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- PDB-4ehs: Crystal structure of Helicobacter pylori DnaG Primase C terminal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ehs
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori DnaG Primase C terminal domain
要素DNA primase
キーワードTRANSFERASE / primase / helicase binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase activity / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA primase DnaG, C-terminal helicase-binding domain / DnaG-primase C-terminal, helicase-binding domain / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / Toprim domain / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain ...DNA primase DnaG, C-terminal helicase-binding domain / DnaG-primase C-terminal, helicase-binding domain / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / Toprim domain / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / TOPRIM / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Abdul Rehman, S.A. / Gourinath, S.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure and mode of helicase binding of the C-terminal domain of primase from Helicobacter pylori
著者: Abdul Rehman, S.A. / Verma, V. / Mazumder, M. / Dhar, S.K. / Gourinath, S.
履歴
登録2012年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Derived calculations
改定 1.22014年3月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase
B: DNA primase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8336
ポリマ－36,5202
非ポリマー3134
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.883, 61.455, 82.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA primase


分子量: 18260.176 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP Residues 413-559 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26995 / 遺伝子: dnaG, DnaG Primase, HP_0012 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P56064, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 5000 MME, NaCl, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 24493 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 42.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.78-1.814.90.3323.8194.2
1.81-1.846.10.298199.7
1.84-1.886.60.2461100
1.88-1.926.70.2311100
1.92-1.966.80.1891100
1.96-26.80.1541100
2-2.056.90.1271100
2.05-2.116.80.1161100
2.11-2.176.90.0931100
2.17-2.246.90.0831100
2.24-2.326.90.0751100
2.32-2.426.90.0671100
2.42-2.536.90.0621100
2.53-2.666.90.0581100
2.66-2.836.90.0561100
2.83-3.046.90.0521100
3.04-3.356.80.0531100
3.35-3.836.70.0521100
3.83-4.836.80.0431100
4.83-506.80.035199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→49.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.919 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24929 1250 5.1 %RANDOM
Rwork0.19502 ---
obs0.19779 23200 99.59 %-
all-24598 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.766 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----0.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.2199 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1993 0 16 213 2222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1842.0532724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4845244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.73624.32181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63815417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4771512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4671.51248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59821998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3183812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8554.5753
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.778→1.824 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 80 -
Rwork0.263 1469 -
obs--94.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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