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万見
- PDB-4ej6: Crystal structure of a putative zinc-binding dehydrogenase (Targe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ej6
タイトルCrystal structure of a putative zinc-binding dehydrogenase (Target PSI-012003) from Sinorhizobium meliloti 1021
要素Putative zinc-binding dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural genomics / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity / nucleotide binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal ...: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc-binding dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative zinc-binding dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Sampathkumar, P. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Gizzi, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Love, J.D. / ...著者: Sampathkumar, P. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Gizzi, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Love, J.D. / Matikainen, B. / Patskovsky, Y. / Seidel, R. / Toro, R. / Zencheck, W. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative zinc-binding dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,17320
ポリマ－39,0171
非ポリマー1,15619
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.607, 107.607, 137.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-577-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative zinc-binding dehydrogenase


分子量: 39017.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: R01577, SMc01214 / プラスミド: pSGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q92PZ3, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (MCSG1 #3: 0.2 M Sodium Chloride 0.1 M Na2HPO4:KH2PO4 10% (w/v) PEG 8000 ); Cryoprotection (30% Ethylene glycol), ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (MCSG1 #3: 0.2 M Sodium Chloride 0.1 M Na2HPO4:KH2PO4 10% (w/v) PEG 8000 ); Cryoprotection (30% Ethylene glycol), temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. all: 32173 / Num. obs: 32173 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 23 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 20.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 1560 / Rsym value: 0.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXC位相決定
SHELXD位相決定
SHELXE(HKL2MAP)モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.89→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.727 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2018 1627 5.1 %RANDOM
Rwork0.1761 ---
obs0.1774 32166 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.44 Å2 / Biso mean: 36.4674 Å2 / Biso min: 21.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å20 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3---2.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 70 185 2747
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3322.0013561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8934507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1715358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19423.02196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.03415417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2181525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02491
LS精密化 シェル解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 102 -
Rwork0.225 2019 -
all-2121 -
obs--98.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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