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- PDB-4eob: Structure of the type VI peptidoglycan amidase effector Tse1 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eob
タイトルStructure of the type VI peptidoglycan amidase effector Tse1 from Pseudomonas aeruginosa
要素type VI amidase effector Tse1
キーワードHYDROLASE / amidase / protease / bacteriolytic / peptidoglycan degrading / Tsi1 / PA1845
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan amidase Tse1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.611 Å
データ登録者Chou, S. / Mougous, J.D.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2012
タイトル: Structure of a peptidoglycan amidase effector targeted to Gram-negative bacteria by the type VI secretion system.
著者: Chou, S. / Bui, N.K. / Russell, A.B. / Lexa, K.W. / Gardiner, T.E. / LeRoux, M. / Vollmer, W. / Mougous, J.D.
履歴
登録2012年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22012年7月11日Group: Database references
改定 1.32013年3月27日Group: Database references
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: type VI amidase effector Tse1
B: type VI amidase effector Tse1
C: type VI amidase effector Tse1
D: type VI amidase effector Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1194
ポリマ－70,1194
非ポリマー00
水2,900161
1
A: type VI amidase effector Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5301
ポリマ－17,5301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: type VI amidase effector Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5301
ポリマ－17,5301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: type VI amidase effector Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5301
ポリマ－17,5301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: type VI amidase effector Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5301
ポリマ－17,5301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: type VI amidase effector Tse1
B: type VI amidase effector Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0602
ポリマ－35,0602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
6
C: type VI amidase effector Tse1
D: type VI amidase effector Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0602
ポリマ－35,0602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.662, 107.578, 84.396
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
type VI amidase effector Tse1


分子量: 17529.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1844 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle BL21 / 参照: UniProt: Q9I2Q1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 100mM Sodium thiocyanate, 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: KHOZU double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→45.32 Å / Num. obs: 20654 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.234 / Rsym value: 0.234 / Net I/σ(I): 7.81
反射 シェル解像度: 2.61→2.66 Å / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXPhaserモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXPhaser位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.611→45.32 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 3732 9.71 %
Rwork0.1864 --
obs-20654 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7475 Å2-0 Å28.0428 Å2
2---10.2911 Å2-0 Å2
3---6.4174 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.611→45.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4361 0 0 161 4522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.136033
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1631569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004784
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6108-2.64380.36171070.24321048X-RAY DIFFRACTION76
2.6438-2.67860.32521390.24041114X-RAY DIFFRACTION85
2.6786-2.71530.33461210.2371251X-RAY DIFFRACTION86
2.7153-2.75410.31631320.24031216X-RAY DIFFRACTION88
2.7541-2.79520.31221500.21891180X-RAY DIFFRACTION90
2.7952-2.83880.32211120.21771219X-RAY DIFFRACTION88
2.8388-2.88540.30241410.2051265X-RAY DIFFRACTION92
2.8854-2.93510.24361260.21211272X-RAY DIFFRACTION90
2.9351-2.98850.28251440.22571298X-RAY DIFFRACTION92
2.9885-3.04590.30941150.22361224X-RAY DIFFRACTION93
3.0459-3.10810.25551400.21951275X-RAY DIFFRACTION93
3.1081-3.17570.30281500.21341324X-RAY DIFFRACTION94
3.1757-3.24950.25611370.20031313X-RAY DIFFRACTION94
3.2495-3.33080.20321290.19611279X-RAY DIFFRACTION96
3.3308-3.42080.23011520.1861348X-RAY DIFFRACTION96
3.4208-3.52140.2411450.18871338X-RAY DIFFRACTION96
3.5214-3.6350.26851260.17931273X-RAY DIFFRACTION96
3.635-3.76490.19421760.15881353X-RAY DIFFRACTION97
3.7649-3.91550.22871360.15971372X-RAY DIFFRACTION97
3.9155-4.09360.25261250.16461354X-RAY DIFFRACTION98
4.0936-4.30930.18241510.15181362X-RAY DIFFRACTION98
4.3093-4.5790.18341470.14561327X-RAY DIFFRACTION98
4.579-4.93220.21491510.15561359X-RAY DIFFRACTION98
4.9322-5.42780.19411460.18041328X-RAY DIFFRACTION97
5.4278-6.21150.25681470.22011312X-RAY DIFFRACTION97
6.2115-7.81930.24621450.17391357X-RAY DIFFRACTION97
7.8193-45.33070.22891420.18631345X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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