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- PDB-4ekp: T4 Lysozyme L99A/M102H with Nitrobenzene Bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ekp
タイトルT4 Lysozyme L99A/M102H with Nitrobenzene Bound
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / alkylation of Cys97
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / NITROBENZENE / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Merski, M. / Shoichet, B.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
著者: Merski, M. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2012年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22012年10月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
B: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,17917
ポリマ－42,8092
非ポリマー1,37015
水6,053336
1
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0909
ポリマ－21,4041
非ポリマー6868
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0898
ポリマ－21,4041
非ポリマー6857
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Lysozyme
ヘテロ分子

B: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,17917
ポリマ－42,8092
非ポリマー1,37015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.370, 75.530, 52.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysozyme / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 21404.426 Da / 分子数: 2 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102H/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: E / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 351分子

#2: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-NBZ / NITROBENZENE


分子量: 123.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / 2,2′-ジチオビスエタノ-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30% (w/v) PEG-6000, 0.3 M LiSO4, 3% (w/v) TMAO, 50 mM 2-mercaptoethanol, 50 mM 2-hydroxyethyl disulfide, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月22日
放射モノクロメーター: two flat Si(111) crystals, mounted in a model DCM from Khozu
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 45872 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.456 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.64-1.730.3353167046794199.1
1.73-1.840.2254.37162606575199.1
1.84-1.970.1556.32148155980199
1.97-2.120.09210.4130735257199.2
2.12-2.320.06115.13125375024199.1
2.32-2.590.04220.45113994571199.2
2.59-2.990.03325.88102084088198.6
2.99-3.670.02435.2985793456197.8
3.67-5.190.01745.8166812660198.2
5.19-100.01745.9332301265197.4
10-500.01352.79501202191.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX1.7.1_743位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E97

4e97


解像度: 1.64→43.185 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8955 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1963 1839 4.01 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1705 45871 98.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.123 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 55.61 Å2 / Biso mean: 17.5469 Å2 / Biso min: 2.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7828 Å20 Å2-1.4572 Å2
2---0.2784 Å20 Å2
3----0.5044 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→43.185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2748 0 79 336 3163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0574097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7381141
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.64-1.68440.30011440.2483399354399
1.6844-1.73390.2861410.22243376351799
1.7339-1.78990.23631390.20793377351699
1.7899-1.85390.21431440.18423372351699
1.8539-1.92810.19341390.1653387352699
1.9281-2.01580.19331440.1623384352899
2.0158-2.12210.20211420.15933372351499
2.1221-2.25510.18381400.15943384352499
2.2551-2.42920.20141420.15913415355799
2.4292-2.67360.21761380.16543388352699
2.6736-3.06040.191430.17233396353999
3.0604-3.85540.16161410.15723359350098
3.8554-43.19950.17631420.16193423356598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68850.14420.19250.6257-0.04230.82890.0837-0.17410.20260.07830.00070.0876-0.158-0.05830.02750.02970.01520.02330.019-0.0210.01526.572213.746410.2622
20.3480.13810.06780.34940.13880.46690.0350.0242-0.0587-0.00710.0353-0.01410.1025-0.02260.0790.0306-0.0086-0.0060.02740.00650.027930.327220.2641-9.2728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid -10:164A-10 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid -9:164B-9 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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