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- PDB-4eax: Mouse NGF in complex with Lyso-PS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eax
タイトルMouse NGF in complex with Lyso-PS
要素Beta-nerve growth factor
キーワードHORMONE / Lyso-PS / phospholipid
機能・相同性
機能・相同性情報


TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation ...TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation / nerve growth factor receptor binding / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / Retrograde neurotrophin signalling / NF-kB is activated and signals survival / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron maturation / nerve growth factor signaling pathway / regulation of neurotransmitter secretion / nerve development / positive regulation of collateral sprouting / peripheral nervous system development / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon extension / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of neuron differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of DNA binding / positive regulation of axon extension / positive regulation of protein autophosphorylation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / adult locomotory behavior / neuron projection morphogenesis / positive regulation of protein ubiquitination / endosome lumen / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / memory / positive regulation of neuron projection development / circadian rhythm / neuron projection development / synaptic vesicle / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell growth / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein phosphorylation / endoplasmic reticulum lumen / axon / lipid binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S12 / Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jiang, T. / Tong, Q.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2012
タイトル: Structural and functional insights into lipid-bound nerve growth factors
著者: Tong, Q. / Wang, F. / Zhou, H.Z. / Sun, H.L. / Song, H. / Shu, Y.Y. / Gong, Y. / Zhang, W.T. / Cai, T.X. / Yang, F.Q. / Tang, J. / Jiang, T.
履歴
登録2012年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-nerve growth factor
B: Beta-nerve growth factor
C: Beta-nerve growth factor
D: Beta-nerve growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0126
ポリマ－53,9654
非ポリマー1,0472
水1,08160
1
A: Beta-nerve growth factor
B: Beta-nerve growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5063
ポリマ－26,9832
非ポリマー5241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
2
C: Beta-nerve growth factor
D: Beta-nerve growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5063
ポリマ－26,9832
非ポリマー5241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.529, 96.529, 163.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Beta-nerve growth factor / Beta-NGF


分子量: 13491.255 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01139
#2: 化合物 ChemComp-S12 / O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine / 1-oleoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phospho-L-serine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 523.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46NO9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Imidazole, 1.0M Sodium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U11.009
シンクロトロンSPring-8 BL41XU21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2010年6月8日
RAYONIX MX225HE2CCD2010年1月31日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1NI MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2NI MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0091
211
反射解像度: 2.3→40.5 Å / Num. all: 25278 / Num. obs: 24969 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 46.03 Å2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2240 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BTG

1btg


解像度: 2.3→40.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7797 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 29.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2593 1215 5.12 %RANDOM
Rwork0.2187 ---
all0.2228 25278 --
obs0.2208 23751 93.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.217 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 126.72 Å2 / Biso mean: 58.4532 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4299 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.4299 Å20 Å2
3----10.8598 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 54 60 3498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013545
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2344778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.971250
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.39220.291100.25982011212176
2.3922-2.5010.36461130.25752346245987
2.501-2.63290.31821410.25062466260793
2.6329-2.79780.33341310.26272530266195
2.7978-3.01370.33871480.25582621276998
3.0137-3.31690.26621540.22672571272598
3.3169-3.79660.25491340.208626612795100
3.7966-4.78210.20891430.178926752818100
4.7821-40.50640.231410.21232655279699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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