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- PDB-4emi: Toluene dioxygenase reductase in reduced state in complex with NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4emi
タイトルToluene dioxygenase reductase in reduced state in complex with NAD+
要素TodA
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NAD+ reductase / ferredoxin-NAD+ reductase activity / toluene catabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / dioxygenase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Reductase, C-terminal / Reductase C-terminal / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Reductase, C-terminal / Reductase C-terminal / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Toluene 1,2-dioxygenase system ferredoxin--NAD(+) reductase component / Ferredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.806 Å
データ登録者Lin, T.Y. / Werther, T. / Jeoung, J.H. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Suppression of Electron Transfer to Dioxygen by Charge Transfer and Electron Transfer Complexes in the FAD-dependent Reductase Component of Toluene Dioxygenase.
著者: Lin, T.Y. / Werther, T. / Jeoung, J.H. / Dobbek, H.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TodA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4333
ポリマ－42,9841
非ポリマー1,4492
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.434, 78.434, 158.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-908-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TodA / Toluene dioxygenase reductase TobA / Toluene dioxygenase reductase component


分子量: 42983.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: F1 / 遺伝子: tobA, todA / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q7BPB6, UniProt: A5W4E9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.2 M sodium malonate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月11日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35 Å / Num. all: 46321 / Num. obs: 41735 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EF6

3ef6


解像度: 1.806→34.25 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2148 2081 5 %random
Rwork0.1836 ---
obs0.1851 41660 90.1 %-
all-41735 --
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.982 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0991 Å20 Å2-0 Å2
2--2.0991 Å20 Å2
3----4.1981 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.806→34.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2950 0 97 370 3417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7794368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1631161
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.281510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.806-1.87080.31642250.27864283X-RAY DIFFRACTION100
1.8708-1.94570.53451400.45162644X-RAY DIFFRACTION61
1.9457-2.03430.32182140.2714067X-RAY DIFFRACTION94
2.0343-2.14150.24152270.18494321X-RAY DIFFRACTION100
2.1415-2.27560.21961410.19412695X-RAY DIFFRACTION97
2.2756-2.45130.21442110.18884008X-RAY DIFFRACTION95
2.4513-2.69790.20332290.16764370X-RAY DIFFRACTION100
2.6979-3.08810.21432300.17174397X-RAY DIFFRACTION100
3.0881-3.88980.20162160.18214105X-RAY DIFFRACTION92
3.8898-34.25590.18142480.15754689X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.22 Å / Origin y: 30.9627 Å / Origin z: 11.9251 Å
111213212223313233
T0.099 Å2-0.0029 Å20.0221 Å2-0.1303 Å2-0.0246 Å2--0.1189 Å2
L0.8954 °20.0828 °2-0.1549 °2-0.4679 °2-0.0737 °2--0.7962 °2
S0.0216 Å °-0.0319 Å °0.116 Å °0.0427 Å °0.0448 Å °0.0274 Å °0.0315 Å °-0.0696 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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