PDB-4em8: The Structure of Ribose 5-phosphate Isomerase B from Anaplasma ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4em8

タイトル

The Structure of Ribose 5-phosphate Isomerase B from Anaplasma phagocytophilum

要素

Ribose 5-phosphate isomerase B

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

D-allose catabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of Ribose 5-phosphate Isomerase B from Anaplasma phagocytophilum
著者: Clifton, M.C. / Edwards, T.E. / Sankaran, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2012年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4em8.cif.gz	123.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4em8.ent.gz	96.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4em8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4em8_validation.pdf.gz	419.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4em8_full_validation.pdf.gz	420 KB	表示
XML形式データ	4em8_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	4em8_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4em8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4em8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o1xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6k6i-d 1y0s-2 6w9r-10 5u3r-2 6k6j-d 3d3z-d 4hxd-1 2j14-2 6tfp-5 5zz4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AnphA.00455.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribose 5-phosphate isomerase B

B: Ribose 5-phosphate isomerase B

32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.360, 62.490, 73.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.130, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ribose 5-phosphate isomerase B 分子量: 16196.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaplasma phagocytophilum (バクテリア) 株: HZ / 遺伝子: rpiB, APH_0642 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2GK74, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: AnphA.00455.a.A1 PW 35203 at 45.59 mg/mL, 200 mM potassium formate, 20% PEG3350, cryoprotectant: 20% ethylene glycol , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月6日

放射

モノクロメーター: Asymmetric curved crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→35.307 Å / Num. obs: 23547 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 35.059 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 21.99

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.95-2		0.399	3.98	8390	1715	99.7
2-2.06		0.327	5.16	8426	1697	99.7
2.06-2.12		0.27	6.05	8327	1623	99.8
2.12-2.18		0.221	7.4	8367	1603	99.9
2.18-2.25		0.167	9.46	8287	1548	99.9
2.25-2.33		0.147	10.75	8126	1494	100
2.33-2.42		0.116	13.49	7982	1445	99.9
2.42-2.52		0.103	15.17	7769	1396	99.9
2.52-2.63		0.082	18.42	7392	1328	99.9
2.63-2.76		0.07	21.32	7319	1309	99.9
2.76-2.91		0.054	26.35	6629	1197	100
2.91-3.08		0.044	31.37	6350	1160	100
3.08-3.3		0.035	38.31	5896	1079	100
3.3-3.56		0.031	43.18	5475	1014	99.8
3.56-3.9		0.029	48.62	5022	939	99.9
3.9-4.36		0.028	50.64	4432	840	99.8
4.36-5.03		0.027	53.25	3827	751	99.2
5.03-6.17		0.027	51.45	3408	635	99.5
6.17-8.72		0.023	55.1	2698	493	99.6
	8.72	0.021	55.99	1450	281	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O1X

1o1x

解像度: 1.95→35.307 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.2124 / WR_factor R_work: 0.1743 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.867 / SU B: 6.759 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1517 / SU R_free: 0.1418 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2203	1211	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1793	-	-	-
obs	0.1814	23534	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.12 Å² / B_iso mean: 30.7011 Å² / B_iso min: 18.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.57 Å²	0 Å²	-0.44 Å²
2-	-	-0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.307 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2208	0	0	136	2344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.876
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	84	-
R_work	0.246	1575	-
all	-	1659	-
obs	-	-	99.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3942	0.9708	0.0986	4.5016	-0.1454	1.796	-0.0126	-0.1775	0.0274	0.3651	0.0006	0.1193	-0.2414	-0.1291	0.012	0.1883	0.0205	0.0314	0.136	-0.0149	0.0621	11.3699	7.258	35.7424
2	1.8503	-1.6611	0.9972	8.7248	-1.9025	4.0863	-0.1003	-0.1493	0.0314	0.4201	0.2008	0.4563	0.1821	-0.6589	-0.1005	0.0802	-0.0086	0.0758	0.1875	0.0237	0.1471	2.9172	-1.2195	32.1087
3	0.5537	0.2033	0.4949	2.0903	-0.1061	2.1588	-0.006	-0.0204	0.0223	-0.0353	0.0114	0.0955	-0.0809	-0.046	-0.0054	0.1054	0.007	0.0126	0.1161	-0.0026	0.1102	10.6382	3.8776	21.8381
4	0.8245	-0.0889	0.4572	1.8579	-0.5611	3.3438	0	-0.0165	0.0667	-0.012	0.0511	0.0134	-0.2874	0.1025	-0.0511	0.1044	-0.0025	0.0173	0.0923	0.0127	0.0957	13.9784	8.7536	19.5476
5	20.7575	-13.1865	17.0307	12.1529	-11.5037	23.8097	0.0962	0.0495	-0.3666	-0.0937	-0.0377	0.1983	0.4876	0.2035	-0.0585	0.2999	-0.06	0.0097	0.0198	-0.0121	0.2139	11.2232	-22.182	8.1094
6	1.2279	-0.8725	-0.2204	2.3916	0.633	1.7487	-0.0024	0.1684	-0.0154	-0.304	0.0163	0.1223	0.063	-0.1536	-0.0139	0.1527	-0.0245	-0.0503	0.1195	0.0003	0.0945	10.1489	-7.669	1.0868
7	0.7012	-0.302	-0.316	1.7254	0.4758	1.9019	-0.0195	-0.0364	0.0038	0.0428	0.0506	0.0111	0.1651	0.016	-0.0311	0.1415	0	-0.029	0.111	0.0019	0.1118	12.8616	-7.2682	13.4629
8	0.7956	-0.3366	-1.0478	0.9151	0.7432	3.4931	-0.0613	-0.0492	-0.137	0.1671	0.0749	0.0101	0.6286	0.0459	-0.0136	0.2213	-0.0023	-0.0234	0.0707	0.0452	0.1129	12.7106	-15.661	19.4553

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	59 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	110 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-1 - 4
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	5 - 58
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	59 - 115
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	116 - 142

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