ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データ収集 | PHASER | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: dev_596)精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.893→36.256 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8354 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.74 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2251 | 2134 | 5.03 % | random |
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Rwork | 0.1718 | - | - | - |
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all | 0.1745 | 44314 | - | - |
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obs | 0.1745 | 42398 | 95.44 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.875 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 95.66 Å2 / Biso mean: 25.386 Å2 / Biso min: 5.55 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.8185 Å2 | -0 Å2 | 6.1897 Å2 |
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2- | - | 1.6715 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -4.4899 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.893→36.256 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4802 | 0 | 8 | 409 | 5219 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 4910 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.041 | 6668 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.173 | 1836 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.065 | 756 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 862 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.8932-1.9372 | 0.328 | 109 | 0.2255 | 2213 | 2322 | 79 | 1.9372-1.9856 | 0.2937 | 144 | 0.1979 | 2472 | 2616 | 90 | 1.9856-2.0393 | 0.2711 | 120 | 0.1802 | 2585 | 2705 | 92 | 2.0393-2.0993 | 0.2321 | 123 | 0.1751 | 2663 | 2786 | 94 | 2.0993-2.1671 | 0.2521 | 151 | 0.1802 | 2637 | 2788 | 95 | 2.1671-2.2445 | 0.2721 | 125 | 0.1754 | 2689 | 2814 | 96 | 2.2445-2.3344 | 0.2462 | 132 | 0.1722 | 2705 | 2837 | 96 | 2.3344-2.4406 | 0.2512 | 153 | 0.176 | 2705 | 2858 | 97 | 2.4406-2.5692 | 0.24 | 167 | 0.1777 | 2733 | 2900 | 97 | 2.5692-2.7302 | 0.2454 | 137 | 0.1797 | 2740 | 2877 | 98 | 2.7302-2.9409 | 0.2459 | 143 | 0.1867 | 2780 | 2923 | 98 | 2.9409-3.2367 | 0.2345 | 175 | 0.1864 | 2776 | 2951 | 99 | 3.2367-3.7046 | 0.1834 | 160 | 0.1654 | 2832 | 2992 | 100 | 3.7046-4.6659 | 0.1991 | 133 | 0.1456 | 2837 | 2970 | 100 | 4.6659-36.2626 | 0.1838 | 162 | 0.1608 | 2897 | 3059 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.4391 | -0.1353 | -0.3566 | 0.3453 | 0.0762 | 0.4364 | -0.0015 | 0.1295 | -0.0451 | 0.0075 | -0.0397 | -0.0053 | 0.0291 | -0.1455 | 0.0109 | 0.0443 | -0.0149 | -0.0157 | 0.0816 | 0.0045 | 0.0653 | 2.0265 | -9.7045 | 32.6167 | 2 | 0.3021 | -0.077 | -0.2313 | 0.1775 | 0.2974 | 0.5313 | -0.0244 | -0.0569 | 0.0037 | 0.0322 | 0.0051 | -0.0346 | 0.1236 | 0.038 | -0.0274 | 0.1066 | -0.0069 | -0.0019 | 0.0802 | 0.0145 | 0.077 | 6.4288 | 4.8416 | 63.1871 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain AA21 - 330 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain BB21 - 330 | | | | |
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