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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eea | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human M340H-beta-1,4-galactosyltransferase-1 (M340H-B4GAL-T1) in complex with GLCNAC-BETA1,6-Gal-Beta1,4-Glc-BETA | |||||||||
![]() | Beta-1,4-galactosyltransferase 1 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / enzyme-carbohydrate complex / GT-A fold / glycosyltransferase / UDP-Galactose | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Defective B4GALT1 causes CDG-2d / galactosyltransferase activity / Interaction With Cumulus Cells And The Zona Pellucida / Defective B4GALT1 causes B4GALT1-CDG (CDG-2d) / penetration of zona pellucida / Lactose synthesis / regulation of acrosome reaction / Keratan sulfate biosynthesis / lactose synthase / neolactotriaosylceramide beta-1,4-galactosyltransferase ...Defective B4GALT1 causes CDG-2d / galactosyltransferase activity / Interaction With Cumulus Cells And The Zona Pellucida / Defective B4GALT1 causes B4GALT1-CDG (CDG-2d) / penetration of zona pellucida / Lactose synthesis / regulation of acrosome reaction / Keratan sulfate biosynthesis / lactose synthase / neolactotriaosylceramide beta-1,4-galactosyltransferase / beta-N-acetylglucosaminylglycopeptide beta-1,4-galactosyltransferase / N-acetyllactosamine synthase / N-acetyllactosamine synthase activity / positive regulation of circulating fibrinogen levels / beta-N-acetylglucosaminylglycopeptide beta-1,4-galactosyltransferase activity / N-Glycan antennae elongation / UDP-galactosyltransferase activity / Golgi trans cisterna / macrophage migration / lactose synthase activity / development of secondary sexual characteristics / lactose biosynthetic process / oligosaccharide biosynthetic process / desmosome / acute inflammatory response / galactose metabolic process / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Pre-NOTCH Processing in Golgi / binding of sperm to zona pellucida / angiogenesis involved in wound healing / protein N-linked glycosylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / azurophil granule membrane / Golgi cisterna membrane / epithelial cell development / beta-tubulin binding / alpha-tubulin binding / cytoskeletal protein binding / extracellular matrix organization / secretory granule membrane / epithelial cell proliferation / filopodium / brush border membrane / lipid metabolic process / negative regulation of epithelial cell proliferation / manganese ion binding / basolateral plasma membrane / cell adhesion / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / Golgi membrane / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Ramakrishnan, B. / Qasba, P.K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of N-acetylglucosamine (GlcNAc) beta 1-6-branched oligosaccharide acceptors to beta 4-galactosyltransferase I reveals a new ligand binding mode. 著者: Ramakrishnan, B. / Boeggeman, E. / Qasba, P.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 32773.230 Da / 分子数: 3 / 断片: catalytic domain / 変異: R337T, C338T, M340H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P15291, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, lactose synthase, N-acetyllactosamine synthase, beta-N-acetylglucosaminylglycopeptide beta- ...参照: UniProt: P15291, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, lactose synthase, N-acetyllactosamine synthase, beta-N-acetylglucosaminylglycopeptide beta-1,4-galactosyltransferase #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 754分子 ![](data/chem/img/UDP.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 MM Mes buffer, 1.6 M ammonium sulfate, 2% dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月12日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 96684 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 28.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 9963 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Molecular Placement 開始モデル: PDB entry 2AEC 解像度: 2→40.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.53 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.231 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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