ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show PHASER2.3.0位相決定 Show PHENIX1.7_650精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show SERGUIデータ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 4EHW解像度 : 1.9→23.021 Å / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.5 / SU ML : 0.19 / σ(F) : 0.11 / 位相誤差 : 18.26 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1995 1731 5 % RANDOM Rwork 0.1723 - - - obs 0.1737 34603 94.8 % - all - 36493 - -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.83 Å / VDWプローブ半径 : 1.1 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol : 52.707 Å2 / ksol : 0.351 e/Å3 原子変位パラメータ Biso max : 204.24 Å2 / Biso mean : 44.4362 Å2 / Biso min : 13.62 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 3.7361 Å2 0 Å2 -0 Å2 2- - 1.3072 Å2 0 Å2 3- - - -5.0433 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.9→23.021 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2582 0 79 208 2869
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.007 2711 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.02 3632 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.07 390 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.005 448 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d12.355 1054
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 12
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)1.9-1.9554 0.2459 125 0.221 2365 2490 83 1.9554-2.0185 0.2298 135 0.1916 2565 2700 90 2.0185-2.0906 0.2167 137 0.1812 2598 2735 92 2.0906-2.1742 0.2144 142 0.1684 2709 2851 95 2.1742-2.2731 0.2125 141 0.1697 2696 2837 94 2.2731-2.3928 0.2083 145 0.1737 2735 2880 96 2.3928-2.5425 0.2289 145 0.1796 2760 2905 97 2.5425-2.7385 0.2431 146 0.1897 2787 2933 97 2.7385-3.0136 0.2078 149 0.1822 2828 2977 98 3.0136-3.4484 0.2083 152 0.1578 2885 3037 99 3.4484-4.3399 0.1577 153 0.1491 2895 3048 99 4.3399-23.0229 0.189 161 0.1814 3049 3210 99
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.0589 0.0798 -0.0151 0.6737 0.7688 1.0436 0.0445 -0.0071 -0.1004 0.0962 -0.0181 -0.0463 0.3362 0.0983 0.0059 0.3085 0.0276 0.0084 0.1726 -0.0233 0.1992 -2.4943 -2.4723 -22.8099 2 0.5308 -0.2989 -0.1015 0.8533 -0.9672 1.4549 -0.0341 -0.2755 -0.2748 0.0838 0.0237 0.2378 0.0337 -0.1884 0.0232 0.1965 -0.0458 0.0402 0.1744 -0.0196 0.2733 -10.144 10.0645 -7.9411 3 0.6526 0.0192 0.2665 1.4574 0.1394 2.5682 0.0712 -0.0525 -0.0859 0.1241 0.0123 0.0471 0.0562 0.1275 0.0082 0.1472 -0.0139 0.0169 0.1485 -0.0182 0.1898 -4.8825 6.3908 -9.3976 4 1.8875 0.3294 -0.7906 0.6704 -0.7296 2.7463 -0.2364 -0.2857 -0.4265 -0.0224 -0.1124 -0.1854 0.2275 0.1242 -0.3154 0.2359 -0.0232 0.0668 0.221 0.0436 0.2612 -5.7133 1.1359 7.7469
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resseq 1:50)A1 - 50 2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resseq 51:80)A51 - 80 3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'A' and (resseq 81:220)A81 - 220 4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'A' and (resseq 221:315)A221 - 315