PDB-4ehw: Crystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus at 2.3 angstrom r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ehw

タイトル

Crystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus at 2.3 angstrom resolution

要素

Tetraacyldisaccharide 4'-kinase

キーワード

TRANSFERASE / membrane protein / kinase / lipid A / P-loop / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / disaccharide-1-phosphate 4'-kinase / membrane / lipid metabolism / tetraacyldisaccharide 4'-kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

tetraacyldisaccharide 4'-kinase / tetraacyldisaccharide 4'-kinase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Emptage, R.P. / Daughtry, K.D. / Pemble IV, C.W. / Raetz, C.R.H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of LpxK, the 4'-kinase of lipid A biosynthesis and atypical P-loop kinase functioning at the membrane interface.
著者: Emptage, R.P. / Daughtry, K.D. / Pemble, C.W. / Raetz, C.R.

履歴

登録	2012年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ehw.cif.gz	80.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ehw.ent.gz	60.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ehw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ehw_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ehw_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	4ehw_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	4ehw_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ehxC 4ehyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ygs-d 1vqz-d 1xrt-2 4fhw-d 2pwv-d 2oko-d 2hki-d 4fhp-d 4giy-d 1q2r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase

ヘテロ分子

37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.191, 101.191, 131.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Tetraacyldisaccharide 4'-kinase / Lipid A 4'-kinase 分子量: 36822.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_1656, lpxK / プラスミド: pET42b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O67572, tetraacyldisaccharide 4'-kinase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: The reservoir solution contained 60% MPD and 0.1 M Hepes pH 7.5. The drop contained ~3-4 mg/ml protein, 36% MPD, 60 mM Hepes pH 7.5, 10 mM Hepes pH 8.0, 0.3 M NaCl, 8% glycerol, 0.8 mM DTT, ...詳細: The reservoir solution contained 60% MPD and 0.1 M Hepes pH 7.5. The drop contained ~3-4 mg/ml protein, 36% MPD, 60 mM Hepes pH 7.5, 10 mM Hepes pH 8.0, 0.3 M NaCl, 8% glycerol, 0.8 mM DTT, and ~0.1% DDM, sitting drop, vapor diffusion, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 4.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.17 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: The reservoir solution contained 60% MPD and 0.1 M Hepes pH 7.5. The drop contained ~3-4 mg/ml protein, 36% MPD, 60 mM Hepes pH 7.5, 10 mM Hepes pH 8.0, 0.3 M NaCl, 8% glycerol, 0.8 mM DTT, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月25日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→48.57 Å / Num. all: 31121 / Num. obs: 31074 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.27 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 0.63 / Net I/σ(I): 13.8 / Scaling rejects: 62131

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	10.83	0.509	2.8	43115	3054	0.52	100
2.38-2.48	11.05	0.483	3.1	42999	3027	0.55	100
2.48-2.59	11.45	0.438	3.5	44004	3078	0.57	100
2.59-2.73	11.58	0.391	4.3	44135	3079	0.71	100
2.73-2.9	12.03	0.285	5.5	44057	3070	0.59	100
2.9-3.12	12.45	0.206	7.7	44411	3078	0.59	99.9
3.12-3.44	13	0.134	11.7	44860	3104	0.62	99.7
3.44-3.93	13.24	0.098	18.7	44714	3102	0.91	99.6
3.93-4.95	13.64	0.056	28.9	45408	3143	0.6	99
4.95-48.57	13.25	0.039	41.2	45675	3339	0.57	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9.3L	データ削減
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集
d*TREK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→25.873 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2632	2948	10.05 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	0.2316	29334	94.42 %	-
all	-	31074	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 80.408 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.82 Å² / B_iso mean: 69.6289 Å² / B_iso min: 33.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9015 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.9015 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.803 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.873 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2527	0	68	89	2684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2664
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	3566
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	382
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.001	1025

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3377	0.3681	132	0.3526	1169	1301	90
2.3377-2.378	0.3942	141	0.3463	1215	1356	94
2.378-2.4212	0.4296	137	0.3543	1209	1346	93
2.4212-2.4677	0.3572	138	0.336	1234	1372	94
2.4677-2.5181	0.3757	141	0.3618	1229	1370	94
2.5181-2.5728	0.453	137	0.3719	1195	1332	93
2.5728-2.6326	0.4478	136	0.3797	1223	1359	93
2.6326-2.6983	0.343	135	0.3515	1243	1378	94
2.6983-2.7712	0.3863	136	0.3326	1215	1351	92
2.7712-2.8526	0.419	130	0.3054	1201	1331	91
2.8526-2.9446	0.3044	132	0.291	1201	1333	90
2.9446-3.0497	0.3101	135	0.2639	1206	1341	92
3.0497-3.1716	0.3126	134	0.2594	1231	1365	93
3.1716-3.3156	0.3183	139	0.2203	1251	1390	94
3.3156-3.4901	0.2702	142	0.2286	1291	1433	96
3.4901-3.7081	0.2651	148	0.2079	1300	1448	98
3.7081-3.9935	0.2458	147	0.1986	1307	1454	98
3.9935-4.3936	0.2054	145	0.1779	1299	1444	96
4.3936-5.0253	0.1842	147	0.1572	1337	1484	98
5.0253-6.3161	0.2297	153	0.2262	1366	1519	99
6.3161-25.8743	0.2312	163	0.2201	1464	1627	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3661	-0.0069	0.4332	0.4872	0.8006	1.7794	0.121	-0.003	-0.5702	0.1724	-0.0282	0.0797	0.5364	-0.274	-0.0862	0.4618	-0.0245	-0.09	0.3794	0.02	0.4302	52.4622	83.2052	60.4667
2	2.5273	0.1754	1.709	1.7347	0.1589	1.3319	0.1125	-0.1654	-0.0431	0.2189	-0.187	-0.01	0.2156	-0.4543	0.0358	0.3211	-0.0138	-0.0108	0.4356	-0.0212	0.2534	45.5786	85.4376	60.7575
3	3.4976	-0.0027	0.1702	1.757	0.8723	0.4658	0.0563	-1.3205	0.0208	0.8985	-0.4774	0.0034	0.9216	-0.0333	-0.2699	0.8421	-0.1241	0.1355	0.7481	0.1108	0.3717	23.1267	75.1959	55.6998
4	1.8501	0.8785	1.1719	1.5767	0.7562	0.9988	0.0261	-0.2164	0.2482	0.4141	-0.0809	0.2707	0.1612	-0.4991	0.0636	0.3743	-0.0416	0.0508	0.5258	-0.0143	0.2634	31.8271	85.3064	55.2714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 8:81)	A	8 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 82:212)	A	82 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 213:262)	A	213 - 262
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 263:315)	A	263 - 315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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