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万見
- PDB-4eed: CorA coiled-coil mutant under Mg2+ presence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eed
タイトルCorA coiled-coil mutant under Mg2+ presence
要素Magnesium transport protein CorA
キーワードMETAL TRANSPORT / trans-membrane protein / coiled-coil / Mg2+ channel / Mg2+ binding / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle ...Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalt/magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.92 Å
データ登録者Pfoh, R. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural asymmetry in the magnesium channel CorA points to sequential allosteric regulation.
著者: Pfoh, R. / Li, A. / Chakrabarti, N. / Payandeh, J. / Pomes, R. / Pai, E.F.
履歴
登録2012年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium transport protein CorA
B: Magnesium transport protein CorA
C: Magnesium transport protein CorA
D: Magnesium transport protein CorA
E: Magnesium transport protein CorA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,97519
ポリマ－194,6355
非ポリマー34014
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19440 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area68530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.700, 132.500, 179.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A26 - 109
2114B26 - 109
3114C26 - 109
4114D26 - 109
5114E26 - 109
1216A110 - 112
2216B110 - 112
3216C110 - 112
4216D110 - 112
5216E110 - 112
1314A113 - 179
2314B113 - 179
3314C113 - 179
4314D113 - 179
5314E113 - 179
1416A180 - 182
2416B180 - 182
3416C180 - 182
4416D180 - 182
5416E180 - 182
1514A183 - 351
2514B183 - 351
3514C183 - 351
4514D183 - 351
5514E183 - 351

-
要素

#1: タンパク質
Magnesium transport protein CorA


分子量: 38927.016 Da / 分子数: 5 / 変異: R222A,K223A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: corA, TM_0561 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZ31
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 400, MgCl2, pH 7.0, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC CCD300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.92→48.8 Å / Num. all: 21818 / Num. obs: 21818 / % possible obs: 81.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 %
反射 シェル解像度: 3.92→4.02 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 466 / % possible all: 24.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IUB

2iub


解像度: 3.92→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.859 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.81 / WRfactor Rfree: 0.3305 / WRfactor Rwork: 0.2739 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6923 / SU B: 207.889 / SU ML: 1.201 / SU R Cruickshank DPI: 1.0792 / SU Rfree: 1.1843 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3512 1096 5 %RANDOM
Rwork0.2971 ---
all0.2996 21818 --
obs0.2996 21818 82.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 219.15 Å2 / Biso mean: 145.2355 Å2 / Biso min: 17.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.92→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12965 0 14 0 12979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02213230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2351.9717940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.834321925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36451560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.31523.937635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.431152420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7291590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.22100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1721.57850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1021.53125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.216212940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03435380
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0274.55000
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4293MEDIUM POSITIONAL0.260.5
2B4293MEDIUM POSITIONAL0.320.5
3C4293MEDIUM POSITIONAL0.330.5
4D4293MEDIUM POSITIONAL0.290.5
5E4293MEDIUM POSITIONAL0.350.5
1A98LOOSE POSITIONAL0.725
2B98LOOSE POSITIONAL0.275
3C98LOOSE POSITIONAL0.35
4D98LOOSE POSITIONAL0.285
5E98LOOSE POSITIONAL0.295
1A4293MEDIUM THERMAL0.172
2B4293MEDIUM THERMAL0.172
3C4293MEDIUM THERMAL0.162
4D4293MEDIUM THERMAL0.172
5E4293MEDIUM THERMAL0.172
1A98LOOSE THERMAL0.2210
2B98LOOSE THERMAL0.1510
3C98LOOSE THERMAL0.2610
4D98LOOSE THERMAL0.210
5E98LOOSE THERMAL0.1710
LS精密化 シェル解像度: 3.922→4.023 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 20 -
Rwork0.411 459 -
all-479 -
obs-466 24.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.5507 Å / Origin y: -2.9243 Å / Origin z: -36.1322 Å
111213212223313233
T0.319 Å2-0.0034 Å2-0.0358 Å2-0.1194 Å2-0.0101 Å2--0.0723 Å2
L0.0695 °2-0.0491 °2-0.0026 °2-0.4177 °2-0.077 °2--0.1524 °2
S0.0047 Å °-0.0791 Å °0.0252 Å °-0.0144 Å °-0.0246 Å °-0.1591 Å °-0.1298 Å °0.0506 Å °0.0199 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 349
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION1B501
4X-RAY DIFFRACTION1B26 - 349
5X-RAY DIFFRACTION1A403
6X-RAY DIFFRACTION1B502
7X-RAY DIFFRACTION1C501
8X-RAY DIFFRACTION1C26 - 349
9X-RAY DIFFRACTION1B503
10X-RAY DIFFRACTION1C502
11X-RAY DIFFRACTION1D501
12X-RAY DIFFRACTION1D26 - 349
13X-RAY DIFFRACTION1D502 - 503
14X-RAY DIFFRACTION1E501
15X-RAY DIFFRACTION1E26 - 349
16X-RAY DIFFRACTION1A404
17X-RAY DIFFRACTION1E502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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