PDB-4eg9: 1.9 Angstrom resolution crystal structure of Se-methionine hypoth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eg9

タイトル

1.9 Angstrom resolution crystal structure of Se-methionine hypothetical protein SAOUHSC_02783 from Staphylococcus aureus

要素

Uncharacterized protein SAOUHSC_02783

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A - #40 / Csa family / Csa superfamily / Csa1 family / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta / plasma membrane / Uncharacterized protein SAOUHSC_02783

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.9 Angstrom resolution crystal structure of Se-methionine hypothetical protein SAOUHSC_02783 from Staphylococcus aureus
著者: Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for ...

履歴

登録	2012年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eg9.cif.gz	112.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eg9.ent.gz	93.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eg9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eg9_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eg9_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	4eg9_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4eg9_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4eg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4eg9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4egd
類似構造データ	6wkc-1 4dhs-d 6axo-d 5btv-d 6rws-d 3mg9-d 5moc-d 2h8o-d 5n5r-d 3v94-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein SAOUHSC_02783

ヘテロ分子

30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.346, 60.707, 94.156
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein SAOUHSC_02783 分子量: 30896.273 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-264 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_02783 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2FVD0
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7.0 mg/mL protein in 0.25 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 8.3, screen: TRAP, H1, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 30% v/v Jeffamine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 20233 / Num. obs: 19583 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 23.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1485 / % possible all: 80.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 7.746 / SU ML: 0.1
Isotropic thermal model: THERMAL FACTORS INDIVIDUALLY REFINED
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27143	1007	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21533	-	-	-
all	0.21801	18575	-	-
obs	0.21801	18575	96.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.798 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1909	0	1	140	2050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.364	1.964	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.791	3	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.661	5	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.891	25.364	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.564	15	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.723	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.977	1.5	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.314	1.5	475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.632	2	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.852	3	816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.309	4.5	766

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	57	-
R_work	0.279	1156	-
obs	-	1156	83.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6791	1.4575	-0.7179	5.5108	-2.414	1.8248	0.1808	-0.0228	0.2397	0.3067	0.0295	0.363	-0.151	-0.1609	-0.2103	0.1607	0.0074	0.0371	0.1499	-0.0062	0.2068	14.9717	30.8078	51.702
2	1.7433	0.4819	0.3852	2.8257	1.2977	2.7691	0.0197	-0.1975	-0.0955	0.3124	-0.1137	0.1441	0.0467	0.0707	0.0939	0.1758	-0.0058	0.0243	0.1985	0.0221	0.018	29.9173	31.2114	46.4521
3	1.2035	0.4609	0.4788	9.8253	5.6845	3.8829	0.1771	0.2032	-0.0142	0.2088	-0.0548	-0.4147	0.2955	0.0249	-0.1222	0.1617	0.0202	0.0012	0.2214	0.0071	0.1471	37.2165	23.6837	32.3509
4	1.7535	0.8155	-0.6453	1.4514	-0.6834	1.7789	0.0066	0.2749	0.2427	-0.1177	0.1004	0.1406	-0.0649	-0.1163	-0.107	0.1597	0.0205	-0.0227	0.1373	-0.0044	0.1873	25.5525	35.2465	37.6615
5	1.635	-0.1402	0.0439	2.3087	-1.4256	3.9604	0.0538	0.1223	-0.0214	-0.0347	-0.0452	0.0815	0.0757	0.0258	-0.0086	0.1035	0.0094	0.017	0.1402	-0.013	0.1476	16.2515	24.6927	42.0877
6	2.732	2.8225	2.7404	4.201	4.7132	8.5721	0.2031	0.0815	-0.3357	0.3689	0.0342	-0.05	0.4249	0.2169	-0.2373	0.1381	0.0301	0.0239	0.1164	-0.0082	0.1589	24.7208	23.1085	41.0027

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	103 - 129
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	130 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	179 - 236
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	237 - 258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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