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- PDB-4eda: Structures of monomeric hemagglutinin and its complex with an Fab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eda
タイトルStructures of monomeric hemagglutinin and its complex with an Fab fragment of a neutralizing antibody that binds to H1 subtype influenza viruses: molecular basis of infectivity of 2009 pandemic H1N1 influenza A viruses
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza virus / haemagglutinin / conformation / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Kim, K.H. / Cho, K.J. / Lee, J.H. / Park, Y.H. / Khan, T.G. / Lee, J.Y. / Kang, S.H. / Alam, I.
引用ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2013
タイトル: Insight into structural diversity of influenza virus haemagglutinin
著者: Cho, K.J. / Lee, J.H. / Hong, K.W. / Kim, S.H. / Park, Y. / Lee, J.Y. / Kang, S. / Kim, S. / Yang, J.H. / Kim, E.K. / Seok, J.H. / Unzai, S. / Park, S.Y. / Saelens, X. / Kim, C.J. / Lee, J.Y. ...著者: Cho, K.J. / Lee, J.H. / Hong, K.W. / Kim, S.H. / Park, Y. / Lee, J.Y. / Kang, S. / Kim, S. / Yang, J.H. / Kim, E.K. / Seok, J.H. / Unzai, S. / Park, S.Y. / Saelens, X. / Kim, C.J. / Lee, J.Y. / Kang, C. / Oh, H.B. / Chung, M.S. / Kim, K.H.
履歴
登録2012年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,10410
ポリマ－116,3704
非ポリマー1,7346
水1,13563
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0525
ポリマ－58,1852
非ポリマー8673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0525
ポリマ－58,1852
非ポリマー8673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area24930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.126, 208.126, 65.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 37341.082 Da / 分子数: 2 / 断片: HA1 SUBUNIT, UNP residues 18-344 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Korea/01/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pAcGP67A / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C5MQE6
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20844.113 Da / 分子数: 2 / 断片: HA2 SUBUNIT, UNP residues 345-520 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Korea/01/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pAcGP67A / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C5MQE6
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES (pH7.5), 20% PEG 3350, 200mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.085
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 44988 / Num. obs: 44808 / % possible obs: 99.6 %
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.701→49.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7263 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 34 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2892 2265 5.05 %RANDOM
Rwork0.2373 ---
obs0.2397 44808 99.51 %-
all-45029 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 78.247 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 163.25 Å2 / Biso mean: 86.5383 Å2 / Biso min: 34.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.3152 Å2-0 Å2-0 Å2
2--13.3152 Å20 Å2
3----26.6304 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→49.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7050 0 112 63 7225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.219905
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1462700
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7023-2.7610.38761280.32052506263490
2.761-2.82520.32881460.30922574272093
2.8252-2.89580.32861480.29882646279495
2.8958-2.97410.32591500.29062642279295
2.9741-3.06160.28731390.27322638277795
3.0616-3.16040.29991260.2672692281896
3.1604-3.27330.30631290.25752656278595
3.2733-3.40430.2981500.25112631278195
3.4043-3.55920.30011250.23882662278796
3.5592-3.74670.26211400.23252682282295
3.7467-3.98130.25541630.22492648281194
3.9813-4.28840.31341600.21872648280894
4.2884-4.71940.29721250.21132706283196
4.7194-5.4010.26631390.20782691283095
5.401-6.79980.29881430.24182706284995
6.7998-41.35530.271490.22032791294095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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