[日本語] English
万見
- PDB-4egs: Crystal Structure Analysis of Low Molecular Weight Protein Tyrosi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4egs
タイトルCrystal Structure Analysis of Low Molecular Weight Protein Tyrosine Phosphatase from T. tengcongensis
要素Ribose 5-phosphate isomerase RpiB
キーワードISOMERASE / Tyrosine Phosphatase / Dephosphorylation / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


intramolecular oxidoreductase activity, interconverting aldoses and ketoses / protein tyrosine phosphatase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Ribose 5-phosphate isomerase B / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB superfamily / Ribose/Galactose Isomerase / Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family ...: / Ribose 5-phosphate isomerase B / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB superfamily / Ribose/Galactose Isomerase / Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Ribose 5-phosphate isomerase RpiB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cao, X.F. / Liu, X.Y. / Li, L.F. / Su, X.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of Low Molecular Weight Protein Tyrosine Phosphatase from T. tengcongensis
著者: Cao, X.F. / Liu, X.Y. / Li, L.F. / Su, X.D.
履歴
登録2012年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribose 5-phosphate isomerase RpiB
B: Ribose 5-phosphate isomerase RpiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6005
ポリマ－39,4552
非ポリマー1453
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ribose 5-phosphate isomerase RpiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7892
ポリマ－19,7271
非ポリマー611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Ribose 5-phosphate isomerase RpiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8113
ポリマ－19,7271
非ポリマー842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.964, 33.176, 117.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Ribose 5-phosphate isomerase RpiB


分子量: 19727.488 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 1-146 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4 / 遺伝子: RpiB, TTE0146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RD95
#2: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→19.5 Å / Num. obs: 13331 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZGG

1zgg


解像度: 2.3→19.167 Å / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.03 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2116 1255 10.02 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.1953 12524 98.9 %-
all-13331 --
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.361 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.7489 Å2-0 Å20.4919 Å2
2---0.9037 Å2-0 Å2
3----6.8453 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2279 0 9 135 2423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8623159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.868887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004407
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3012-2.39310.28561270.2534124388
2.3931-2.50180.28651320.2449124290
2.5018-2.63340.26041450.2357120087
2.6334-2.79790.26581390.2453124289
2.7979-3.01320.2271380.2169126889
3.0132-3.3150.21531470.2016122989
3.315-3.79150.20121350.1915125090
3.7915-4.76470.17881310.1445128090
4.7647-19.16740.17771590.17130689

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る