PDB-4eob: Structure of the type VI peptidoglycan amidase effector Tse1 from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eob

タイトル

Structure of the type VI peptidoglycan amidase effector Tse1 from Pseudomonas aeruginosa

要素

type VI amidase effector Tse1

キーワード

HYDROLASE / amidase / protease / bacteriolytic / peptidoglycan degrading / Tsi1 / PA1845

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.611 Å

データ登録者

Chou, S. / Mougous, J.D.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2012
タイトル: Structure of a peptidoglycan amidase effector targeted to Gram-negative bacteria by the type VI secretion system.
著者: Chou, S. / Bui, N.K. / Russell, A.B. / Lexa, K.W. / Gardiner, T.E. / LeRoux, M. / Vollmer, W. / Mougous, J.D.

履歴

登録	2012年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月6日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2012年7月11日	Group: Database references
改定 1.3	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eob.cif.gz	119.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eob.ent.gz	94.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f4mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4f4m-1 4fgd-2 4f4m-3 4fge-4 4f4m-4 4f4m-2 4i4u-6 4fgd-4 4fgd-3 4fge-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: type VI amidase effector Tse1

B: type VI amidase effector Tse1

C: type VI amidase effector Tse1

D: type VI amidase effector Tse1

70.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: type VI amidase effector Tse1

登録者が定義した集合体
17.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: type VI amidase effector Tse1

登録者が定義した集合体
17.5 kDa, 1 ポリマー
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3

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17.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: type VI amidase effector Tse1

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5

A: type VI amidase effector Tse1

B: type VI amidase effector Tse1

ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
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6

C: type VI amidase effector Tse1

D: type VI amidase effector Tse1

ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.662, 107.578, 84.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	type VI amidase effector Tse1 分子量: 17529.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1844 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle BL21 / 参照: UniProt: Q9I2Q1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 100mM Sodium thiocyanate, 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: KHOZU double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→45.32 Å / Num. obs: 20654 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.234 / R_sym value: 0.234 / Net I/σ(I): 7.81
反射シェル	解像度: 2.61→2.66 Å / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	Phaser	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	Phaser	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.611→45.32 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2444	3732	9.71 %
R_work	0.1864	-	-
obs	-	20654	98.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.7475 Å²	-0 Å²	8.0428 Å²
2-	-	-10.2911 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.4174 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.611→45.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4361	0	0	161	4522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4453
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.13	6033
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.163	1569
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	652
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	784

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6108-2.6438	0.3617	107	0.2432	1048	X-RAY DIFFRACTION	76
2.6438-2.6786	0.3252	139	0.2404	1114	X-RAY DIFFRACTION	85
2.6786-2.7153	0.3346	121	0.237	1251	X-RAY DIFFRACTION	86
2.7153-2.7541	0.3163	132	0.2403	1216	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7541-2.7952	0.3122	150	0.2189	1180	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7952-2.8388	0.3221	112	0.2177	1219	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8388-2.8854	0.3024	141	0.205	1265	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8854-2.9351	0.2436	126	0.2121	1272	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9351-2.9885	0.2825	144	0.2257	1298	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9885-3.0459	0.3094	115	0.2236	1224	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0459-3.1081	0.2555	140	0.2195	1275	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1081-3.1757	0.3028	150	0.2134	1324	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1757-3.2495	0.2561	137	0.2003	1313	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2495-3.3308	0.2032	129	0.1961	1279	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3308-3.4208	0.2301	152	0.186	1348	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4208-3.5214	0.241	145	0.1887	1338	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5214-3.635	0.2685	126	0.1793	1273	X-RAY DIFFRACTION	96
3.635-3.7649	0.1942	176	0.1588	1353	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7649-3.9155	0.2287	136	0.1597	1372	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9155-4.0936	0.2526	125	0.1646	1354	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0936-4.3093	0.1824	151	0.1518	1362	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3093-4.579	0.1834	147	0.1456	1327	X-RAY DIFFRACTION	98
4.579-4.9322	0.2149	151	0.1556	1359	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9322-5.4278	0.1941	146	0.1804	1328	X-RAY DIFFRACTION	97
5.4278-6.2115	0.2568	147	0.2201	1312	X-RAY DIFFRACTION	97
6.2115-7.8193	0.2462	145	0.1739	1357	X-RAY DIFFRACTION	97
7.8193-45.3307	0.2289	142	0.1863	1345	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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