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- PDB-4eo5: Yeast Asf1 bound to H3/H4G94P mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eo5
タイトルYeast Asf1 bound to H3/H4G94P mutant
要素
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • Histone chaperone ASF1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/CHAPERONE / Ig-like domain / histone fold / Nucleosome assembly / histone chaperone / STRUCTURAL PROTEIN-CHAPERONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / acetyltransferase activator activity / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / cellular response to stress / negative regulation of DNA damage checkpoint / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of DNA repair ...Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / acetyltransferase activator activity / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / cellular response to stress / negative regulation of DNA damage checkpoint / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of DNA repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / protein modification process / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / regulation of gene expression / chromatin organization / histone binding / chromosome, telomeric region / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone chaperone ASF1-like / Histone deposition protein Asf1 / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site ...Histone chaperone ASF1-like / Histone deposition protein Asf1 / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Histone chaperone ASF1 / Histone H4 / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Scorgie, J.K. / Churchill, M.E.
引用ジャーナル: Epigenetics Chromatin / 年: 2012
タイトル: The conformational flexibility of the C-terminus of histone H4 promotes histone octamer and nucleosome stability and yeast viability.
著者: Chavez, M.S. / Scorgie, J.K. / Dennehey, B.K. / Noone, S.M. / Tyler, J.K. / Churchill, M.E.
履歴
登録2012年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone chaperone ASF1
B: Histone H3.2
C: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5156
ポリマ－37,3053
非ポリマー2103
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7730 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.691, 97.691, 115.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Histone chaperone ASF1 / Anti-silencing function protein 1 / yASF1


分子量: 19098.354 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-169 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ASF1, CIA1, YJL115W, J0755 / プラスミド: pST39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3 plysS / 参照: UniProt: P32447
#2: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 8757.265 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 60-135 / Mutation: G102A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pST39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3 pLysS / 参照: UniProt: P84233
#3: タンパク質 Histone H4


分子量: 9449.118 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 20-102 / Mutation: G94P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pST39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3 pLysS / 参照: UniProt: P62799

-
非ポリマー , 3種, 172分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 7.14% PEG 3350, 0.2 M Magnesium Acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37.24 Å / Num. all: 28711 / Num. obs: 28711 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.14 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.18 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HUE

2hue


解像度: 2.35→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 13.262 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24027 1321 4.9 %RANDOM
Rwork0.20414 ---
all0.20597 25471 --
obs0.20597 25471 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20.65 Å20 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3----1.96 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2563 0 14 169 2746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2821.9793711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.995344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.10323.282131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.32615496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1861528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6571.51665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26122716
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11331067
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.664.5988
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.409 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 100 -
Rwork0.289 1799 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48680.3512-0.15321.8373-1.48383.134-0.0894-0.0604-0.121-0.0816-0.0841-0.37180.3670.29230.17350.2024-0.02940.01060.17-0.05910.2333-14.367734.7366-9.6129
21.07360.71620.14322.8474-1.87681.6633-0.013-0.10140.19040.24290.19070.377-0.2005-0.2131-0.17770.2182-0.01020.02320.2116-0.01490.2122-24.509446.0644-7.3159
30.57190.56580.19131.2788-1.02162.1472-0.09780.05370.0301-0.10930.10830.01140.0697-0.096-0.01050.2055-0.05490.00150.2393-0.0010.2042-23.150739.0359-11.9595
40.04060.07660.09994.0602-3.78564.81640.0115-0.06420.01350.1135-0.0653-0.08610.06770.00140.05380.1962-0.0590.00220.2573-0.02280.2068-18.917141.9216-3.2938
52.93233.2383-5.12093.6075-5.983912.48160.177-0.02910.3060.20370.02480.2993-0.5172-0.4758-0.20190.24860.0006-0.02490.2651-0.05290.3004-15.064342.3682-1.4269
62.3485-0.6564-0.4493.5703-1.56154.3933-0.05710.63280.1839-0.76750.00810.08710.2136-0.05090.0490.2427-0.0781-0.01820.2260.01060.204-17.91150.2379-23.5143
71.455-1.2049-0.46695.6212.6357.08090.35910.79710.4451-0.6319-0.41660.7908-1.1486-0.35420.05750.49590.05720.00160.54740.36330.4734-25.218855.7789-33.0293
85.90961.27014.66442.21050.61949.22-0.19740.57610.02-0.30050.1163-0.2165-0.16430.5420.08110.2138-0.03520.04220.1839-0.00020.1955-13.564546.2701-19.4478
90.00810.08370.21960.91642.40446.31530.0268-0.0051-0.00340.0216-0.0284-0.00460.0632-0.15920.00160.268-0.0684-0.06940.3279-0.00980.1923-12.683442.217611.3914
104.8113-1.0706-0.97257.96520.56983.3141-0.02090.653-0.0322-0.1245-0.1944-0.98980.35770.71010.21530.30930.036-0.00390.3580.02310.29580.610772.67942.2676
115.44961.6016-1.02726.8874-0.40378.4443-0.0264-0.55150.46250.6309-0.02430.5591-0.3705-0.21230.05070.24-0.00090.00850.175-0.0240.1791-9.991772.396710.685
128.4465-0.6177-1.22645.68281.86667.08950.0126-0.44730.38960.50540.0140.3872-0.3609-0.2991-0.02670.2631-0.0073-0.00050.14220.00740.1782-6.176267.898816.1348
132.7956-0.72450.98410.5597.8114.9943-0.0162-0.04310.28340.07420.0337-0.4392-0.37260.5482-0.01750.1783-0.0078-0.0040.19740.01770.2043-1.577563.43223.3674
140.92480.99550.68531.24181.36642.9252-0.09350.0642-0.0969-0.0360.0592-0.04170.24250.00010.03430.2236-0.0093-0.010.18830.00010.2193-7.800357.9436-11.8077
152.8703-0.7198-3.1362.99423.4868.1978-0.05010.38810.1262-0.36320.08220.0640.0066-0.3607-0.03210.2142-0.0118-0.01580.22180.01620.1907-13.331662.1798-18.8826
162.85932.9974-2.52217.72180.09013.97350.1150.00320.04220.42260.0839-0.14150.0937-0.1179-0.19890.2212-0.0248-0.03880.2601-0.00120.1962-15.823556.6391-8.9373
175.2755-7.44692.769612.7656-1.45764.1222-0.6392-0.8532-0.60020.88960.66951.1244-0.3316-1.0177-0.03030.4364-0.01240.03490.3407-0.02020.3677-15.139252.3715-1.3051
1814.4603-6.14261.261512.0061-0.58220.1919-0.1973-0.3749-0.21690.36620.19580.9290.0112-0.2420.00150.31930.00460.03930.58980.03290.2986-20.981377.97725.6837
190.3241-0.0008-1.62834.31150.02638.2343-0.03520.00030.0217-0.05850.07470.12880.0862-0.0604-0.03950.2153-0.0242-0.01540.2107-0.03560.2022-8.890774.1706-2.0965
203.5811-0.2639-1.38983.41391.49364.38420.0199-0.01630.1504-0.05440.00740.0798-0.1494-0.0342-0.02730.2374-0.01710.0090.18670.02540.1901-7.460668.3266-11.4414
211.475-1.15361.54623.389-4.37615.67960.0418-0.08290.00220.06430.18740.2324-0.049-0.2336-0.22920.20830.00280.01250.1951-0.01380.2196-12.692964.08172.9143
223.73531.9492-0.76513.7976-1.98636.51370.0535-0.3398-0.08240.22190.0440.0324-0.2558-0.322-0.09740.21390.03340.02060.2194-0.0040.2175-10.145759.036620.0369
235.3329-0.29230.52698.65831.24964.32410.0932-0.29110.05190.5919-0.0505-0.43190.12570.0436-0.04270.2219-0.0113-0.01440.21030.02090.1436-3.032859.110917.3785
249.61925.055-1.40766.48442.22375.508-0.0089-0.1826-0.50310.0043-0.090.11420.6026-0.05370.09890.2642-0.02-0.0440.22030.03110.2414-7.437352.04798.054
255.7975-3.2146-1.492714.73269.073712.38550.0654-0.11590.11070.10810.0671-0.95680.15080.7425-0.13250.225-0.0402-0.01940.27710.02130.3199-4.431845.3647-4.7561
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2A36 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3A58 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4A92 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5A105 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6A110 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7A120 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8A134 - 146
9X-RAY DIFFRACTION9A147 - 164
10X-RAY DIFFRACTION10B60 - 65
11X-RAY DIFFRACTION11B66 - 76
12X-RAY DIFFRACTION12B77 - 91
13X-RAY DIFFRACTION13B92 - 98
14X-RAY DIFFRACTION14B99 - 114
15X-RAY DIFFRACTION15B115 - 122
16X-RAY DIFFRACTION16B123 - 130
17X-RAY DIFFRACTION17B131 - 135
18X-RAY DIFFRACTION18C20 - 24
19X-RAY DIFFRACTION19C25 - 34
20X-RAY DIFFRACTION20C35 - 53
21X-RAY DIFFRACTION21C54 - 65
22X-RAY DIFFRACTION22C66 - 78
23X-RAY DIFFRACTION23C79 - 89
24X-RAY DIFFRACTION24C90 - 94
25X-RAY DIFFRACTION25C95 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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