PDB-4efq: Bombyx mori lipoprotein 7 - platinum derivative at 1.94 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4efq

タイトル

Bombyx mori lipoprotein 7 - platinum derivative at 1.94 A resolution

要素

30kDa protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / VHS domain / beta-trefoil

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Pietrzyk, A.J. / Panjikar, S. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: High-resolution structure of Bombyx mori lipoprotein 7: crystallographic determination of the identity of the protein and its potential role in detoxification.
著者: Pietrzyk, A.J. / Panjikar, S. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Lochynska, M. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.

履歴

登録	2012年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4efq.cif.gz	209.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4efq.ent.gz	169.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4efq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4efq_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4efq_full_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示
XML形式データ	4efq_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	4efq_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/4efq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/4efq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4efpSC 4efrC 3pub S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nei-d 6ywr-d 4efp-2 4efp-1 3w1o-d 2h4h-d 5a37-1 2xws-1 1wku-2 6r6n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 30kDa protein

B: 30kDa protein

ヘテロ分子

56.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 30kDa protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 30kDa protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.806, 49.785, 54.958
Angle α, β, γ (deg.)	93.17, 94.87, 102.86
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	30kDa protein 分子量: 27579.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: protein isolated from fifth instar larvae / 由来: (天然) Bombyx mori (カイコ) / 参照: UniProt: E5EVW2
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES buffer, 22% PEG 3350, 200 mM KSCN, 2.0 mM K2PtCl6, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.071 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月23日
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.071 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→54.6 Å / Num. all: 29990 / Num. obs: 29990 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.153 / Mean I/σ(I) obs: 4.98 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
Auto-Rickshaw	MR protocol	位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4EFP

4efp

解像度: 1.94→54.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 4.326 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22665	1019	3.4 %	RANDOM
R_work	0.18534	-	-	-
obs	0.18675	28971	94.08 %	-
all	-	29990	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.057 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	-1.09 Å²	2.04 Å²
2-	-	-1.22 Å²	-0.17 Å²
3-	-	-	1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→54.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3836	0	15	231	4082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	3974
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.95	5382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.9	5	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.693	24.455	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.31	15	694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.178	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.952	1.5	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.426	2	3789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.512	3	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.422	4.5	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.94→1.988 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	62	-
R_work	0.146	1631	-
obs	-	-	71.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6589	-1.2037	-3.0112	11.6192	1.393	2.771	0.1141	-0.0707	-0.3036	-0.5028	-0.1875	-0.7022	0.0915	0.1405	0.0734	0.1763	0.0495	-0.0693	0.178	-0.0047	0.2133	43.0586	-6.1891	19.9452
2	2.9883	0.3586	1.0601	4.8763	0.4575	6.2086	-0.0398	-0.0071	0.1884	-0.1881	0.0054	-0.3377	-0.0826	-0.0023	0.0345	0.0112	-0.0161	0.0083	0.08	0.0138	0.0415	38.4147	4.5537	22.9091
3	0.4763	-0.1743	1.3191	5.2839	2.6738	5.5655	0.0161	0.0421	0.0354	-0.4993	0.0479	-0.3077	-0.2913	0.1317	-0.064	0.0759	-0.0052	-0.0116	0.1188	0.0134	0.077	32.9966	-6.4603	16.0115
4	2.555	-0.578	0.3401	3.526	-0.4837	2.96	-0.1301	-0.204	0.042	0.3251	0.0861	-0.2012	0.172	0.1971	0.0441	0.0553	0.0322	-0.0325	0.0669	0.0085	0.0598	35.3999	-3.8216	32.1261
5	2.9587	-1.0961	1.401	0.6787	0.5512	4.9314	-0.0838	-0.0088	0.0839	-0.0285	0.0035	-0.0357	-0.2701	-0.0498	0.0804	0.0594	-0.0162	-0.0167	0.022	-0.0176	0.0613	30.8374	6.1756	27.1906
6	0.6808	0.5853	-0.5936	3.1557	-0.0043	3.4189	-0.106	0.0824	0.0355	-0.3805	0.061	0.1004	-0.0475	-0.384	0.045	0.0767	0.0087	-0.0449	0.0735	-0.0065	0.0427	24.7653	1.1493	21.8455
7	2.647	-0.8378	-0.3222	2.1128	0.3069	3.8965	-0.0768	0.4101	-0.127	-0.0337	-0.0945	0.2216	0.1541	-0.4541	0.1714	0.0601	-0.0281	-0.0391	0.1077	-0.0315	0.0646	18.1977	2.612	31.832
8	3.5509	-1.1726	-1.149	0.6458	0.4717	2.9924	-0.0784	-0.076	0.0727	0.241	0.0361	-0.0664	0.1286	-0.0983	0.0422	0.1827	-0.0145	-0.0309	0.1413	0.0004	0.0598	14.3412	5.2549	49.0717
9	7.4396	0.479	0.5783	10.3759	-0.9932	4.0834	-0.0046	-0.0337	-0.1667	0.4358	-0.1106	-0.1907	0.1092	-0.2174	0.1152	0.0471	-0.0133	0.003	0.116	-0.001	0.0117	10.9811	7.5886	50.3776
10	4.4562	1.5992	-1.7859	1.9965	-0.4407	2.1308	-0.0903	0.1394	-0.1196	-0.0294	0.0404	0.1159	0.146	-0.3298	0.0499	0.0835	0.0011	-0.0405	0.1085	-0.0036	0.0483	15.3374	7.6697	37.401
11	10.4011	2.8867	-4.9904	1.0688	-1.2607	3.8793	-0.3464	-0.2202	-0.0701	-0.0333	0.1198	-0.1028	0.205	0.1111	0.2267	0.0622	0.0278	-0.0516	0.1304	-0.0395	0.0982	29.095	13.8398	33.2702
12	2.6167	-0.1491	1.546	1.7103	0.5994	2.4465	-0.0901	-0.1137	0.1572	0.0488	0.0067	0.0246	-0.2117	-0.1045	0.0834	0.0474	0.0155	-0.0115	0.1177	0.0223	0.0255	18.1383	13.7793	47.0923
13	6.0441	-4.5637	2.1546	4.9071	-1.0061	1.072	0.0414	0.4747	0.3991	-0.4056	-0.1554	-0.2443	-0.237	0.2545	0.114	0.3334	-0.0085	0.0717	0.2212	0.0479	0.1993	16.389	19.004	44.5757
14	1.6202	-0.6235	-0.5637	0.46	-0.154	2.6576	-0.1067	0.0227	-0.0881	0.106	0.0439	-0.0393	0.243	0.0432	0.0627	0.0834	0.0218	-0.0367	0.0819	-0.004	0.0413	26.9387	6.366	43.1715
15	4.2306	-1.4955	-4.4688	0.5752	2.0143	8.8411	0.0275	-0.3076	-0.0911	0.0476	0.0802	0.0126	0.4396	-0.1473	-0.1078	0.1545	-0.0263	-0.019	0.1743	0.0334	0.0907	14.1575	2.6111	57.5173
16	0.8799	0.5298	-0.7212	2.5106	1.1049	2.2204	-0.1364	-0.0749	-0.1737	0.1492	0.0875	-0.1372	0.3004	0.2238	0.0489	0.1459	0.0598	-0.0312	0.1002	0.0127	0.078	25.384	1.0584	47.033
17	5.1356	-0.1796	-1.1956	3.5006	-0.6407	3.2093	0.2291	-0.1485	0.3023	0.2776	-0.0016	0.4577	-0.3344	-0.1895	-0.2274	0.135	0.0369	0.0125	0.0558	-0.0126	0.1071	-6.8054	37.4954	36.628
18	4.8737	4.649	-1.3164	5.6511	-3.0511	3.0232	0.2362	-0.368	0.3622	0.3523	-0.2516	0.2673	-0.2452	0.0087	0.0154	0.1115	0.0202	-0.01	0.1395	-0.059	0.041	-5.2785	29.7408	44.1106
19	0.7453	-0.6536	-2.3359	2.5642	-0.5199	11.8703	0.0892	0.0557	-0.0909	-0.0131	0.0209	0.4286	-0.1152	0.0378	-0.1101	0.0531	0.0275	-0.0129	0.0809	0.0237	0.0874	-8.5048	29.1377	32.2795
20	6.7801	-2.7681	4.9991	3.4867	0.3493	7.4303	-0.0087	0.1043	-0.0537	-0.2195	0.044	0.0809	-0.1697	-0.1679	-0.0354	0.0468	-0.0174	-0.0158	0.0906	0.0165	0.0209	-2.1571	32.5554	25.8993
21	3.8877	1.9928	0.4998	6.4551	-2.1581	3.5935	0.0582	-0.1967	-0.2496	0.2006	-0.0444	-0.3776	-0.1629	0.2497	-0.0138	0.0272	-0.0025	-0.0144	0.071	0.0019	0.0361	5.4312	27.2436	38.0811
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25	0.3336	-0.1276	-0.4523	3.1462	0.8856	1.8605	0.0121	0.0485	-0.0406	0.1024	0.0232	-0.0625	0.2502	-0.0131	-0.0353	0.0682	0.0161	-0.0415	0.1065	0.0033	0.0594	10.9473	16.5018	19.3338
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28	4.0981	-0.9162	0.096	6.3863	-0.7503	3.0244	-0.0445	0.1761	0.1068	-0.1156	-0.0261	-0.0565	-0.1041	0.2454	0.0707	0.0752	-0.0092	-0.0125	0.1489	-0.026	0.0271	16.154	27.1445	8.4046
29	7.9826	1.0936	-3.945	4.2128	0.4391	3.0396	0.165	-0.0385	-0.2707	0.1023	-0.0615	-0.2791	-0.0709	0.2116	-0.1034	0.0772	-0.0064	-0.0356	0.1227	-0.0153	0.0778	14.747	30.3453	18.8568
30	6.5878	3.0456	1.1044	4.4011	1.509	1.5323	0.0867	0.1991	-0.4368	0.1337	-0.0346	0.1543	0.3267	-0.3793	-0.0522	0.2047	-0.0319	-0.0231	0.3487	-0.0345	0.1995	-6.5917	24.0674	20.3871
31	0.3943	-0.153	-0.1423	1.0737	0.5069	1.3951	-0.0273	0.1311	0.04	-0.1007	-0.018	0.1361	-0.0654	-0.063	0.0453	0.0383	0.0078	-0.0334	0.0952	0.0064	0.0353	6.2986	24.6757	9.7414
32	0.7759	-0.0174	-0.9967	4.6978	0.387	2.5203	0.0523	0.0682	-0.0479	-0.2209	-0.222	0.1339	-0.0856	-0.0785	0.1697	0.0276	-0.0077	-0.0226	0.1259	-0.0076	0.0325	-0.6279	22.1428	15.4705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	32 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	43 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	56 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 79
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	80 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	93 - 110
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	111 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	121 - 136
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	137 - 143
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	144 - 166
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	167 - 174
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	175 - 208
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	209 - 218
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	219 - 239
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	5 - 24
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	25 - 40
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	41 - 50
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	51 - 59
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	60 - 71
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	72 - 91
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	92 - 104
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	105 - 114
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	115 - 136
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	137 - 142
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	143 - 153
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	154 - 173
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	174 - 182
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	183 - 190
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	191 - 224
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	225 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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