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- PDB-4ejq: Crystal structure of KIF1A C-CC1-FHA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ejq
タイトルCrystal structure of KIF1A C-CC1-FHA
要素Kinesin-like protein KIF1A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HOMODIMER / FHA DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neuronal dense core vesicle membrane / plus-end-directed kinesin ATPase / dense core granule cytoskeletal transport / anterograde neuronal dense core vesicle transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / regulation of dendritic spine development / regulation of dendritic spine morphogenesis / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / Kinesins ...neuronal dense core vesicle membrane / plus-end-directed kinesin ATPase / dense core granule cytoskeletal transport / anterograde neuronal dense core vesicle transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / regulation of dendritic spine development / regulation of dendritic spine morphogenesis / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / Kinesins / kinesin complex / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoskeletal motor activity / neuronal dense core vesicle / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / microtubule binding / microtubule / axon / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2530 / : / : / Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Kinesin-associated / Kinesin-associated ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2530 / : / : / Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PH domain / Kinesin motor domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Helix non-globular / Special / PH-like domain superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinesin-like protein KIF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.893 Å
データ登録者Huo, L. / Yue, Y. / Ren, J. / Yu, J. / Liu, J. / Yu, Y. / Ye, F. / Xu, T. / Zhang, M. / Feng, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The CC1-FHA Tandem as a Central Hub for Controlling the Dimerization and Activation of Kinesin-3 KIF1A
著者: Huo, L. / Yue, Y. / Ren, J. / Yu, J. / Liu, J. / Yu, Y. / Ye, F. / Xu, T. / Zhang, M. / Feng, W.
履歴
登録2012年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF1A
B: Kinesin-like protein KIF1A
C: Kinesin-like protein KIF1A
D: Kinesin-like protein KIF1A
E: Kinesin-like protein KIF1A
F: Kinesin-like protein KIF1A
G: Kinesin-like protein KIF1A
H: Kinesin-like protein KIF1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,0298
ポリマ－139,0298
非ポリマー00
水11,854658
1
A: Kinesin-like protein KIF1A
B: Kinesin-like protein KIF1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7572
ポリマ－34,7572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
2
C: Kinesin-like protein KIF1A
D: Kinesin-like protein KIF1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7572
ポリマ－34,7572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
3
E: Kinesin-like protein KIF1A
F: Kinesin-like protein KIF1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7572
ポリマ－34,7572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15880 Å2
手法PISA
4
G: Kinesin-like protein KIF1A
H: Kinesin-like protein KIF1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7572
ポリマ－34,7572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.945, 57.844, 110.394
Angle α, β, γ (deg.)89.980, 89.960, 90.630
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Kinesin-like protein KIF1A / Axonal transporter of synaptic vesicles / Microtubule-based motor KIF1A / Unc-104- and KIF1A- ...Axonal transporter of synaptic vesicles / Microtubule-based motor KIF1A / Unc-104- and KIF1A-related protein / hUnc-104


分子量: 17378.625 Da / 分子数: 8 / 断片: C-CC1-FHA, UNP residues 458-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF1A, ATSV, C2orf20 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12756
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.64 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate, 18% (w/v) PEG 3000, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.893→50 Å / Num. obs: 82040 / 冗長度: 3.9 %
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4 % / % possible all: 96.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EGX

4egx


解像度: 1.893→33.906 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 24.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2313 1961 2.46 %RANDOM
Rwork0.1872 ---
obs0.1883 79571 94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.323 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 263.63 Å2 / Biso mean: 44.1785 Å2 / Biso min: 11.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.0632 Å22.8295 Å21.1413 Å2
2---5.3905 Å2-0.4277 Å2
3----0.6727 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.893→33.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9396 0 0 658 10054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0002-0.00020.00080.00390.00250.0122-0.0251-0.01-0.03650.0253-0.0012-0.0297-0.00040.01720.00150.405-0.1218-0.26260.1024-0.07020.08361.7433-5.16485.67
20.083-0.0624-0.04580.04990.03760.0208-0.0113-0.05510.04660.05630.0536-0.0711-0.0213-0.0121-0.01730.07930.0325-0.00350.0984-0.00540.1053-12.7898-11.141669.4348
30.15480.0507-0.05010.04630.02720.10440.0206-0.02420.05370.04610.00650.02710.0319-0.0031-0.00830.0021-0.00010.13040.12970.02640.0244-25.1043-18.061670.5983
40.0580.0023-0.0420.0132-0.00850.0506-0.01050.0165-0.0104-0.0134-0.00780.00040.04820.03150.00560.11980.01910.02350.11080.00750.0943-9.4732-27.326365.5188
50.0131-0.0159-0.0040.03320.00550.005-0.02860.02420.01990.00630.1113-0.06740.0366-0.0498-0.0157-0.4252-0.15760.26410.08270.0922-0.0635-17.9353-17.848259.0949
60.09840.0015-0.00540.0079-0.00540.00360.00620.02320.0166-0.01490.01680.01120.01150.0503-0.01160.03570.0817-0.13150.19-0.06670.19073.4013-20.298759.8482
70.0229-0.0268-0.01460.03140.01820.0105-0.0524-0.03910.0212-0.02150.02050.0125-0.00140.01890.01180.55920.2703-0.19280.3148-0.02110.3032-8.2425-7.653492.1337
80.0485-0.04010.05460.0347-0.04180.08510.0080.0015-0.00360.0192-0.00250.0049-0.05950.0229-0.00420.4024-0.0101-0.01140.32090.13740.1849-13.7665-12.000380.1298
90.59350.2787-0.05340.3191-0.23030.2411-0.0456-0.0546-0.12920.2093-0.0464-0.0903-0.1606-0.0110.0160.10180.12230.0472-0.0811-0.140.0246-3.71381.534169.1728
100.03560.0072-0.02130.0019-0.00420.0123-0.02460.0118-0.0331-0.1026-0.003-0.08460.00350.00270.01370.33530.04470.01890.1988-0.03880.24046.37133.732267.4434
110.4107-0.146-0.31840.07190.14440.34440.1743-0.01570.3583-0.1122-0.0018-0.04-0.38230.0052-0.13520.28020.02540.04120.1662-0.01930.2692-4.262211.932563.9885
120.03180.009-0.03080.06510.05320.09330.025-0.02920.03060.0315-0.04620.01140.0054-0.004-0.00240.19820.1233-0.18940.11740.01230.0638-23.6615-18.057715.7033
130.1042-0.0478-0.11090.48460.19810.1580.0550.0268-0.0109-0.2102-0.0864-0.0313-0.081-0.05750.00380.1524-0.0228-0.01780.13210.00160.1131-13.9953-14.302934.8249
140.6534-0.1994-0.24270.25710.0050.2591-0.198-0.07970.1272-0.04650.2247-0.05460.12790.03440.00630.13880.00240.03280.1255-0.03420.1281-2.9315-28.728140.7882
150.0373-0.05080.03260.0733-0.04520.0294-0.0533-0.0050.04470.08980.0346-0.0295-0.0324-0.00830.02160.2379-0.0516-0.08650.20280.01170.222-13.4787-16.884614.3052
160.3626-0.4014-0.02290.73890.12150.02560.0390.0547-0.0716-0.2663-0.02710.0647-0.0488-0.0695-0.02880.1518-0.0181-0.00050.12880.01570.0962-18.6577-9.882836.2327
170.1209-0.12890.12780.1930.01820.3896-0.0334-0.05940.086-0.15310.0659-0.1662-0.266-0.1085-0.02580.1789-0.01260.03430.07510.02160.1252-16.48082.02543.613
180.2165-0.0386-0.11270.085-0.07340.1777-0.1111-0.0044-0.00340.09140.0429-0.02780.0955-0.01390.05650.2739-0.01810.03430.18760.00290.1928-32.080724.630772.6801
190.3841-0.17120.05250.4237-0.13750.2841-0.0020.01170.0607-0.2358-0.04460.00990.06050.1650.00740.1323-0.0171-0.00920.1145-0.00370.0829-24.715814.844192.8145
200.02090.03460.00850.05570.01370.0035-0.00250.0080.0065-0.0062-0.0195-0.00110.00830.01080.01380.2081-0.00120.00260.2062-0.02480.1506-12.31738.303395.1194
210.2145-0.1508-0.09970.1795-0.12630.4325-0.0542-0.0507-0.047-0.10890.10870.1660.23780.0744-0.02110.1508-0.0076-0.03050.0815-0.01970.1316-26.41483.658198.8169
220.1452-0.04360.07030.2688-0.14830.1166-0.0158-0.0594-0.02080.0597-0.0462-0.026-0.0135-0.01850.00120.21670.11140.15160.12450.00880.0222-19.382323.705870.8152
230.3343-0.21960.03310.3816-0.13090.09310.02120.0442-0.093-0.2304-0.04180.08890.0370.0203-0.00860.1389-0.0403-0.00860.11050.00970.1139-32.914324.095689.4478
240.0308-0.0157-0.01140.00880.00820.00580.0122-0.0118-0.0443-0.00060.06690.08170.0112-0.0442-0.03090.2002-0.0528-0.11940.25850.06960.2635-50.166931.34390.3023
250.3983-0.22690.24860.2333-0.09160.1833-0.1737-0.1756-0.01080.14090.20750.0053-0.1372-0.08250.01220.14370.0351-0.02790.14560.01080.1108-36.621135.708899.6287
260.10980.12710.0740.16430.0920.0653-0.07540.055-0.0699-0.04590.10150.0028-0.0461-0.0041-0.04390.60050.22070.22490.29020.00460.369-34.432312.926435.3487
270.0173-0.0348-0.04680.13710.18720.2569-0.00220.00190.00260.004-0.0157-0.00310.1042-0.0140.02160.55780.0674-0.03420.4332-0.11710.4059-27.251619.17226.6264
280.0022-0.0040.01630.0063-0.02690.11510.05230.0083-0.00730.03120.01090.0020.00840.0194-0.01880.35940.0974-0.05460.2165-0.02110.1884-29.75997.541620.4199
290.53780.1398-0.19080.32660.01590.2478-0.0513-0.06240.06460.0801-0.01110.08530.07260.05170.01430.13620.02840.02360.11530.0240.1231-42.95864.258412.5877
300.0195-0.02410.0240.17740.10440.1566-0.0463-0.0015-0.0013-0.0008-0.03690.0380.01190.00230.04750.2587-0.0010.00210.23030.00610.2387-52.6458-0.516213.9056
310.11270.0793-0.12520.0565-0.08850.1399-0.0240.0029-0.0524-0.0743-0.0313-0.07270.0127-0.01080.05140.4879-0.0262-0.04020.24060.02570.3271-52.8824-1.51754.971
320.19630.05540.11590.01590.03260.13460.0122-0.019-0.0137-0.03270.01890.03440.065-0.0121-0.01750.29270.0158-0.01040.24450.13150.3841-36.0641-11.283218.6589
330.4763-0.12590.36990.0562-0.14040.41530.15630.0221-0.3051-0.15170.00660.02890.26380.015-0.11740.23750.0299-0.0330.1278-0.01990.2053-39.637-5.95715.2597
340.06170.0033-0.01080.05880.04260.03420.0261-0.0054-0.04680.0164-0.028-0.01420.0064-0.0009-0.01380.3374-0.0039-0.07490.2427-0.01520.3193-24.8936-5.283116.1622
350.00070.00010.00030.00240.00020.0006-0.06060.0069-0.0219-0.08730.008-0.02450.0334-0.01620.01050.4242-0.05810.14730.1694-0.02840.2449-45.297514.448535.5894
360.2923-0.03940.05460.12560.1360.17170.0550.05940.06520.1401-0.0118-0.02010.0924-0.0158-0.00970.1207-0.00110.01930.08250.01820.0926-35.589510.248216.3673
370.38230.13670.28240.2548-0.04790.2962-0.13830.0026-0.13380.06550.0075-0.1504-0.01020.05310.0176-0.08970.0329-0.12550.0934-0.01250.016-21.000823.788215.8059
380.0029-0.00320.02790.0511-0.0760.0883-0.02710.17230.04240.16460.12140.0874-0.1416-0.0486-0.0205-0.2594-0.017-0.15890.14970.01610.0434-30.986925.85435.2378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 454:485)A454 - 485
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 486:519)A486 - 519
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 520:546)A520 - 546
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 547:559)A547 - 559
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 560:596)A560 - 596
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 597:607)A597 - 607
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 456:471)B456 - 471
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 472:485)B472 - 485
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 486:520)B486 - 520
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 527:533)B527 - 533
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 534:603)B534 - 603
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 454:471)C454 - 471
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 472:507)C472 - 507
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 508:604)C508 - 604
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resseq 456:472)D456 - 472
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 473:533)D473 - 533
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resseq 534:603)D534 - 603
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resseq 456:481)E456 - 481
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resseq 482:523)E482 - 523
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resseq 524:533)E524 - 533
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resseq 534:603)E534 - 603
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resseq 454:471)F454 - 471
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resseq 472:523)F472 - 523
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resseq 524:540)F524 - 540
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resseq 541:604)F541 - 604
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resseq 457:472)G457 - 472
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resseq 473:481)G473 - 481
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resseq 482:492)G482 - 492
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resseq 493:523)G493 - 523
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resseq 524:533)G524 - 533
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resseq 534:540)G534 - 540
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resseq 541:553)G541 - 553
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resseq 554:595)G554 - 595
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resseq 596:602)G596 - 602
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resseq 454:471)H454 - 471
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resseq 472:507)H472 - 507
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resseq 508:546)H508 - 546
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resseq 547:607)H547 - 607

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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