PDB-4eb0: Crystal structure of Leaf-branch compost bacterial cutinase homolog

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eb0

タイトル

Crystal structure of Leaf-branch compost bacterial cutinase homolog

要素

LCC

キーワード

HYDROLASE / Serine esterase / Cutinase homolog / PET degradation / Metagenome

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Sulaiman, S. / You, D.J. / Eiko, K. / Koga, Y. / Kanaya, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Leaf-branch compost bacterial cutinase homolog
著者: Sulaiman, S. / You, D.J. / Eiko, K. / Koga, Y. / Kanaya, S.

履歴

登録	2012年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eb0.cif.gz	70.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eb0.ent.gz	49.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4eb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4eb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jfrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ds7-d 5luj-d 4wfi-d 7ctr-1 4wfk-d 6kuo-d 7ctr-2 3dwe-d 3vis-2 6scd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LCC

ヘテロ分子

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.911, 71.084, 72.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	LCC 分子量: 27799.992 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 36-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP / 参照: UniProt: G9BY57, cutinase
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.33 % / Mosaicity: 0.651 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 200mM sodium thiocyanate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日

放射

モノクロメーター: horizontal focusing mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 35110 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.106 / R_sym value: 0.106 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 31.657

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Χ²	% possible all
1.5-1.53	12.7	0.419	0.419	1742	0.419	0.362	100
1.53-1.55	13.3	0.406		1731		0.373	100
1.55-1.58	13.6	0.376		1712		0.406	100
1.58-1.62	13.9	0.344		1725		0.436	100
1.62-1.65	14.1	0.323		1723		0.461	100
1.65-1.69	14.2	0.29		1719		0.508	100
1.69-1.73	14.3	0.27		1744		0.535	100
1.73-1.78	14.3	0.246		1749		0.606	100
1.78-1.83	14.3	0.217		1713		0.696	100
1.83-1.89	14.2	0.193		1752		0.819	100
1.89-1.96	14.3	0.184		1751		0.933	100
1.96-2.04	14.1	0.165		1737		1.086	99.9
2.04-2.13	14	0.151		1743		1.21	100
2.13-2.24	14	0.146		1750		1.381	100
2.24-2.38	13.9	0.145		1771		1.672	100
2.38-2.56	13.6	0.145		1765		2.072	99.9
2.56-2.82	13.2	0.141		1756		2.381	99.9
2.82-3.23	12.9	0.11		1791		2.163	99.8
3.23-4.07	12.8	0.066		1819		1.438	99.8
4.07-50	12.7	0.054		1917		1.194	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.72 Å	50.84 Å
Translation	1.72 Å	50.84 Å

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 35051

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.42-100	21.5	0.782	508
5.03-6.42	21.6	0.888	525
4.27-5.03	16.5	0.924	612
3.78-4.27	15.2	0.926	691
3.42-3.78	19.1	0.9	768
3.15-3.42	18.9	0.897	840
2.94-3.15	19.9	0.883	896
2.76-2.94	18.9	0.887	972
2.61-2.76	20.8	0.892	998
2.49-2.61	21	0.885	1065
2.38-2.49	19.6	0.893	1116
2.28-2.38	18.6	0.904	1151
2.19-2.28	18.6	0.902	1211
2.12-2.19	20.1	0.885	1250
2.05-2.12	18.4	0.891	1270
1.99-2.05	18.9	0.892	1335
1.93-1.99	20.6	0.893	1367
1.88-1.93	19.7	0.905	1404
1.83-1.88	21.5	0.904	1436
1.78-1.83	20.7	0.902	1457
1.74-1.78	21.1	0.902	1506
1.7-1.74	23.2	0.903	1556
1.66-1.7	23.2	0.9	1579
1.63-1.66	23.9	0.905	1603
1.6-1.63	24.8	0.904	1658
1.57-1.6	24.6	0.902	1655
1.54-1.57	27.8	0.909	1710
1.49-1.54	35.3	0.883	2912

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JFR

1jfr

解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.189 / WR_factor R_work: 0.153 / SU B: 1.126 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1863	1741	5 %	RANDOM
R_work	0.15654	-	-	-
obs	0.15801	32818	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 45.41 Å² / B_iso mean: 17.172 Å² / B_iso min: 8.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1962	0	12	315	2289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1	1.941	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.429	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.304	22.759	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.84	15	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.062	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.021	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.466	1.5	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.175	2	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.398	3	725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.458	4.5	676
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	127	-
R_work	0.188	2374	-
obs	-	-	99.64 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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