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万見
- PDB-4eno: Crystal structure of oxidized human nm23-H1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eno
タイトルCrystal structure of oxidized human nm23-H1
要素Nucleoside diphosphate kinase A
キーワードTRANSFERASE / Ferredoxin-like/Alpha / beta proteins / nucleoside diphosphate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nuclease activity / Ribavirin ADME / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / Azathioprine ADME / positive regulation of DNA binding / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process ...DNA nuclease activity / Ribavirin ADME / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / Azathioprine ADME / positive regulation of DNA binding / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ribosomal small subunit binding / lactation / 3'-5' exonuclease activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / ruffle membrane / endocytosis / nervous system development / regulation of apoptotic process / cell differentiation / early endosome / negative regulation of cell population proliferation / GTP binding / magnesium ion binding / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Nucleoside diphosphate kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kim, M.-S. / Shin, D.-H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of Nm23-H1 under oxidative conditions.
著者: Kim, M.S. / Jeong, J. / Jeong, J. / Shin, D.H. / Lee, K.J.
履歴
登録2012年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase A
B: Nucleoside diphosphate kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5314
ポリマ－34,3412
非ポリマー1902
水99155
1
A: Nucleoside diphosphate kinase A
B: Nucleoside diphosphate kinase A
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase A
B: Nucleoside diphosphate kinase A
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase A
B: Nucleoside diphosphate kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,59412
ポリマ－103,0246
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area11860 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area38420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.768, 106.768, 106.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase A / NDK A / NDP kinase A / Granzyme A-activated DNase / GAAD / Metastasis inhibition factor nm23 / ...NDK A / NDP kinase A / Granzyme A-activated DNase / GAAD / Metastasis inhibition factor nm23 / Tumor metastatic process-associated protein / nm23-H1


分子量: 17170.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NME1, NDPKA, NM23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15531, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 2.0M sodium potassium phosphate pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.755 Å / Num. all: 10277 / Num. obs: 10255 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 43.6 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.8 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
EPMR位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→47.748 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 1020 9.95 %
Rwork0.1823 --
obs0.1895 10255 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2372 0 10 55 2437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3153281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.047899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.94760.3491580.2451304X-RAY DIFFRACTION100
2.9476-3.13220.27111460.20231287X-RAY DIFFRACTION100
3.1322-3.3740.29361410.2021299X-RAY DIFFRACTION100
3.374-3.71350.25451380.17771316X-RAY DIFFRACTION100
3.7135-4.25050.25511510.15941307X-RAY DIFFRACTION100
4.2505-5.35410.20151330.15471353X-RAY DIFFRACTION100
5.3541-47.7550.23721530.18861369X-RAY DIFFRACTION99
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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