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万見
- PDB-4emv: Crystal structure of a topoisomerase ATP inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4emv
タイトルCrystal structure of a topoisomerase ATP inhibitor
要素DNA topoisomerase IV, B subunit
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / protein-inhibitor complex / ATP binding / structure-based drug design / antimicrobial / virtual screen / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Chem-0R9 / :
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae GA47373 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Boriack-Sjodin, P.A. / Manchester, J. / Hull, K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Discovery of a novel azaindole class of antibacterial agents targeting the ATPase domains of DNA gyrase and Topoisomerase IV.
著者: Manchester, J.I. / Dussault, D.D. / Rose, J.A. / Boriack-Sjodin, P.A. / Uria-Nickelsen, M. / Ioannidis, G. / Bist, S. / Fleming, P. / Hull, K.G.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase IV, B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0452
ポリマ－24,6011
非ポリマー4441
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.297, 94.920, 61.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase IV, B subunit


分子量: 24600.723 Da / 分子数: 1 / 断片: ATPase domain (UNP Residues 1-226) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae GA47373 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ParE, SPAR94_0831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: G6TGY9, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses
#2: 化合物 ChemComp-0R9 / 5-{2-(ethylcarbamoyl)-4-[3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl}pyridine-3-carboxylic acid


分子量: 444.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15F3N6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: inhibitor soak / pH: 7
詳細: 18-25% Peg4000, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M MIB pH 7, inhibitor soak, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Diamond(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→31.45 Å / Num. all: 23839 / Num. obs: 23839 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.7-1.797.10.3442.12459934460.344100
1.79-1.97.20.2432328832570.24100
1.9-2.037.20.16542207930770.165100
2.03-2.197.20.1235.22053128580.123100
2.19-2.47.20.1015.71909226510.101100
2.4-2.697.20.1035.61723623980.103100
2.69-3.17.20.11551513521160.115100
3.1-3.87.10.0926.51306018330.092100
3.8-5.386.80.078.7973314280.0799.5
5.38-27.0826.10.0748.147487750.07494

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→31.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2366 / WRfactor Rwork: 0.2005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8728 / SU B: 1.9 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1103 / SU Rfree: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2233 1217 5.1 %RANDOM
Rwork0.1894 ---
obs0.1911 23811 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.64 Å2 / Biso mean: 20.758 Å2 / Biso min: 10.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1506 0 32 178 1716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0241.9762199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77532563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8385204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.36224.34869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.61915275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.298159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02316
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 97 -
Rwork0.218 1527 -
all-1624 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.176 Å / Origin y: 32.227 Å / Origin z: 0.704 Å
111213212223313233
T0.0042 Å2-0.0037 Å20.0036 Å2-0.0198 Å20.0079 Å2--0.0199 Å2
L0.2731 °2-0.1717 °2-0.0937 °2-0.6424 °2-0.1028 °2--0.5659 °2
S-0.0267 Å °0.0046 Å °-0.0191 Å °0.0084 Å °-0.018 Å °-0.0327 Å °0.0257 Å °0.0216 Å °0.0448 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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