[日本語] English
万見
- PDB-4eb1: Hyperstable in-frame insertion variant of antithrombin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eb1
タイトルHyperstable in-frame insertion variant of antithrombin
要素(Antithrombin-III) x 2
キーワードBLOOD CLOTTING / serpin / hydrolase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix ...regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Martinez-Martinez, I. / Johnson, D.J.D. / Yamasaki, M. / Corral, J. / Huntington, J.A.
引用ジャーナル: J.Thromb.Haemost. / 年: 2012
タイトル: Type II antithrombin deficiency caused by a large in-frame insertion: structural, functional and pathological relevance.
著者: Martinez-Martinez, I. / Johnson, D.J. / Yamasaki, M. / Navarro-Fernandez, J. / Ordonez, A. / Vicente, V. / Huntington, J.A. / Corral, J.
履歴
登録2012年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
I: Antithrombin-III
L: Antithrombin-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3196
ポリマ－99,0282
非ポリマー1,2914
水48627
1
I: Antithrombin-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7944
ポリマ－49,9271
非ポリマー8673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
L: Antithrombin-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5252
ポリマ－49,1011
非ポリマー4241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.750, 101.750, 88.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Antithrombin-III / ATIII / Serpin C1


分子量: 49927.031 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: S137A, E210del, L211del, insert VLVLVNTRTS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINC1, AT3, PRO0309 / 細胞株 (発現宿主): HEK-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01008
#2: タンパク質 Antithrombin-III / latent alpha antithrombin / ATIII / Serpin C1


分子量: 49101.016 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 33-464 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: plasma / 参照: UniProt: P01008
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CHAIN A IS AN ANTITHROMBIN VARIANT COMPRISING UNP RESIDUES 33-464 WITH UNP RESIDUES E241 AND L242 ...CHAIN A IS AN ANTITHROMBIN VARIANT COMPRISING UNP RESIDUES 33-464 WITH UNP RESIDUES E241 AND L242 REPLACED BY A VLVLVNTRTS INSERTION.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 17.0% PEG4000, 50 mM sodium/potassium phosphate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月29日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→61.4 Å / Num. all: 29504 / Num. obs: 28324 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 82.014 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 0.18 / Num. unique all: 4144 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0098精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E04, CHAIN L

1e04


解像度: 2.8→61.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 29.51 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.994 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25455 1426 5 %RANDOM
Rwork0.19764 ---
all0.20053 28077 --
obs0.20053 26872 95.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å20 Å2-3.33 Å2
2--2.99 Å2-0 Å2
3----3.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→61.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6094 0 84 27 6205
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0226310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6251.9768580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0565793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.8524.566265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54615981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4151529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0214748
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 100 -
Rwork0.316 1983 -
obs-2083 97.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52143.1384-0.99153.9252-1.24490.4027-0.31490.2764-0.4622-0.15950.2756-0.6093-0.0103-0.17050.03930.60660.23560.00770.50640.00010.297974.458812.589335.9594
20.30440.2619-0.07370.48870.09550.55530.0246-0.0362-0.0376-0.0625-0.0527-0.1174-0.0035-0.00870.02810.24960.0197-0.03240.32320.01020.261464.39793.624946.7325
30.43920.32730.3151.9281-0.50241.82410.1774-0.0509-0.03820.0144-0.17020.2235-0.3828-0.0813-0.00730.3369-0.0146-0.0440.2759-0.01660.248658.370520.762751.6949
40.22220.088-0.38460.0838-0.21510.75560.0329-0.0551-0.03820.10420.00220.0505-0.23710.0732-0.03510.38170.0149-0.07780.31960.01220.272756.971512.974853.9978
50.59830.05980.06880.4522-0.07870.53270.0592-0.05710.0085-0.1033-0.070.03240.1437-0.08320.01080.32020.0124-0.06570.3301-0.02320.199842.4437-11.886541.6356
60.37250.25030.46760.5610.14480.67910.071-0.091-0.0030.0545-0.1051-0.01520.0302-0.05510.03410.28540.0121-0.05060.35-0.02280.219749.385-1.357848.6149
711.74992.74296.78253.6158-2.05458.4513-1.9935-1.31780.84590.10970.9825-0.2118-1.9062-2.57291.0110.50650.6454-0.26621.1811-0.39150.1485-8.75214.9179-0.5395
81.87260.12582.66880.19850.21993.8442-0.0143-0.08960.0795-0.0159-0.0513-0.0087-0.007-0.21830.06560.2634-0.0302-0.05650.342-0.00260.1734.4685-7.45820.1373
91.07670.22091.9230.51430.45034.35750.15940.3686-0.0230.2760.0779-0.15910.21390.2832-0.23720.23580.0631-0.11110.3933-0.01080.199927.8641-8.170223.0235
101.25660.07951.9860.16090.30543.90970.0561-0.13610.04010.05410.0053-0.05170.2878-0.2629-0.06140.2768-0.0516-0.07510.32170.02040.172310.028-9.399312.6505
110.51680.04842.06070.02460.16428.2690.18570.1625-0.0566-0.06370.0542-0.00480.80920.5632-0.23990.42130.0191-0.0880.339-0.04220.254312.4912-14.47182.8534
121.9825-0.87772.67250.8027-0.71864.1253-0.0581-0.11850.13860.1206-0.0586-0.14080.0267-0.29970.11670.3023-0.0091-0.06850.3553-0.00830.249614.7422-6.052715.2243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1I5 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2I23 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3I160 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4I200 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5I229 - 327
6X-RAY DIFFRACTION6I328 - 440
7X-RAY DIFFRACTION7L7 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8L47 - 229
9X-RAY DIFFRACTION9L230 - 267
10X-RAY DIFFRACTION10L268 - 377
11X-RAY DIFFRACTION11L378 - 405
12X-RAY DIFFRACTION12L406 - 430

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る