PDB-4ep5: Thermus thermophilus RuvC structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ep5

タイトル

Thermus thermophilus RuvC structure

要素

Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC

キーワード

HYDROLASE / resolvase

機能・相同性

機能・相同性情報

crossover junction endodeoxyribonuclease / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Chen, L. / Shi, K. / Yin, Z.Q. / Aihara, H.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structural asymmetry in the Thermus thermophilus RuvC dimer suggests a basis for sequential strand cleavages during Holliday junction resolution.
著者: Chen, L. / Shi, K. / Yin, Z. / Aihara, H.

履歴

登録	2012年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ep5.cif.gz	74.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ep5.ent.gz	56.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ep5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4ep5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4ep5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ep4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rld-4 2bfx-1 5ked-4 4e13-d 5gnf-d 3q6u-d 6lcf-2 6syc-d 6rln-2 5ked-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC

ヘテロ分子

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC

ヘテロ分子

A: Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.183, 60.019, 135.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- SO4
2	1	A-314- HOH
3	1	A-318- HOH

#1: タンパク質	Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC / Holliday junction nuclease RuvC / Holliday junction resolvase RuvC 分子量: 17780.820 Da / 分子数: 1 / 変異: D146N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: ruvC, TTHA1090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SJC4, crossover junction endodeoxyribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 4.2 詳細: PEG400, Li2SO4, and sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 96 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 8463 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / R_sym value: 0.698 / % possible all: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1005)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→36.13 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	844	10 %
R_work	0.208	-	-
obs	0.213	8444	92.9 %
all	-	8444	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.3775 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	26.8988 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-18.5213 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→36.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1165	0	26	20	1211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974	1640
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.88	432
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	186
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	206

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0747-2.2047	0.3161	107	0.2548	954	X-RAY DIFFRACTION	72
2.2047-2.3749	0.3332	126	0.228	1150	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3749-2.6138	0.222	148	0.2037	1322	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6138-2.9919	0.1968	150	0.1998	1353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9919-3.7688	0.25	151	0.2025	1368	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7688-36.1345	0.2778	162	0.2049	1453	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6679	-0.9745	-1.7022	5.7098	-1.0831	1.6353	0.3361	-0.1052	0.007	0.2631	0.2264	-0.4326	0.0224	0.1848	-0.5461	0.1689	-0.0121	0.041	0.7557	-0.0601	0.4399	5.3817	2.851	19.471
2	5.8978	-3.5081	-2.653	7.0492	-3.4134	6.2108	0.1038	0.9119	-0.3848	-0.0371	0.0737	-0.157	-1.1387	0.28	-0.1094	0.2209	-0.018	0.0414	0.3793	-0.0211	0.2033	2.9812	6.1327	18.0434
3	3.4933	0.4731	-3.1845	6.0089	-2.6578	3.7291	-0.3925	1.4231	0.1238	-1.0546	-0.4426	1.5555	0.8459	-1.1191	0.8525	0.4865	-0.0952	-0.1222	1.0817	-0.0964	0.676	1.5416	-4.2695	0.7334
4	2.7748	-2.3067	-2.1678	4.0445	3.1791	8.6522	0.4492	0.8704	-0.1808	-0.6048	-0.6933	0.3174	-0.7176	-0.9674	0.2071	0.3887	0.0086	-0.0472	0.6996	0.0263	0.3273	-0.0363	7.709	13.8409
5	8.7423	5.2755	6.8336	3.371	4.742	7.4334	-1.4377	0.7786	-0.2265	-0.7231	1.2487	-0.4114	-1.1343	0.9005	0.0172	0.5418	-0.0849	-0.0528	0.6813	0.0399	0.3886	5.5327	14.6542	36.0388
6	9.6193	3.7673	-2.1205	2.1844	0.5333	6.4627	0.0489	-0.2606	0.9627	0.3166	-0.2679	0.3093	-0.2565	0.3193	0.1702	0.2391	0.0093	-0.0402	0.5859	0.0477	0.4071	-0.501	7.1819	30.5053
7	8.4119	0.6459	-0.9987	4.037	2.9706	8.9815	-0.4597	-1.1777	1.1053	0.4349	-0.0275	1.26	0.5197	-1.4653	0.3582	0.3013	-0.0498	-0.0532	0.9922	-0.0201	0.4937	-8.0597	2.0329	20.1202
8	4.4215	-0.0305	-1.6612	2.13	-0.3639	1.8028	-0.2495	0.1043	-0.6791	0.0864	0.0889	0.5383	0.1651	-0.1557	0.0367	-0.3019	0.0449	0.1269	0.7654	0.031	0.3864	0.6686	-4.2022	17.8114
9	5.2772	-4.9156	1.7382	6.0867	0.6614	4.0265	-0.0578	-1.097	-0.7916	1.0162	0.4202	-1.5795	0.0183	0.8614	-0.2311	0.3379	-0.0681	-0.1629	1.3396	0.4535	0.8951	13.7385	-0.5659	21.6328
10	5.0229	-2.5835	-4.8685	1.7424	2.3543	4.7731	0.0971	-0.6952	0.4587	0.3922	0.2313	-0.1464	-0.2618	0.9041	-0.2454	0.423	-0.1317	0.0087	1.3857	0.1904	0.4895	12.1716	3.4482	34.544
11	1.214	-0.343	-0.6072	1.4391	1.4516	3.8875	-0.3854	-0.1713	-0.5056	0.0504	-0.0393	0.4088	0.4422	-0.0183	0.343	0.2186	-0.0254	0.0551	0.5406	0.0554	0.4171	2.9573	-4.438	24.6439
12	3.1147	-2.1288	4.9559	7.2654	-1.8397	8.3258	-0.1587	-0.1842	-1.0211	-0.0235	0.4937	-0.3825	0.6444	0.7978	-0.221	0.2312	0.0652	0.0321	0.8215	-0.0004	0.4724	16.9152	-2.779	9.8791
13	9.3026	-5.1021	-0.0746	4.0431	-1.2435	1.3344	0.0561	-0.2119	0.9984	-0.1768	0.2768	-0.0759	-0.6203	-0.1613	0.194	0.2073	-0.0613	0.0063	0.9893	-0.1534	0.6347	20.4965	3.1331	8.897
14	2.8168	4.2702	1.5877	6.5653	1.793	8.2483	-0.2166	1.6494	0.4398	-1.1207	0.3121	-0.3195	-0.5592	0.5533	-0.0538	0.4411	0.1044	0.1198	0.7248	0.1128	0.3847	9.0723	6.892	4.1833
15	9.6313	1.1	0.5876	4.8057	-5.2539	9.1364	0.3926	-0.8077	0.7249	0.1905	-0.0647	0.8543	-2.5367	0.5932	0.0204	0.804	0.0411	0.0038	0.3527	-0.077	0.5351	8.1537	13.5836	11.023
16	7.5119	2.4446	-1.1191	4.6654	-0.3291	3.4718	0.0537	-0.1459	-0.8878	-0.2397	0.1202	-1.0708	0.0026	0.5333	-0.1435	0.1737	0.0272	-0.011	0.6841	-0.0432	0.2988	8.0814	-0.6923	12.1809
17	6.0686	-1.1252	-0.3598	6.0967	5.3296	9.0843	-0.7676	0.2932	-1.495	0.4241	0.2791	0.246	2.3687	1.8743	0.5618	0.6717	0.2501	0.1889	0.7575	-0.0472	1.0493	7.918	-11.6039	12.7308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:11)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 12:19)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 20:26)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 27:37)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 38:45)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 46:56)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 57:63)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 64:69)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 70:80)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 81:86)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 87:107)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 108:116)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 117:125)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 126:134)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 135:143)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 144:157)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 158:166)

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