PDB-4edl: Crystal structure of beta-parvin CH2 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4edl

タイトル

Crystal structure of beta-parvin CH2 domain

要素

Beta-parvin

キーワード

SIGNALING PROTEIN / calponin homology domain / protein-protein interaction / LD motif / integrin signaling / focal adhesion / Adaptor protein / Paxillin and integrin-linked kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / Cell-extracellular matrix interactions / cell projection assembly / lamellipodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / substrate adhesion-dependent cell spreading / Z disc / actin cytoskeleton / lamellipodium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Stiegler, A.L. / Draheim, K.M. / Li, X. / Chayen, N.E. / Calderwood, D.A. / Boggon, T.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for paxillin binding and focal adhesion targeting of beta-parvin.
著者: Stiegler, A.L. / Draheim, K.M. / Li, X. / Chayen, N.E. / Calderwood, D.A. / Boggon, T.J.

履歴

登録	2012年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4edl.cif.gz	327.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4edl.ent.gz	272.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4edl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4edmC 4ednC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zza-2 1xnt-d 6xg5-d 7jsl-2 4gh8-1 5j3q-1 3lim-4 4kjk-d 3sqy-d 7k6c-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-parvin

B: Beta-parvin

C: Beta-parvin

D: Beta-parvin

E: Beta-parvin

F: Beta-parvin

ヘテロ分子

93.3 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Beta-parvin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-parvin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-parvin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-parvin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Beta-parvin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Beta-parvin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.893, 52.584, 82.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-parvin / Affixin 分子量: 15371.638 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal calponin homology domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARVB, CGI-56 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HBI1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.89 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, 3% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月21日
放射	モノクロメーター: Si-111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 39650 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.1 Å² / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 14.011
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.155 / R_sym value: 0.509 / % possible all: 97.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 14.425 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	1990	5 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
all	0.2176	39650	-	-
obs	0.2176	39650	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 171.15 Å² / B_iso mean: 50.0852 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.52 Å²	0 Å²	2.2 Å²
2-	-	-1.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6291	0	68	234	6593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	6483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.297	1.984	8743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.351	5	758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.517	24.822	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.819	15	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.331	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4797

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	135	-
R_work	0.283	2604	-
all	-	2739	-
obs	-	2739	97.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2209	3.8437	-2.2868	10.8098	3.9922	17.6017	-0.3759	0.1693	-0.0179	-0.7612	0.5283	-0.1458	0.3807	0.1295	-0.1524	0.1628	-0.1329	0.0566	0.1666	-0.0321	0.096	-20.6879	-6.1465	8.6527
2	17.9982	8.5222	3.1739	4.4394	-0.4917	11.763	0.1385	0.2429	-0.0374	0.0283	0.1606	0.0334	-0.4078	-0.5753	-0.2991	0.2742	0.1679	0.0541	0.2102	-0.0247	0.1339	13.8412	33.9938	38.8998
3	16.2256	4.2682	-4.9578	5.6999	3.4289	9.1493	0.0762	-0.5328	0.015	0.269	0.0479	-0.3236	0.3787	0.0805	-0.1241	0.1275	-0.0609	0.0777	0.1569	-0.0698	0.1863	-34.7781	37.0326	19.693
4	10.6503	8.6398	1.5427	11.84	2.7219	24.836	-0.0998	0.1756	-1.027	-0.8577	0.2361	-1.5139	1.7513	0.683	-0.1364	0.399	-0.0144	0.1378	0.341	-0.077	0.2839	21.0208	-6.1376	10.8598
5	12.7795	5.7896	0.6209	6.6567	1.1682	6.2929	0.2398	-0.0401	0.1537	0.2394	-0.1691	0.96	0.2054	-0.9731	-0.0708	0.1447	-0.0035	0.0252	0.5111	0.072	0.3334	-25.3681	34.6601	37.7782
6	31.2357	-9.9644	-2.2234	17.4845	-5.993	17.9357	1.2218	-1.6077	1.6284	1.6692	0.1731	-0.5408	-1.9184	2.7055	-1.3949	0.9983	-0.3678	0.3882	0.7722	-0.3883	0.598	6.9672	36.2248	20.9111
7	4.9713	2.5898	-0.6961	3.1455	0.6156	6.5938	0.0875	-0.0005	0.3486	0.132	-0.0235	0.2624	-0.3114	0.0062	-0.064	0.0554	-0.0298	-0.0136	0.0562	-0.0028	0.0769	-25.9672	6.4377	28.3723
8	6.2373	1.9213	-1.6319	6.2196	1.8531	6.3867	-0.1928	0.214	-0.4407	-0.1825	0.0542	-0.2465	0.1342	0.1153	0.1386	0.0339	-0.0323	0.0024	0.0575	0.009	0.0507	35.0658	35.3618	28.1872
9	3.4197	0.4554	-2.8705	7.3225	-2.8306	7.4575	-0.0755	0.101	-0.1995	-0.6316	-0.0277	-0.2531	0.4058	0.2917	0.1032	0.0796	0.0421	0.003	0.1233	0.0038	0.1045	-26.7115	25.7365	0.5913
10	9.0121	1.2473	-2.3008	2.4667	0.192	6.0475	0.3002	-0.2228	0.445	0.1623	-0.238	-0.0195	-0.2426	-0.0835	-0.0622	0.0636	-0.0391	-0.0306	0.1146	0.0086	0.064	13.5544	6.6007	29.5729
11	6.2231	1.3725	-0.5289	3.6572	1.3443	6.9461	-0.2388	0.4933	0.0708	-0.8264	0.2175	-0.4696	0.0037	0.0205	0.0213	0.2615	-0.1016	0.1173	0.1056	-0.0116	0.0904	-4.059	34.7135	28.963
12	5.1528	-0.3127	-5.2237	11.5399	-4.5163	13.0282	0.012	-0.2793	-0.0214	-0.6535	-0.0696	-0.075	0.2272	0.3119	0.0576	0.1128	0.0544	0.054	0.1048	0.0003	0.0544	12.9327	25.1963	1.5052
13	2.2719	0.4919	-2.414	5.0391	-0.3931	5.2313	-0.099	0.3062	0.1492	-0.7129	0.125	0.255	-0.2069	-0.3205	-0.0261	0.1394	-0.0058	-0.0675	0.104	-0.0145	0.0727	-29.1939	5.6224	18.4612
14	6.2532	1.1232	-0.9378	4.8744	1.6138	4.8805	-0.1231	-0.2188	-0.8875	0.2267	-0.1677	0.0931	0.5562	-0.3738	0.2908	0.0876	-0.0614	0.0418	0.0615	0.0226	0.1941	28.7276	28.3375	32.2633
15	4.9053	0.7439	-2.3005	5.9537	-0.9847	8.6354	0.3139	0.0485	0.1183	-0.2268	-0.026	0.7811	-0.2519	-0.5646	-0.2879	0.0359	0.0193	-0.0266	0.1011	-0.0014	0.1073	-34.7656	32.0775	3.1202
16	3.0183	-1.3124	-2.9692	5.0104	-0.5998	5.663	0.1666	0.4153	0.0409	-0.5515	-0.1536	0.0113	-0.2688	-0.3689	-0.0131	0.1166	0.0158	-0.0203	0.1032	0.0071	0.0284	10.4561	5.6017	19.4981
17	6.1373	1.3701	-0.6482	4.0612	-0.1428	3.8571	-0.3294	0.1597	-0.6036	-0.3738	0.2309	0.0383	0.5914	-0.4495	0.0985	0.1437	-0.0754	0.0415	0.0885	-0.0128	0.1387	-11.0884	27.795	32.2247
18	6.446	1.6538	-5.7361	7.6694	-4.6112	11.3751	0.444	-0.1049	0.7158	0.0842	0.4265	1.0987	-0.6872	-0.5723	-0.8705	0.0792	0.0493	0.0232	0.1578	-0.0116	0.2217	5.4312	31.865	4.3793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	236 - 254
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	237 - 254
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	238 - 254
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	238 - 254
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	237 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	238 - 254
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	255 - 311
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	255 - 311
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	255 - 311
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	255 - 311
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	255 - 311
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	255 - 311
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	312 - 364
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	312 - 364
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	312 - 364
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	312 - 364
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	312 - 364
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	312 - 364

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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