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- PDB-4ejy: Structure of MBOgg1 in complex with high affinity DNA ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ejy
タイトルStructure of MBOgg1 in complex with high affinity DNA ligand
要素
  • 3-Methyladenine DNA glycosylase
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*T*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA / 8-oxoguanine DNA glycosylase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / base-excision repair / damaged DNA binding
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein - #260 / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / : / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain ...TATA-Binding Protein - #260 / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / : / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jiang, T. / Yu, H.J. / Bi, L.J. / Zhang, X.E. / Yang, M.Z.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of MBOgg1 in complex with two abasic DNA ligands
著者: Yu, H.J. / Yang, M.Z. / Zhang, X.E. / Bi, L.J. / Jiang, T.
履歴
登録2012年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-Methyladenine DNA glycosylase
B: 3-Methyladenine DNA glycosylase
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*T*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*T*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7238
ポリマ－91,6776
非ポリマー462
水9,044502
1
A: 3-Methyladenine DNA glycosylase
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*T*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8624
ポリマ－45,8393
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17290 Å2
手法PISA
2
B: 3-Methyladenine DNA glycosylase
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*T*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8624
ポリマ－45,8393
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.613, 102.884, 67.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-Methyladenine DNA glycosylase / 8-oxoguanine-DNA-glycosylase


分子量: 36189.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4 / 遺伝子: AlkA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8R5T9, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量: 4710.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*T*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4939.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2-0.25M Sodium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.0089 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0089 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 52075 / Num. obs: 52075 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Num. unique all: 5168 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I0W

3i0w


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. THE STRUCTURE WAS REFINED ALSO WITH PHENIX.REFINE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25791 2657 5.1 %RANDOM
Rwork0.22237 ---
all0.22417 49342 --
obs0.22417 49342 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.67 Å2 / Biso mean: 37.125 Å2 / Biso min: 13.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å21.1 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4706 1241 2 502 6451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9862.2188719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5585580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20824.167240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16115848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.8991528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4361.52866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81224646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.85733385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.454.54071
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 197 -
Rwork0.261 3621 -
all-3818 -
obs--98.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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