PDB-4eme: X-ray crystal structure and specificity of the Plasmodium falcipa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eme

タイトル

X-ray crystal structure and specificity of the Plasmodium falciparum malaria aminopeptidase

要素

M18 aspartyl aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / DNPEP/M18/Aminopeptidase / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartyl aminopeptidase / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

McGowan, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: X-ray crystal structure and specificity of the Plasmodium falciparum malaria aminopeptidase PfM18AAP.
著者: Sivaraman, K.K. / Oellig, C.A. / Huynh, K. / Atkinson, S.C. / Poreba, M. / Perugini, M.A. / Trenholme, K.R. / Gardiner, D.L. / Salvesen, G. / Drag, M. / Dalton, J.P. / Whisstock, J.C. / McGowan, S.

履歴

登録	2012年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eme.cif.gz	746.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eme.ent.gz	635.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eme.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eme_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eme_full_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示
XML形式データ	4eme_validation.xml.gz	65.5 KB	表示
CIF形式データ	4eme_validation.cif.gz	92.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4eme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4eme	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	20333 6pev-d 3var-1 5g0z-1 5mnd-1 3vdx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3)

登録構造単位

A: M18 aspartyl aminopeptidase

B: M18 aspartyl aminopeptidase

C: M18 aspartyl aminopeptidase

D: M18 aspartyl aminopeptidase

ヘテロ分子

264 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: M18 aspartyl aminopeptidase

B: M18 aspartyl aminopeptidase

C: M18 aspartyl aminopeptidase

D: M18 aspartyl aminopeptidase

ヘテロ分子

A: M18 aspartyl aminopeptidase

B: M18 aspartyl aminopeptidase

C: M18 aspartyl aminopeptidase

D: M18 aspartyl aminopeptidase

ヘテロ分子

A: M18 aspartyl aminopeptidase

B: M18 aspartyl aminopeptidase

C: M18 aspartyl aminopeptidase

D: M18 aspartyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
792 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	200.384, 200.384, 200.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	M18 aspartyl aminopeptidase 分子量: 65853.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PFI1570c, PfM18AAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I2J3, aspartyl aminopeptidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 67% MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→100.4 Å / Num. all: 789865 / Num. obs: 82063 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 50.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.248
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.439 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→55.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9248 / SU R Cruickshank DPI: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1959	4114	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1594	-	-	-
obs	0.1613	82024	99.79 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.272 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→55.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14993	0	8	444	15445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	15321	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.14	20731	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5300	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		429	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2202	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		15321	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.03
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2024	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		18269	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2607	298	5.08 %
R_work	0.211	5567	-
all	0.2136	5865	-
obs	-	-	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5115	-0.0385	-0.1738	0.2949	-0.293	0.5178	0.0145	0.0014	0.0062	0.0889	0.0358	0.1283	-0.0351	-0.0933	-0.0503	-0.0412	-0.007	0.0594	-0.0314	-0.0204	-0.0254	-62.5362	-26.4314	-3.5182
2	0.4575	-0.1178	-0.1758	0.5146	0.1249	0.447	-0.0516	-0.1473	-0.0846	0.1131	0.0035	0.049	0.0695	0.0583	0.0481	-0.0372	0.0095	0.0177	-0.0153	0.0029	-0.0523	-34.4852	-50.0915	3.2662
3	0.6272	-0.0488	-0.0414	0.5126	-0.0337	0.6208	-0.0465	-0.0379	-0.1387	0.0362	0.0201	0.1525	0.1746	-0.106	0.0264	-0.0857	-0.0938	0.0652	-0.116	-0.0127	0.0458	-67.6521	-63.5482	-7.7136
4	0.4802	0.0286	0.0845	0.2573	0.1105	0.6662	-0.0496	0.1875	-0.1414	-0.1307	0.0419	0.2193	0.1663	-0.2087	0.0077	-0.1043	-0.1913	-0.087	-0.042	-0.0827	0.0482	-80.6572	-70.6864	-50.6486

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|570 A\|1001 - A\|1002 }	A	1 - 570
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|570 A\|1001 - A\|1002 }	A	1001 - 1002
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|1 - B\|570 B\|1001 - B\|1002 }	B	1 - 570
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|1 - B\|570 B\|1001 - B\|1002 }	B	1001 - 1002
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|2 - C\|570 C\|1001 - C\|1002 }	C	2 - 570
6	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|2 - C\|570 C\|1001 - C\|1002 }	C	1001 - 1002
7	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|2 - D\|570 D\|1001 - D\|1002 }	D	2 - 570
8	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|2 - D\|570 D\|1001 - D\|1002 }	D	1001 - 1002

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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