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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e9a | ||||||
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タイトル | Structure of Peptide Deformylase form Helicobacter Pylori in complex with inhibitor | ||||||
![]() | Peptide deformylase 11 | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cui, K. / Zhu, L. / Lu, W. / Huang, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of Novel Peptide Deformylase Inhibitors from Natural Products 著者: Cui, K. / Zhu, L. / Lu, W. / Huang, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 689.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 691.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 21008.465 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2-164 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 92分子 ![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/QAP.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/QAP.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CO / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-QAP / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-EPE / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, MPD, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→34.484 Å / Num. obs: 24141 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2EW7 解像度: 1.662→34.48 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.855 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.662→34.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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