796 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4epq_full_validation.pdf.gz	805.9 KB	表示
XML形式データ	4epq_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	4epq_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4epq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4epq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eppSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4epp-2 4epp-1 4l2h-d 3b39-1 3un7-2 4z80-1 5vo3-d 5wqp-d 6toy-d 6euj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.680, 80.680, 89.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Poly(ADP-ribose) glycohydrolase 分子量: 55873.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6L8L8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-0RR / 3-{(5Z)-5-[5-chloro-1-(2,6-dichlorobenzyl)-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene]-4-oxo-2-thioxo-1,3-thiazolidin-3-yl}propanoic acid 分子量: 527.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₃Cl₃N₂O₄S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.77 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.399→36.771 Å / Num. obs: 22497

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7_650) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EPP

4epp

解像度: 2.399→36.771 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2307	1151	5.12 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.1683	22497	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.925 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.203 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.203 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.406 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.399→36.771 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3617	0	32	69	3718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3714
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.151	4987
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.647	1428
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.399-2.5078	0.3487	167	0.2678	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5078-2.64	0.279	146	0.2347	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.8054	0.278	143	0.2019	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8054-3.0219	0.2823	144	0.1995	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0219-3.3258	0.2519	142	0.1811	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3258-3.8066	0.2351	159	0.1652	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8066-4.7943	0.1761	126	0.1263	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7943-36.771	0.2005	124	0.1452	2727	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.9511 Å / Origin y: 20.9225 Å / Origin z: -1.0772 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3492 Å²	0.007 Å²	0.0115 Å²	-	0.119 Å²	-0.0004 Å²	-	-	0.1993 Å²
L	0.7757 °²	-0.114 °²	0.4394 °²	-	1.1361 °²	0.4281 °²	-	-	1.7716 °²
S	0.0145 Å °	-0.0409 Å °	0.0972 Å °	-0.1855 Å °	0.0789 Å °	-0.0249 Å °	-0.555 Å °	0.1055 Å °	0.072 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 14:452 OR RESID 501:501 OR RESID 601:669 ) )	A	14 - 452
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 14:452 OR RESID 501:501 OR RESID 601:669 ) )	A	501
3	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 14:452 OR RESID 501:501 OR RESID 601:669 ) )	A	601 - 669

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関連情報:EMDBヘッダ

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