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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eij | ||||||
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タイトル | Structure of the Mumps virus phosphoprotein oligomerization domain | ||||||
![]() | P protein | ||||||
![]() | REPLICATION / oligomerization | ||||||
機能・相同性 | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Phosphoprotein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cox, R. / Green, T.J. / Luo, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional characterization of the mumps virus phosphoprotein. 著者: Cox, R. / Green, T.J. / Purushotham, S. / Deivanayagam, C. / Bedwell, G.J. / Prevelige, P.E. / Luo, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7183.435 Da / 分子数: 2 / 断片: Oligomerization Domain (UNP Residues 213-277) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月8日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 10717 / Num. obs: 10717 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 26.69 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.4 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.14 / Num. unique all: 528 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.815 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.56 Å2 / Biso mean: 43.2547 Å2 / Biso min: 16.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2001→26.607 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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