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万見
- PDB-4ebb: Structure of DPP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ebb
タイトルStructure of DPP2
要素Dipeptidyl peptidase 2
キーワードHYDROLASE / peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase II / lysosomal protein catabolic process / serine-type exopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / azurophil granule lumen / vesicle / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation ...dipeptidyl-peptidase II / lysosomal protein catabolic process / serine-type exopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / azurophil granule lumen / vesicle / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine carboxypeptidase S28, SKS domain / Serine carboxypeptidase S28, SKS domain / Peptidase S28 / Serine carboxypeptidase S28 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Serine carboxypeptidase S28, SKS domain / Serine carboxypeptidase S28, SKS domain / Peptidase S28 / Serine carboxypeptidase S28 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptidyl peptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shewchuk, L.M. / Hassell, A.H. / Sweitzer, S.M. / Sweitzer, T.D. / McDevitt, P.J. / Kennedy-Wilson, K.M. / Johanson, K.O.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structures of Human DPP7 Reveal the Molecular Basis of Specific Inhibition and the Architectural Diversity of Proline-Specific Peptidases.
著者: Bezerra, G.A. / Dobrovetsky, E. / Dong, A. / Seitova, A. / Crombett, L. / Shewchuk, L.M. / Hassell, A.M. / Sweitzer, S.M. / Sweitzer, T.D. / McDevitt, P.J. / Johanson, K.O. / Kennedy-Wilson, ...著者: Bezerra, G.A. / Dobrovetsky, E. / Dong, A. / Seitova, A. / Crombett, L. / Shewchuk, L.M. / Hassell, A.M. / Sweitzer, S.M. / Sweitzer, T.D. / McDevitt, P.J. / Johanson, K.O. / Kennedy-Wilson, K.M. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Gruber, K. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2012年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 2
B: Dipeptidyl peptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5448
ポリマ－105,6852
非ポリマー8606
水9,224512
1
A: Dipeptidyl peptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4816
ポリマ－52,8421
非ポリマー6395
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dipeptidyl peptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0632
ポリマ－52,8421
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Dipeptidyl peptidase 2
ヘテロ分子

B: Dipeptidyl peptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5448
ポリマ－105,6852
非ポリマー8606
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x+1/2,-y+3/2,-z+11
Buried area2340 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area35360 Å2
手法PISA
4
A: Dipeptidyl peptidase 2
ヘテロ分子

B: Dipeptidyl peptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5448
ポリマ－105,6852
非ポリマー8606
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+3/2,-y+1,z+1/21
Buried area5440 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area32260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.089, 96.447, 192.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 2 / Dipeptidyl aminopeptidase II / Dipeptidyl peptidase 7 / Dipeptidyl peptidase II / DPP II / ...Dipeptidyl aminopeptidase II / Dipeptidyl peptidase 7 / Dipeptidyl peptidase II / DPP II / Quiescent cell proline dipeptidase


分子量: 52842.258 Da / 分子数: 2 / 断片: dipeptidyl peptidase 7 (unp residues 27-492) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP7, DPP2, QPP / プラスミド: pDEST
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9UHL4, dipeptidyl-peptidase II
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate, 0.05M zinc acetate, 5% PEG3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月15日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.77 Å / Num. all: 72860 / Num. obs: 72860 / % possible obs: 98.89 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2→2.052 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5225 / % possible all: 96.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→37.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 8.204 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22997 3868 5 %RANDOM
Rwork0.20849 ---
obs0.20959 72860 98.89 %-
all-72860 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6962 0 45 512 7519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0227249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8641.9449876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6945910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.36823.183355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.032151043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3311556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3381.54478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.65127119
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.98332771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5214.52750
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 265 -
Rwork0.262 5225 -
obs--96.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 52.5482 Å / Origin y: 61.7161 Å / Origin z: 78.5649 Å
111213212223313233
T0.0323 Å2-0.003 Å20.0024 Å2-0.0507 Å2-0.0002 Å2--0.0545 Å2
L0.0226 °20.0116 °20.0707 °2-0.0195 °20.0568 °2--0.4496 °2
S-0.0312 Å °0.0149 Å °-0.0089 Å °-0.0198 Å °-0.0208 Å °0.0034 Å °-0.0751 Å °0.0537 Å °0.0521 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B601 - 822
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 890
3X-RAY DIFFRACTION1B501
4X-RAY DIFFRACTION1A501 - 505
5X-RAY DIFFRACTION1B27 - 477
6X-RAY DIFFRACTION1A28 - 477

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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