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- PDB-4epp: Canonical poly(ADP-ribose) glycohydrolase from Tetrahymena thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4epp
タイトルCanonical poly(ADP-ribose) glycohydrolase from Tetrahymena thermophila.
要素Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
キーワードHYDROLASE / Marco domain / PAR
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / regulation of DNA repair / carbohydrate metabolic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Poly(ADP-ribose) glycohydrolase / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), catalytic domain / : / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), Macro domain fold / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / poly(ADP-ribose) glycohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Leys, D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Structure and mechanism of a canonical poly(ADP-ribose) glycohydrolase.
著者: Dunstan, M.S. / Barkauskaite, E. / Lafite, P. / Knezevic, C.E. / Brassington, A. / Ahel, M. / Hergenrother, P.J. / Leys, D. / Ahel, I.
履歴
登録2012年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
B: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8914
ポリマ－111,7722
非ポリマー1,1192
水18,0151000
1
A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4452
ポリマ－55,8861
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4452
ポリマ－55,8861
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.700, 112.700, 88.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Poly(ADP-ribose) glycohydrolase


分子量: 55886.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6L8L8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1000 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→19.923 Å / Num. obs: 80676

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.923 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8812 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2069 4023 4.99 %
Rwork0.167 76653 -
obs0.169 80676 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.12 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 77.25 Å2 / Biso mean: 28.6497 Å2 / Biso min: 10.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0787 Å20 Å2-0 Å2
2--1.0787 Å20 Å2
3----2.1574 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7236 0 72 1000 8308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0399992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721084
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7872942
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.95-1.97290.25761200.252626402760
1.9729-1.9970.27861280.235626552783
1.997-2.02220.28581440.214526462790
2.0222-2.04880.26591420.211826262768
2.0488-2.07680.24751170.198326292746
2.0768-2.10650.23771320.192426492781
2.1065-2.13790.24551370.191726412778
2.1379-2.17130.25151330.177626442777
2.1713-2.20680.21141440.173826392783
2.2068-2.24480.20711280.170426202748
2.2448-2.28560.19781290.172526342763
2.2856-2.32950.22831280.170126232751
2.3295-2.37690.22421260.164126642790
2.3769-2.42850.22271360.168126492785
2.4285-2.48490.21411330.169626122745
2.4849-2.5470.24581520.172826402792
2.547-2.61570.2131660.175826302796
2.6157-2.69250.22291430.16226292772
2.6925-2.77920.21031380.171626032741
2.7792-2.87820.18761400.163126702810
2.8782-2.99310.20821460.164626442790
2.9931-3.12880.19981270.163126642791
3.1288-3.29310.21241490.163326162765
3.2931-3.49840.18411390.15526782817
3.4984-3.76680.20621340.1526502784
3.7668-4.14280.17241540.140726212775
4.1428-4.73520.18381530.136526622815
4.7352-5.93950.18471440.175926892833
5.9395-19.9230.19871610.174626862847

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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