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- PDB-4efd: Crystal Structure of an M17 aminopeptidase from Trypanosoma Bruce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4efd
タイトルCrystal Structure of an M17 aminopeptidase from Trypanosoma Brucei, Tb427tmp.02.4440
要素Aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / aminopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zn-dependent exopeptidases / Probable aminopeptidase NPEPL1, N-terminal / M17 aminopeptidase N-terminal domain 2 / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Zn peptidases / Aminopeptidase / Rossmann fold ...Zn-dependent exopeptidases / Probable aminopeptidase NPEPL1, N-terminal / M17 aminopeptidase N-terminal domain 2 / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Zn peptidases / Aminopeptidase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Aminopeptidase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Osman, K.T. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Lin, Y.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an M17 aminopeptidase from Trypanosoma Brucei, Tb427tmp.02.4440
著者: Wernimont, A.K. / Osman, K.T. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Lin, Y.H.
履歴
登録2012年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase
B: Aminopeptidase
C: Aminopeptidase
D: Aminopeptidase
E: Aminopeptidase
F: Aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,22642
ポリマ－332,8516
非ポリマー2,37536
水13,854769
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31000 Å2
ΔGint-306 kcal/mol
Surface area94050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.916, 161.740, 176.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A349 - 355
2113B349 - 355
3113C349 - 355
4113D349 - 355
5113E349 - 355
6113F349 - 355
1213A495 - 501
2213B495 - 501
3213C495 - 501
4213D495 - 501
5213E495 - 501
6213F495 - 501
1314A289 - 305
2314B289 - 305
3314C289 - 305
4314D289 - 305
5314E289 - 305
6314F289 - 305

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Aminopeptidase


分子量: 55475.191 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb11.02.4440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q385B0*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 805分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.53 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.6
詳細: 100 mM Na Citrate pH 5.6, 0.2 M Ammonium Sulfate, 2.0 M K/Na Tartrate, 2 mM MnCl2, 5 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 169603 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.975 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 8.624 / SU ML: 0.195 / SU R Cruickshank DPI: 0.3435 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 8455 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.228 168491 99.3 %-
all-169661 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20 Å2
2---1.8 Å20 Å2
3---2.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22664 0 124 769 23557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.02223461
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7911.96832036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.796336966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.40953138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16724.364935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.289153450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.08315117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.23738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02126832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2281.515506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0291.56329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.419224838
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.31937955
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.584.57186
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A69tight positional0.010.05
2B69tight positional0.010.05
3C69tight positional0.010.05
4D69tight positional0.010.05
5E69tight positional0.010.05
6F69tight positional0.010.05
1A189medium positional0.5
2B189medium positional0.5
3C189medium positional0.5
4D189medium positional0.5
5E189medium positional0.5
6F189medium positional0.5
1A69loose positional0.125
2B69loose positional0.125
3C69loose positional0.125
4D69loose positional0.125
5E69loose positional0.125
6F69loose positional0.125
1A69tight thermal0.030.5
2B69tight thermal0.020.5
3C69tight thermal0.030.5
4D69tight thermal0.040.5
5E69tight thermal0.040.5
6F69tight thermal0.030.5
1A189medium thermal0.012
2B189medium thermal0.012
3C189medium thermal0.012
4D189medium thermal0.022
5E189medium thermal0.012
6F189medium thermal0.022
1A69loose thermal0.0110
2B69loose thermal0.0110
3C69loose thermal0.0110
4D69loose thermal0.0110
5E69loose thermal0.0110
6F69loose thermal0.0110
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 585 -
Rwork0.329 11611 -
obs--98.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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