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- PDB-4ebd: Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ebd
タイトルConformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase Iota
要素
  • 5'-D(P*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'
  • 5'-D(P*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3'
  • DNA polymerase iota
キーワードTRANSFERASE/DNA / polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck ...error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck / DNA repair / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
South-methanocarba-2'-deoxyadenosine triphosphate / DNA / DNA polymerase iota
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.571 Å
データ登録者Eoff, R.L. / Ketkar, A. / Banerjee, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: A Nucleotide-Analogue-Induced Gain of Function Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase iota.
著者: Ketkar, A. / Zafar, M.K. / Banerjee, S. / Marquez, V.E. / Egli, M. / Eoff, R.L.
履歴
登録2012年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase iota
P: 5'-D(P*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'
T: 5'-D(P*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6479
ポリマ－51,8423
非ポリマー8066
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.776, 97.776, 202.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-677-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase iota / Eta2 / RAD30 homolog B


分子量: 47027.344 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-445 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLI, RAD30B / プラスミド: pBG101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UNA4, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 5'-D(P*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'


分子量: 2091.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 7-mer primer DNA
#3: DNA鎖 5'-D(P*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3'


分子量: 2722.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 9-mer template DNA

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非ポリマー , 4種, 152分子

#4: 化合物 ChemComp-0OJ / South-methanocarba-2'-deoxyadenosine triphosphate / [(1S,2R,3S,5S)-3-ヒドロキシ-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)ビシクロ[3.1.0]ヘキサン(以下略)


分子量: 501.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N5O11P3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.9, 5% glycerol, 10 mM 2-mercaptoethanol, 150 mM calcium chloride, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日
放射モノクロメーター: Si(220) side bounce / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→84.676 Å / Num. all: 18985 / Num. obs: 18978 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 51.5
反射 シェル解像度: 2.57→2.64 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GV5

3gv5


解像度: 2.571→48.888 Å / SU ML: 0.83 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 1861 10.02 %
Rwork0.2062 --
obs0.212 18581 97.89 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.13 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.1822 Å20 Å2-0 Å2
2--7.1822 Å20 Å2
3----8.6368 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.3308 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.571→48.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2974 325 46 146 3491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.374687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6911349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.571-2.64050.33251310.27551186X-RAY DIFFRACTION93
2.6405-2.71820.32871340.2511202X-RAY DIFFRACTION94
2.7182-2.80590.28661340.24331217X-RAY DIFFRACTION95
2.8059-2.90620.32471360.23361227X-RAY DIFFRACTION96
2.9062-3.02250.28991420.23311250X-RAY DIFFRACTION97
3.0225-3.160.31051450.21681281X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.32660.29421410.21511275X-RAY DIFFRACTION100
3.3266-3.5350.29751450.20511308X-RAY DIFFRACTION100
3.535-3.80780.27171450.20171300X-RAY DIFFRACTION100
3.8078-4.19080.21681450.18461312X-RAY DIFFRACTION100
4.1908-4.79680.21851480.16211338X-RAY DIFFRACTION100
4.7968-6.04170.25151510.20281355X-RAY DIFFRACTION100
6.0417-48.89680.24221640.21681469X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1037-0.1634-0.07410.26660.02860.6204-0.10150.16730.00290.06770.02130.28210.56-0.1717-0.01510.3865-0.14870.06830.2868-0.0390.352-1.749816.630121.2738
20.67210.64090.24180.60480.11791.1654-0.037-0.03310.0306-0.1145-0.03130.01660.08910.1379-0.03120.2197-0.0012-0.03470.18510.00180.173911.292722.60292.9596
30.68970.3058-0.01380.9812-0.19560.66690.2715-0.33750.24060.3378-0.0860.2201-0.54370.38330.04650.5346-0.20420.12290.373-0.12750.40977.255641.048631.655
4-0.00450.0001-0.00140.00320.01330.04110.09860.01180.0570.1512-0.27480.2847-0.34420.2839-0.00090.5142-0.13450.03930.3311-0.07280.60583.748740.96115.3276
50.0102-0.0270.04310.0573-0.06490.1786-0.1345-0.09920.3753-0.1858-0.02930.3936-0.4542-0.1138-0.00160.4305-0.16370.00190.3827-0.04310.41275.068936.241320.0059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 26:99)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 100:286)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 287:414)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'P' and (resseq 1:7)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T' and (resseq 3:11)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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