PDB-4eg1: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with subs...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eg1

タイトル

Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with substrate Methionine

要素

Methionyl-tRNA synthetase, putative

キーワード

LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / protein-inhibitor complex / Rossmann-fold / translation / nucleotide binding / Rossmann Fold / tRNA binding ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / chloroplast stroma / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Shibata, S. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Distinct States of Methionyl-tRNA Synthetase Indicate Inhibitor Binding by Conformational Selection.
著者: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Yu, M. / Liu, J. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G.

履歴

登録	2012年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月17日	Group: Other
改定 1.2	2012年10月31日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eg1.cif.gz	432.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eg1.ent.gz	354.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eg1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4eg1_validation.pdf.gz	473.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eg1_full_validation.pdf.gz	486.4 KB	表示
XML形式データ	4eg1_validation.xml.gz	39.2 KB	表示
CIF形式データ	4eg1_validation.cif.gz	53.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4eg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4eg1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eg3C 4eg4C 4eg5C 4eg6C 4eg7C 4eg8C 4egaC 3kflS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mvy-1 4mw2-1 4mw5-1 4mwc-1 6mes-1 4mvw-1 4zt2-1 5v49-1 5nfh-1 4eg5-1 4mw0-1 5j58-1 4zt6-1 4mwe-1 4mw9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Methionyl-tRNA synthetase, putative

B: Methionyl-tRNA synthetase, putative

ヘテロ分子

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methionyl-tRNA synthetase, putative

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methionyl-tRNA synthetase, putative

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.037, 105.935, 207.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methionyl-tRNA synthetase, putative 分子量: 61434.707 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 235-771 / 変異: K452A, K453R, E454A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0 to 2.3M ammonium sulfate, 0.2M sodium chloride and 0.1M sodium cacodylate pH 6.0 to 6.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K PH範囲: 6.0 to 6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月8日

放射

モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 42449 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 6.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.9-3	5.7	0.726	1	100
3-3.12	5.7	0.542	1	100
3.12-3.27	5.7	0.419	1	100
3.27-3.44	5.8	0.3	1	100
3.44-3.65	5.9	0.207	1	100
3.65-3.94	6.1	0.161	1	100
3.94-4.33	6.3	0.122	1	100
4.33-4.96	6.5	0.102	1	100
4.96-6.24	6.7	0.1	1	100
6.24-50	6.7	0.054	1	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 51.13 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.8 Å	43.94 Å
Translation	2.8 Å	43.94 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KFL

3kfl

解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 33.878 / SU ML: 0.296 / SU R Cruickshank DPI: 0.7873 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.787 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25393	2124	5 %	RANDOM
R_work	0.20851	-	-	-
obs	0.21078	39977	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.232 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8495	0	90	81	8666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	8791
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.158	1.963	11923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.821	3	14631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.887	5	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.014	23.516	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.719	15	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.25	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	9655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	147	-
R_work	0.315	2654	-
obs	-	-	99.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8266	0.4454	-0.5257	1.7503	-0.6842	0.5796	0.0018	0.012	0.0646	0.2302	0.0274	0.067	0.087	0.0789	-0.0292	0.2286	0.0517	0.0778	0.1699	-0.0141	0.1399	-40.1558	-15.1574	53.2555
2	0.6726	0.4761	-0.7468	0.4709	-0.5327	1.8348	0.1042	0.0886	-0.1088	0.1655	-0.0469	-0.137	-0.0487	0.3442	-0.0574	0.095	-0.0115	-0.0228	0.3009	0.0044	0.2529	-17.057	3.6713	34.3791
3	0.2902	-0.986	-0.1869	3.4869	0.9746	1.2017	-0.0032	-0.0653	0.0304	0.0348	0.2684	-0.1628	-0.2387	0.2011	-0.2652	0.2643	-0.1207	0.1563	0.1606	-0.0672	0.1937	-14.1297	13.0398	38.4131
4	0.924	0.3238	-0.7183	0.8565	-0.0521	1.6326	-0.0782	0.0943	-0.0711	-0.309	0.1129	0.0535	-0.0301	-0.0869	-0.0347	0.1287	-0.0275	0.0279	0.2416	0.0318	0.1904	-12.9645	14.6009	-11.7335
5	4.6029	-5.1079	3.6086	6.0595	-3.0637	12.8758	0.1438	-0.3964	-0.1292	0.0619	0.1239	0.1053	1.0243	-0.1567	-0.2677	0.1664	-0.1585	-0.0002	0.3662	0.044	0.3181	11.8228	12.9814	-6.9733
6	1.9462	0.8538	-0.4849	1.565	-0.2242	1.8723	-0.043	-0.0473	0.0624	-0.2369	0.1268	-0.0453	-0.1395	0.102	-0.0838	0.0588	-0.011	0.0313	0.1473	0.0187	0.1599	-7.6832	23.6708	-6.774
7	0.5078	0.3848	-0.6423	0.989	-0.8843	1.6318	-0.1423	-0.0792	-0.0763	-0.1558	0.0125	-0.1154	0.3731	0.0056	0.1298	0.0925	-0.003	0.0468	0.2337	0.0005	0.1732	-26.2389	-3.7461	9.2284
8	3.6224	0.7644	0.0368	1.1784	-0.9206	0.855	-0.1164	0.1487	-0.2436	-0.1716	0.3275	0.1732	0.1121	-0.2972	-0.2111	0.1179	-0.0293	-0.0012	0.2825	0.0283	0.2391	-36.9665	-5.1744	5.1878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	239 - 537
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	538 - 735
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	736 - 767
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-4 - 367
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	368 - 395
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	396 - 533
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	534 - 730
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	731 - 768

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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